На рассвете 27 апреля 2 эсминца и 2 канонерки обстреляли правый фланг республиканской армии в районе Торребланка. Получасовой обстрел, во время которого были выпущены 250―300 снарядов (102―120 мм), привел к тому, что республиканцы оставили Алькосебру, благодаря чему мятежники смогли возобновить наступление.

11 июня две канонерки франкистов обстреливали фланг республиканской армии под Кастельон-де-ла-Плана, поддерживая свои войска, наступавшие на город, а 14―15 июня приняли прямое участие в штурме города.

Корабли франкистов совершали, кроме того, рейды к каталонскому побережью. Во время одного из них, ночью 26 мая, столкнулись друг с другом и получили серьезные повреждения эсминцы «Huesca» и «Teruel». Ремонт «Huesca» длился до середины июня 1938 г., а «Teruel» — до 5 января 1939 года. Но зато 1 июля после ремонта и модернизации вступил в строй легкий крейсер «Navarra» (бывший «Republica»), а в начале августа вышел из ремонта бывший республиканский эсминец «Ciscar».

28 июля отряд франкистов в составе крейсеров «Canarias» и «Navarra» и двух эсминцев произвел вылазку к Сагунто, однако был атакован 6 республиканскими самолетами и лег на обратный курс. Новая атака авиации, произведенная через час, привела к тому, что мятежники окончательно отказались от обстрела Сагунто. Предпринятый спустя два дня рейд того же соединения на Картахену завершился повреждением крейсера «Canarias» 100-кг авиабомбой.

На морской коммуникации между Барселоной и Меноркой действовали 3 торпедных катера франкистов — «Badajoz», «Oviedo» и «Requete». Чтобы по ошибке не атаковать гражданские суда третьих стран (в попытке задобрить Великобританию и Францию, чтобы добиться признания прав воюющей стороны), франкисты ограничили действия своих подводных лодок, используя их исключительно против военных кораблей республиканцев. По этой причине они вернули Италии 4 подводные лодки, полученные от нее в четвертом квартале 1937 года.

Борьбой с торговым флотом теперь занималась в основном франкистская авиация, которая почти непрерывно бомбила порты республиканцев на восточном побережье. В период с 25 апреля по 25 июня она атаковала 28 судов третьих стран, потопив 11 из них, причем погибли 17 моряков, а во время июльских налетов на порты были повреждены 7 британских судов.

По сравнению с успехами авиации, действия флота выглядели более чем скромно: 31 мая корабли мятежников задержали советское судно «Каганович», а 3 июля в районе Валенсии советский танкер «Чернов» с грузом 6 тысяч тонн нефти («Canarias»).

Нападения на британские суда вызвали многочисленные запросы в Палате общин. Вынужденный отвечать, премьер Невилл Чемберлен заявил, что правительство не может обеспечить охрану судов, поэтому их владельцы и капитаны сами должны оценивать риск и нести ответственность за принятые решения.

Тем не менее, британское правительство потребовало от Франко объяснений с целью избежать таких нападений в будущем. Национальное правительство в Саламанке заявило в ответ, что британские суда были потоплены случайно и предложило, чтобы в будущем все торговые суда заходили в какой-то один избранный порт, например Аликанте, где может быть создана не подвергающаяся бомбежкам нейтральная зона.

После занятия небольших портов Альфакес, Виньярос и Кастельон-де-ла-Плана, сюда была переброшена часть легких надводных сил. Они перерезали каботажную линию между Барселоной и Валенсией, что поставило под угрозу снабжение центральной и южной областей оружием и материалами, необходимыми для военной промышленности. Ситуацию еще больше ухудшило то обстоятельство, что 13 июня Франция закрыла свою границу с Испанией.

Разделение территории республики в полной мере выявило недостатки в организации командования республиканским флотом. Так, командующий флотом, подчиненный министру обороны (который одновременно являлся премьер-министром), находился в Картахене, тогда как морской генеральный штаб (МГШ), подчиненный начальнику генерального штаба, пребывал в Барселоне.

В оперативном плане начальник МГШ Педро Прадо был подчинен министру обороны, как главнокомандующему вооруженными силами, на равных правах с командующим флотом. Поскольку между ними отсутствовало служебное подчинение, всякое планирование морских и десантных операций носило не директивный, а рекомендательный характер и осуществлялось на основе взаимной договоренности.

Кроме того, министр обороны Хуан Негрин, сугубо штатский человек, был очень мало знаком с морским делом. Поэтому командующий флотом вице-адмирал (бывший капитан-лейтенант) Луис де Убьето всегда мог сбить его с толка и убедить в правильности своих решений, которые часто принимались под влиянием субъективных факторов и нередко шли вразрез с интересами республики. В частности, он утверждал, что не может рисковать, слишком часто посылая корабли в море, поскольку в случае их потери противник на следующий же день окончательно задушит блокадой порты республики.

В результате такого решения корабли стояли в Картахене, подвергаясь бомбежкам, а франкисты почти безнаказанно бороздили воды у восточных берегов Испании. Взгляды Убьето разделял и заместитель начальника МГШ Х. Санчес, сочувствовавший франкистам.

Снабжение Каталонии могло происходить исключительно морским путем, поэтому важнейшей задачей оставалось обеспечение безопасности каботажных коммуникаций. Портами отправления и назначения являлись Барселона и Таррагона (Каталония), Валенсия и Картахена (Альмерия), Маон (остров Менорка) и порты французского побережья.

При МГШ была создана конвойная секция, которая занималась транспортировкой военных материалов. Она располагала 8―10 транспортными судами с военными экипажами. Для обеспечения прохода этих конвоев из состава флота в мае 1938 года была выделена (и непосредственно подчинена начальнику МГШ) флотилия в составе 1―2 подводных лодок и 3 торпедных катеров на постоянной основе и 3―4 эсминцев, временно предававшихся ей для конкретных проводок. Эсминцы были перебазированы в Таррагону, а потом в Барселону.

В силу такого разделения морские силы республики осуществляли раздельные операции как бы на двух разных акваториях. Из-за своего малого хода (10―13 узлов) транспорты выходили из Барселоны (либо из Валенсии) с таким расчетом, чтобы ночью пройти вдоль занятого мятежниками побережья и утром оказаться в точке рандеву, где их дожидались корабли охранения. При этом широко использовались средства маскировки (смена окраски и названий, чужие флаги), часто навстречу транспортам посылалась подводная лодка, которая ночью сопровождала их в надводном положении.

Коммуникации между Францией и Каталонией обеспечивала Каталонская флотилия ПЛО (10―12 единиц). Зато немалые трудности представляло судоходство на линиях между Барселоной и Маоном, между Картахеной и Маоном, из-за присутствия сил мятежников в расположенной неподалеку Пальме. Как правило, переход из Барселоны занимал одну ночь, а его безопасность обеспечивали подводные лодки и торпедные катера.

Однако большая часть транспортов шла самостоятельно под покровом ночи (для доставки грузов использовались также парусники со вспомогательными моторами). Из Картахены сухогрузы шли поодиночке, как правило, с интервалом в несколько дней, замаскировавшись под суда третьих стран. Днем они шли на восток под флагом нейтральной страны, а ночью меняли курс на Маон.

Флотилия района Каталонии, подчиненная МГШ, тоже пыталась действовать на морских коммуникациях франкистов между Пальмой и портами восточного побережья. Однако она была слабой в количественном и качественном отношениях, и вдобавок связана по рукам и ногам строгими правилами совершения атак, поэтому ее действия не могли причинить какой-нибудь ущерб мятежникам.

Например, ночью 26 апреля подлодка «С-1» около 1.10 атаковала двумя торпедами в районе Кастельон — Тортоса крейсер «Cervera». Низкое качество торпед (одна потонула сразу после залпа, а другая, у которой был неисправен рулевой механизм, прошла в нескольких метрах перед носом цели) спасло крейсер от гибели.