Для розыска еретиков, которых должны были допрашивать и судить архиепископ и городские власти, была учреждена полусветская-полудуховная инквизиция; всех, кто будет уличен в ереси, следовало в десятидневный срок предавать смертной казни. Иннокентий III на Латеранском соборе 1215 года рядом суровых постановлений определил отношение церкви к еретикам, а также обязанности светской власти, которая должна была уничтожать их под угрозой обвинения в вероломстве. В ряде указов с 1220 по 1239 год Фридрих II опубликовал подробный и безжалостный кодекс преследования, основанный на канонах Латеранского собора. Люди, которых только подозревали в ереси, должны были подвергнуться искуплению вины. Все еретики, без различия их учений, объявлялись вне закона; если они были осуждены церковью, их следовало выдать светским властям для сожжения живыми. Если из страха смерти они отступали от своих верований, их следовало заключить в тюрьму на всю оставшуюся жизнь; если же они снова впадали в свои заблуждения, их нужно было предать смерти. Все имущество еретиков подлежало конфискации, и их законные наследники лишались права наследования. Их потомки до второго поколения лишались права занимать какую-либо должность, если они не заслуживали прошения, сделав донос на своего деда или отца или на какого-либо еретика. Все католики — соумышленники, покровители, защитники или ходатаи еретиков подлежали вечному изгнанию, их имущество подлежало конфискации, а их дети разделяли участь детей еретиков. Защищавшие заблуждения еретиков рассматривались как еретики, если только они не меняли свое поведение после предупреждения. Дома еретиков и тех, кто давал им пристанище, разрушались до основания.
Хотя свидетельство еретика не принималось в судах, делалось исключение, если его показания были направлены против другого еретика. Облеченный государственной властью чиновник давал присягу, что он будет содействовать уничтожению тех, кого церковь признает еретиками. Если светский сеньор, призванный церковью изгнать еретиков из своих владений, не исполнял этого в течение более чем одного года, то его земли мог занять любой верный католик, который был способен справиться с еретиками.
Это ужасное законодательство было принято церковью с большой радостью и в отличие от прежних не осталось мертвой буквой. Эдикт 1220 года был послан Гонорием в Болонский университет, чтобы его читали и объясняли при изучении права. Он был внесен в утвержденный сборник феодального права, и его самые суровые предписания стали отныне частью гражданского кодекса. Ряд последующих эдиктов Фридриха был обнародован папами при помощи булл, которые приказывали всем государствам и всем городам внести навеки эти законы в свои местные кодексы. Инквизиторы должны были брать с чиновников и магистратов присягу, что они будут руководствоваться этими эдиктами, и отлучать их от церкви в случае отказа дать присягу.
В 1315 году Людовик Сварливый распространил действие эдиктов Фридриха на всю Францию. В Арагоне Яков 1 в 1226 году запретил еретикам пребывание в своих владениях. В 1234 году он совместно со своими прелатами учредил епископскую инквизицию при поддержке королевских чиновников. В Италии в начале XIII века были многочисленные попытки основания светской инквизиции. В Риме в 1231 году Григорий IX составил ряд правил, которые были опубликованы от имени римского народа сенатом. На сенаторов возлагалась обязанность арестовывать всех тех, на кого укажут ему как на еретиков; наказание должно было быть приведено в исполнение через восемь дней после осуждения. Из имущества, подвергавшегося конфискации, треть следовала свидетелю, треть сенатору и треть на восстановление городских стен. Дом, где еретики нашли приют, подлежал разрушению, а его место следовало превратить в свалку нечистот. Католики-соумышленники, покровители еретиков и т. п. лишались третьей части своего имущества. Всякий, кто не доносил на известного ему еретика, подвергался штрафу; сенатор, который небрежно исполнял закон, также подвергался штрафу и лишался права занимать государственные должности. Григорий IX разослал копии этих правил всем архиепископам и владетельным князьям Европы с приказанием применять их в своих владениях. Папа издал декреталий, легший в основание всего последующего инквизиционного законодательства; осужденные еретики должны были передаваться в руки светской власти для наказания; тот, кто возвращался в лоно церкви, подвергался пожизненному тюремному заключению; всякий, узнавший о малейшем проявлении ереси, должен был доносить об этом духовным властям под страхом отлучения от церкви.
В то же время Фридрих II, желавший, насколько возможно, ограничить влияние Рима в своих неаполитанских владениях, возложил там обязанности преследования на чиновников короны. В своих Сицилийских конституциях, изданных в 1231 году, он приказал тщательно разыскивать «еретиков, скрывавшихся во мраке». Подозреваемые должны были быть задержаны и допрошены духовными лицами; кто окажется хоть в чем-нибудь несогласным с католической религией, в случае упорства отправлялся на костер. Всякий, кто осмеливался вступиться за них, подлежал наказанию. Епископам император вменял в обязанность объезжать епархии в сопровождении назначенных для этого судей. В каждой провинции два раза в год происходили заседания главного суда, на которых наравне с другими преступлениями каралась ересь.
Святой престол старался в начале XIII века выработать единую систему подавления ереси. Некоторые историки утверждают, что инквизиция родилась 20 апреля 1233 года, когда были подписаны две буллы Григория, поручавшие доминиканцам преследование ереси. Григорий обращался к епископам: «Видя, что вы поглощены вихрем забот, мы находим полезным облегчить ваше бремя. Поэтому мы решили послать братьев-проповедников к еретикам Франции и соседних провинций и умоляем и убеждаем вас во имя уважения, которое питаете вы к Святому престолу, помогать им вашим благорасположением, и вашими советами, и вашей поддержкой, дабы они могли хорошо выполнить свою задачу». Другая булла обращена «к приорам и братьям ордена проповедников, инквизиторам». После упоминания о сыновьях погибели, защищающих ересь, в ней говорится: «Вот поэтому во всех местах, где вы будете проповедовать, вы уполномочиваетесь, в случае если грешники, несмотря на предупреждение, будут продолжать защищать ересь, навсегда лишать духовных их бенефиций и преследовать их и всех других судом безапелляционно, призывая на помощь светскую власть, если в этом встретится надобность, и прекращая их упорство, если нужно, посредством безапелляционного наложения на них духовных наказаний». Немного спустя после опубликования булл Григорий поручил приору Тулузы указать хорошо подготовленных братьев, чтобы проповедовать в епархии крестовый поход и преследовать судом еретиков сообразно с новыми статутами.
Чтобы определить главные принципы, которыми должна была руководствоваться инквизиция, в 1243 и 1244 годах созвали в Нарбонне большое собрание от трех провинций — Нарбонны, Арля и Э; длинный ряд канонов, принятых по этому случаю, стал уставом инквизиторской деятельности. Эти каноны были адресованы: «Нашим любимым и верным сынам о Господе Иисусе Христе, братьям-проповедникам и инквизиторам». Епископы выражаются осторожно в следующих словах: «Мы пишем вам эти вещи не потому, что хотели бы связать ваше мнение, ибо неприлично ограничивать свободу, предоставленную вашему благоразумию, формулами или правилами иными, чем исходящими от Святого престола; но мы желаем прийти на помощь вам в вашем самопожертвовании, согласно с указаниями, полученными нами от Святого престола, чая, что вы, несущие на себе наши тяготы, должны находить у нас помощь и совет от чистого сердца». Епископы отказывались от права суда и приведения в исполнение решений. Решения теперь провозглашались от имени инквизиторов, хотя, если в них принимал участие епископ или другое важное лицо, что случалось часто, их упоминали как членов суда.
Передача инквизиции древней епископской юрисдикции по делам еретиков осложняла отношения между епископами и инквизиторами. В Италии епископская независимость была уничтожена давно, и епископы не могли серьезно помешать введению новшества. Но во Франции, и в особенности в Лангедоке, хотя прелаты и были более независимы, чем в Италии, распространение ереси требовало активной деятельности и бдительности, превышавших возможности епископов, и они были вынуждены принести в жертву часть своих прерогатив. Впрочем, и здесь они уступили не без борьбы.