Корабли мятежников продолжали охотиться за торговыми судами в Гибралтарском проливе. За период с 3 по 23 марта 1937 года они задержали в этом районе и конфисковали 30 судов с военными грузами для республиканцев. Более того, чтобы вообще прекратить торговые отношения других стран с республикой, франкисты пошли даже на то, чтобы задерживать и заставлять разгружаться в Сеуте суда, перевозившие плоды цитрусовых (4 датских, 2 норвежских и 2 голландских судна).
Были также совершены несколько воздушных налетов на порты республиканцев (в частности, 21 мая три бомбы повредили «Jaime I», в связи с чем он ушел на ремонт в Картахену), а 28 апреля «Canarias» и «Baleares» совершили налет на Валенсию, обстреляв город и порт.
7 мая столкнулись друг с другом торпедные катера франкистов «Candida Peres» и «Javier Quiroga», при этом второй из них затонул. Тогда итальянский флот передал мятежникам еще два торпедных катера, MAS-100 («Napoles») и MAS-223 («Sicilia»), Кроме того, в конце апреля франкисты получили первые подводные лодки — «Torricelli» (была названа «General Mola») и «Archimede» («General Sanjurjo»), которые с 12 мая начали боевое патрулирование.
Одновременно авиация франкистов продолжала минирование подходов к портам. 13 мая на одной из таких мин возле Альмерии подорвался британский эсминец «Hunter», получивший тяжелые повреждения (погибли 8 членов экипажа, 14 были ранены). Республиканский эсминец «Lazaga» отбуксировал его в Альмерию. Туда пришел за ним британский легкий крейсер «Arethusa» и увел на ремонт в Гибралтар.
3 мая 1937 года анархисты устроили в Барселоне антиправительственный путч, который правительственные войска подавили после четырех дней боев.
Этот путч вызвал правительственный кризис. Кабинет Ларго Кабальеро пал, новое правительство возглавил Хуан Негрин (Juan Negrin). 18 мая было создано Министерство Народной Обороны, шефом которого стал Индалезио Прето (Indalecio Prieto). Оно объединило три прежних министерства — военное, флота и авиации. Смена кабинета усилила центральную власть (были устранены анархисты), обеспечила укрепление Испанской Народной Армии (единое руководство), а также облегчила организацию единого военного хозяйства.
24 мая 1937 года 5 республиканских бомбардировщиков совершили налет на Пальму (Балеарские острова), подвергнув бомбардировке порт. Несколько бомб упали вблизи итальянских кораблей — крейсера «Quarto», эсминца «Mirabello», транспортов «Barletta» и «Nevona».
Два дня спустя, во время следующего налета, по ошибке были сброшены бомбы на «Quarto» и «Barletta». Одна из них взорвалась в кают-компании транспорта (являвшегося плавбазой дивизиона торпедных катеров), убив 6 и ранив еще несколько офицеров.
29 мая отряд республиканских кораблей (крейсеры «Libertad» и «Mendez Nunez», 6 эсминцев) вышла из Картахены, чтобы встретить в районе Алжира республиканское судно «Magallanes», идущее из СССР с грузом оружия. Перед выходом в море было получено сообщение, что самолет-разведчик франкистов засек транспорт на траверзе мыса Бон.
Чтобы связать силы противника и не позволить им перехватить «Magalannes», Буиса решил провести отвлекающий обстрел порта на острове Ивиса, надеясь тем самым привлечь в этот район корабли франкистов, а затем под покровом ночи изменить курс и уйти к месту встречи. В атаке на Ивису должно было также участвовать звено бомбардировщиков. Около 19.00 отряд Буисы подошел к острову. В соответствии с планом, 2-я полуфлотилия эсминцев (3 корабля) отделилась от основной группы и с дистанции 5,5―7,5 км открыла огонь по порту. По данным разведки, в порту не было никаких кораблей. Между тем там стояли германские корабли: броненосец «Deutschland», миноносец «Leopard» и танкер «Neptun». Опознав «Deutschland», Буиса, чтобы избежать международных осложнений, прервал обстрел, обвал эсминцы, и после их возвращения двинулся на встречу с транспортом.
Однако по ряду причин, авиацию обо всех этих обстоятельствах уведомить не смогли. Два бомбардировщика СБ уже находились в воздухе. Когда после 19.00 они появились над портом, то в сумерках приняли однотрубный броненосец «Deutschland» за крейсер «Canarias», тоже однотрубный. В этом заблуждении их укрепили сами немцы, которые открыли по самолетам зенитный огонь.
Во время бомбежки две бомбы попали в броненосец, а две другие взорвались поблизости от него. Одна из них пробила палубу и взорвалась в кубрике. Погибли 23 человека, 83 были ранены (8 из них умерли позже), кораблю пришлось уйти на ремонт в Гибралтар.
Тем временем «Magallanes» на рассвете 30 мая встретился с республиканским отрядом и под его защитой двинулся в Картахену. В ночь с 30 на 31 мая в районе базы республиканские корабли встретились с броненосцем «Admiral Scheer» и 3 миноносцами. Опасаясь торпедной атаки республиканских эсминцев, шедших на левом фланге, немцы осветили свои флаги прожекторами. На следующий день итальянская авиация трижды бомбила порт, повредив ремонтировавшийся там крейсер «Cervantes» и потеряв при этом 2 самолета.
Бомбардировка броненосца «Deutschland» вызвала достаточно серьезные последствия. Гитлер созвал 30 мая чрезвычайное заседание правительства, которое решило в качестве ответа бомбардировать Альмерию. Уже утром 31 мая германский отряд («Admiral Scheer» и 4 миноносца) обстрелял город с дистанции 9,2―11 км. За 30 минут они выпустили 200 снарядов, в том числе 60 калибра 280 мм.
Береговая артиллерия исправно отвечала, она произвела 70 выстрелов из орудий калибра от 75 до 105 мм, однако не добилась ни одного попадания. Правда, немцы поставили дымовую завесу. В результате обстрела погибли 24 городских жителя, около 100 получили ранения, были разрушены несколько десятков строений, в том числе почти весь портовый квартал.
Кроме того, германское правительство заявило, что временно выходит из международного контроля морских границ Испании, однако и дальше будет блокировать ее побережье. При этом немецкие корабли получили приказ открывать огонь по любому республиканскому кораблю или самолету, который попытается к ним приблизиться.
Обстрел Альмерии вызвал бурю возмущения по всей Европе. Но вскоре, а именно 15 июня, германский легкий крейсер «Leipzig» подвергся в районе алжирского порта Оран атаке со стороны неизвестной подводной лодки, которая в течение 35 минут (с 9.25 по 9.58) выпустила в него 3 три торпеды. Все они прошли мимо. Второй раз этот же крейсер был атакован через три дня (в 3.37 ночи). От торпеды он увернулся, но в ходе маневрирования получил удар в подводную часть корпуса (видимо, столкнулся с подводной лодкой, либо не взорвалась попавшая в него торпеда).
Немцы, конечно же, обвинили в этой атаке республиканское правительство и, невзирая на его протест (во время атаки все правительственные подлодки находились в портах), потребовали от остальных держав проведения совместной карательной акции (вроде той, что они устроили в Альмерии), а также, чтобы испанское правительство выдало все свои подводные лодки. Поскольку Великобритания и Франция категорически отказались принять участие в подобном мероприятии, Германия и Италия с 23 июня отказались от участия в морском контроле.
«Неизвестные» (как позже выяснилось, франкистские) подводные лодки действовали также против республиканского торгового флота. Так, 1 июня они потопили в 50 милях от Барселоны теплоход «Ciudad de Ваrсеlоnа» (это сделала лодка «General Sanjurjo»), а 26 июня в 30 милях от Аликанте судно «Саbо Palos» стало жертвой субмарины «General Моlа».
В ответ каталонское правительство заявило 10 июня о формировании противолодочной флотилии района Каталонии. Аналогичное решение двумя днями позже приняло центральное правительство, которое создало противолодочную флотилию в районе Картахены.
Обе воюющие стороны действовали в июне довольно вяло. 7―8 и 27 июня крейсеры «Canarias» и «Baleares» обстреливали Паламос, Сан-Фелиу-де-Гиксольс, Калелью и Сагунто, а республиканские корабли (2 эсминца) 9 июня обстреляли Сеуту.