Во мраке ночи выходили на свободный поиск торпедные катера, которые до рассвета ходили малым ходом вдоль берега. Однако отсутствие разведывательной авиации приводило к тому, что эти выходы на охоту привели лишь к преждевременной выработке ресурсов моторов, вследствие чего катера 1 июля стали на ремонт, продолжавшийся три месяца.

Республиканская авиация несколько раз бомбила Пальму (в частности, 30 мая были повреждены 2 транспорта), кроме того, она дважды бомбила Сеуту и Малагу, но без серьезных результатов. Бомбежки эти вскоре были прекращены, поскольку республиканское правительство опасалось ответных налетов франкистской авиации на открытые города (особенно на Барселону).

Важной, но не нерешенной задачей оставалось увеличение боевого потенциала республиканского флота, тем более, что постоянные налеты фашистской авиации уменьшили число находившихся в строю кораблей. Например, в мае, во время бомбежки Барселоны получил повреждения один из торпедных катеров, а 17 июля во время бомбардировки Картахены были повреждены крейсер «Cervantes» и эсминец «Valdes». 15 июня в результате прямого попадания авиабомбы в районе Валенсии затонула канонерка «Laya» (франкисты вскоре ее подняли и сдали на слом).

В период с середины апреля до середины октября 1938 года в республиканском флоте постоянно несли боевую службу 1 крейсер, 6―8 эсминцев, 1 подводная лодка и 3 торпедных катера (до 1 июля), не считая вооруженных траулеров, катеров-охотников и вспомогательных судов. Республиканский флот стал явно уступать флоту мятежников не только качественно, но и количественно.

Определенным успехом республиканцев стал прорыв в Картахену из Сен-Назера ремонтировавшейся там подводной лодки «С-2» (она перешла в Сен-Назер из Бреста после произошедших там событий). Лодкой командовал советский капитан-лейтенант Н.П. Египко (псевдоним Матисс).

Ремонт лодки вследствие саботажа, недисциплинированности части экипажа (анархисты) и препятствий, чинимых французскими властями, продлился на 2 месяца дольше по сравнению с ремонтом «С-4».

Не получив согласия на проведение ходовых испытаний после окончания ремонта, Египко самостоятельно провел их прямо в порту и ночью 17 июня вышел в море, не спрашивая разрешения французских властей. Через неделю (24 июня) он в погруженном положении преодолел Гибралтарский пролив и на следующий день успешно достиг базы.

Чтобы затормозить франкистское наступление на Валенсию, республиканцы 25 июля начали свое наступление на реке Эбро. В нем приняли участие и подразделения республиканского флота, особенно во время форсирования реки, когда им пришлось готовить средства для переправы (лодки, моторки, паромы, понтоны). Переправу сухопутных войск обеспечивали водолазы и батальон морской пехоты.

Поскольку войскам, участвовавшим в боях, требовалось непрерывно доставлять оружие, боеприпасы и снаряжение, оба флота были заняты охраной своих транспортов и одновременно охотились за транспортными судами противника.

Большинство боевых действий в этом время происходило в акватории между испанским берегом и Балеарами. Республиканский флот использовал в качестве маневренных баз своих легких сил Валенсию, Маон, Таррагону и Барселону, а национальный флот — Пальму, Алькудию и Польенсу.

Республиканские транспорты шли исключительно в безлунные ночи, поэтому франкистам, несмотря на то, что они использовали все наличные силы, не удалось перехватить на трассе Барселона — Валенсия ни одного судна.

Был, правда, один случай в августе, когда вспомогательный крейсер франкистов «Маr Cantabrico» остановил один транспорт республиканцев, шедший в Валенсию под французским флагом и с фальшивым французским названием. Но на вопросы, заданные в мегафон по-испански, с транспорта не ответили. Когда вопросы повторили по-французски, франкистам ответили на том же языке, сообщив вымышленный порт назначения (Танжер) и судовладельца. Франкисты поверили, и отпустили «француза» с миром.

Некоторых успехов добились корабли, занятые дальней блокадой. 18 сентября они задержали и отконвоировали в Пальму советское судно «Ташкент», 25 октября норвежские суда «Irania» и «Mexico» (в районе Сицилии), а 21 ноября еще одно норвежское судно «Petter» (в районе острова Пантеллерия).

Немногого добились и республиканцы, хотя причиной их неудач была слишком малая численность кораблей, действовавших на коммуникациях, а также их скверное техническое состояние. Например, подводная лодка «С-2» после перебазирования в Маон несла в сентябре патрульную службу на подходах к Пальме. Но уже через неделю ей пришлось вернуться на базу из-за неполадок в изношенных механизмах.

Временно приданные эсминцы (3―4 единицы в период с мая по сентябрь) использовались для перевозки золота и других ценностей из Картахены в Барселону. Всего они перевезли около 1500 тонн ценного груза.

Более успешно действовала авиация мятежников, хотя после британских протестов число потопленных ею судов сократилось. В августе, во время бомбежек республиканских портов, затонул британский пароход «Lake Lugano» (7 августа в Паламосе), а в открытом море были потоплены британский пароход «Stanforth» (19 августа в районе Барселоны) и французский пароход «Artois» (подорвался на мине 14 августа в Гибралтарском проливе). Получили повреждения в результате воздушных налетов в августе 3 судна, в сентябре — 11, в октябре — 6, в ноябре — 12.

В результате бомбежек понес потери и республиканский флот. 9 октября во время налета на Барселону затонула подводная лодка «С-1» (ее подняли 16 октября, но уже не ремонтировали), а 4 ноября во время налета на Картахену получил повреждения крейсер «Libertad».

Одновременно закончилась неудачей попытка прорыва через Гибралтарский пролив эсминца «Diez», возвращавшегося из Франции после ремонта. 20 августа он вышел из Гавра и, двигаясь со скоростью 15―18 узлов, в ночь с 25 на 26 августа оказался на траверзе Кадиса. Здесь он наткнулся на сторожевики франкистов «San Fausto» и «Соn», которые потопил огнем своих орудий, а уцелевших членов экипажей (23 человека) взял на борт.

Но на рассвете 27 августа, когда эсминец проходил мимо Сеуты, его заметили корабли мятежников (крейсер «Canarias» и 4 эсминца). Начался бой, во время которого «Diez» получил несколько попаданий. Один 203-мм снаряд попал в носовую часть и взорвался в кубрике, где находились пленные франкисты. Все они погибли. На некоторое время эсминец потерял ход, у него была уничтожена радиостанция, вышла из строя система корабельной связи; 3 человека погибли, 10 были ранены.

В связи с этим командир корабля поставил дымовую завесу и вышел из боя. Используя утренний туман, он укрылся в Гибралтаре. Тогда мятежники заблокировали залив Альхесирас, чтобы не эсминец не смог выйти из порта после ремонта. На рейде встали их эсминцы «Ciscar» и «Velasco», минный заградитель «Jupiter», а «Canarias» ушел в Сеуту.

30 августа британские власти, сославшись на свой нейтралитет, отказали поврежденному эсминцу в ремонтных работах. Спустя некоторое время им занялась бригада французских ремонтников, прибывшая из Гавра.

После завершения битвы на Эбро (ноябрь 1938 года) в распоряжении противников находились следующие военно-морские силы (не считая мобилизованных гражданских судов).

Республиканцы: 3 легких крейсера, 13 эсминцев (из них 5 в ремонте), 2 подводные лодки, 4 миноносца, 3 торпедных катера;

Мятежники: 1 тяжелый крейсер, 2 легких крейсера, 6 эсминцев, 2 подводные лодки, 5 миноносцев, 6 канонерок, 4 больших минных заградителя («Vulcano» вступил в строй в декабре 1938 г.), 6 торпедных катеров.

Франкистские корабли располагали более сильной зенитной артиллерией, современными гидрофонами и радиостанциями, имели полный боекомплект снарядов и торпед.

В то же время кораблям республиканцев не хватало зенитных орудий, боеприпасов (крейсерам пришлось передать свои торпеды эсминцам, было мало снарядов для орудий средних калибров), запчастей (главные и вспомогательные механизмы были сильно изношены), а также радиоаппаратуры, гидрофонов и горючего.