Все эти годы были наполнены неустанной учебой. Николай Федорович окончил Киевскую высшую объединенную военную школу, Военную академию имени М.В. Фрунзе, академические курсы усовершенствования командного состава. Осенью 1936 г. его зачислили во вновь открытую Военную академию Генерального штаба. Вместе с ним слушателями первого набора стали A.M. Василевский, А.И. Антонов, И.Х. Баграмян, Л.А. Говоров, М.В. Захаров и ряд других будущих маршалов и генералов, выросших в годы Великой Отечественной войны в ответственных руководителей Вооруженных Сил — начальников Генерального штаба и фронтовых штабов, командующих фронтами.
Завершить учебу Ватутину не удалось: сталинские репрессии настолько ослабили кадровый состав в центральном аппарате Наркомата обороны и округах, что для заполнения вакансий многих специалистов отзывали с академической скамьи. Так, к слову, обошлись с A.M. Василевским, досрочно получившим назначение в Генеральный штаб, так произошло и с Ватутиным, вступившим в должность заместителя начальника штаба КОВО.
К концу 1938 г. он стал уже начальником штаба округа, а летом 1940 г. в период массовой ротации кадров центрального аппарата, предпринятой по итогам войны с Финляндией, получил назначение в Москву на должность начальника Оперативного управления Генерального штаба РККА. Реализовалась аттестация, еще в начале 30-х гг. данная Высшей аттестационной комиссией при Реввоенсовете СССР способностям начальника штаба 7-й стрелковой дивизии: «Считать целесообразным использовать Ватутина Н.Ф. в Генеральном штабе РККА».
Когда в 1940 г. были введены генеральские звания, Николай Федорович сразу стал генерал-лейтенантом. Год еще не завершился, как его вновь повысили в должности: он стал первым заместителем начальника Генштаба. Столь стремительный служебный рост носил в руководящих структурах РККА массовый характер и, нарушая естественный порядок «созревания» в соответствующей должности, очень часто оборачивался громадным ущербом. Достаточно сказать, что в течение предвоенного года последовательно сменились три начальника Генштаба — маршал Б.М. Шапошников, генералы армии К.А. Мерецков и Г.К. Жуков. Последним двум это не позволило даже основательно вжиться в обстановку руководимого им органа, а о возможности качественно решать проблемы стратегического планирования, подготовки Вооруженных Сил к войне и говорить нечего. Кадровая чехарда захватила и основной генератор идей Генерального штаба — Оперативное управление: за шесть предвоенных лет его возглавляли семь человек, в том числе — всего в течение полугода — Ватутин.
Отношение к сотрудникам Генштаба и особенно его верхушке, как к мелкой разменной монете в большой политической игре, привело к поистине ужасающим последствиям, исправлять которые пришлось в течение всей войны. В нем проявилось непонимание Сталиным роли и значения Генштаба как мозга армии, сохранявшееся некоторое время и после 22 июня 1941 г. По свидетельству маршала Г.К. Жукова, перед войной ни его предшественники, ни он сам не имели случая с исчерпывающей полнотой доложить Сталину о состоянии обороны страны, о военных возможностях страны и возможностях потенциального врага, вождь ограничивался лишь краткими докладами первых лиц Наркомата обороны.
Такое отношение высшего политического руководства страны к Генштабу ставило персонально Н.Ф. Ватутина, как одного из его руководителей, перед очень сложными проблемами. Чтобы справиться с ними, генералу пришлось мобилизовать все свои личные и деловые качества. По оценке Г.К. Жукова — его прямого начальника в тот период, Ватутин отличался исключительным трудолюбием и широтой оперативно-стратегического мышления.
В преддверии войны на долю Николая Федоровича и его коллег выпала колоссальная нагрузка, связанная с участием в важнейших мероприятиях по подготовке страны к отражению фашистской агрессии. Немало делалось в армии в этих целях, но было допущено и много просчетов. Ватутину не изменяла объективность в оценках реального положения дел, хотя он не мог не понимать, что его выводы вряд ли воодушевят руководство страны и армии.
Сошлемся на свидетельство Г.К. Жукова. В первой половине февраля 1941 г. он вместе с Ватутиным подробно доложил наркому обороны о недостатках в организации и боевой готовности войск Красной Армии, о состоянии мобилизационных запасов. Общий вывод руководителей Генштаба был неутешителен: оборона страны находится явно в неудовлетворительном состоянии, особенно учитывая большое количество немецких войск в Восточной Пруссии, Польше и на Балканах, и требуются срочные меры по выправлению положения.
В конце того же месяца Ватутин на совещании у наркома обороны сделал подробный доклад о ходе строительства укрепленных рубежей вдоль государственной границы, состоянии железных, шоссейных и грунтовых дорог и средств связи. По его глубоко аргументированному выводу, приграничные железнодорожные районы были мало приспособлены для массовой выгрузки войск[149].
Разумеется, Генштаб не был лишь фиксатором недостатков и в рамках своей компетенции предпринимал возможные меры к их устранению. Для руководства страны, для наркома обороны маршала С.К. Тимошенко тщательно отрабатывались проекты важнейших документов, в первую очередь — оперативный план стратегического развертывания Вооруженных Сил и мобилизационный план. К руководству их разработкой и корректировкой Николаю Федоровичу пришлось подключиться сразу же по прибытии к новому месту службы в Генштаб. Действуя под руководством Б.М. Шапошникова, а позднее К.А. Мерецкова, он опирался на генералов A.M. Василевского, В.Д. Иванова, А.Ф. Анисова, Г.К. Маландина. Новый импульс этой работе придало назначение на пост начальника Генерального штаба генерала армии Жукова.
В 1940—1941 гг. план стратегического развертывания Вооруженных Сил перерабатывался как минимум трижды.
Осенью 1940 г. это было сделано в связи с тем, что северо-западная и западная границы были отодвинуты вперед до 300 км. Однако тогда же в него были внесены и серьезные стратегические ошибки. Так, наиболее опасным стратегическим направлением считалось юго-западное направление — Украина, а не западное — Белоруссия, на котором гитлеровское командование в действительности сосредоточило и с началом боев ввело в сражение самые мощные сухопутные и воздушные группировки. Это обстоятельство, по справедливому мнению Г.К. Жукова, негативно отразилось на ходе оборонительных действий на западном направлении.
При переработке оперативного плана в феврале — апреле 1941 г. указанный просчет не исправили. Основную ответственность за акцент именно на юго-западное направление Жуков, а вслед за ним и ряд других авторов возложили на Сталина. Но по справедливости ее должны разделить и руководители НКО — выходцы из Киевского особого военного округа Тимошенко, Жуков, а также Ватутин и сменивший его в должности начальника Оперативного управления Маландин. Перемещение верхушки командования КОВО в почти полном составе в руководящий эшелон Наркомата обороны и Генштаба способствовало тому, что знакомый, тщательно изученный театр военных действий невольно приковывал внимание указанных военачальников, препятствовал объективной оценке фактов, противоречивших привычной установке на приоритет юго-западного направления.
Для проверки основных положений плана обороны страны и отработки некоторых вопросов действий войск в начальный период войны в конце декабря 1940 г. впервые был проведен оперативно-стратегический сбор (совещание) руководящего состава РККА. Регламент работы слагался из двух частей: теоретической (23—31 декабря) и оперативно-стратегических игр (двух) с высшим командным составом (2—11 января 1941 г.).
Генерал Ватутин, который тогда занимал должность заместителя начальника Генштаба, начальника Оперативного управления, был в числе участников теоретической части совещания, а также привлекался к руководству играми. Он же возглавлял разработку планов их проведения[150]. В основу стратегической обстановки в ходе игр были положены предполагаемые события, которые могли развернуться на западной границе в случае нападения Германии на СССР. Однако при разработке и в ходе обеих игр были допущены серьезные недочеты.