Но главные столкновения Ломоносова с Академией начались во время следствия над Шумахером. Назначенный советником Канцелярии (на место Шумахера) Нартов 9 октября включил Ломоносова в число своих помощников «для разбирания вещей». 11 октября академический сторож Глухов рассказал, что во время его дежурств унтер-библиотекарь Тауберт (родственник и соратник Шумахера), «приходя в Канцелярию и старую судейскую, берет разные письма большими связками и носит к себе вверх, в третий департамент, в данную ему каморку». Стало ясно, что люди Шумахера, находившегося под арестом, будут использовать любую возможность, чтобы замести грязные следы своего патрона. (И действительно: 14 октября группа академических служащих во главе с комиссаром Михаэлем Камером сообщила в Следственную комиссию, что Тауберт вновь выносил из опечатанной комнаты письма.)

Вот почему, когда 13 октября Ломоносов выдавал из архива Академического собрания конференц-секретарю профессору Винсгейму (из друзей Шумахера) необходимые тому бумаги, он позволил себе говорить с ним «о разных делах ругательно и с насмешками». Присутствовавшие при этом Камер и копиист Пухорт также не удержались от разных «своевольств». 14 октября Ломоносов с переводчиком Иваном Горлицким «под видом осматривания печатей» помешал Академическому собранию «продолжать свои дела». Люди Шумахера в Академическом собрании инспирировали 3 декабря подачу коллективной жалобы в Следственную комиссию на Ломоносова, Горлицкого, Камера и Пухорта. 31 декабря члены собрания подали еще одну жалобу на них.

На этой стадии конфликт Ломоносова с Академией завершился тем, что 21 февраля 1743 года Академическое собрание запретило ему посещать свои заседания до тех пор, пока Следственная комиссия не вынесет решения по жалобам, поданным на него. Тяжелее наказания и быть не могло: Ломоносова отлучили от наук. Дважды (25 февраля и 11 апреля) он пытался присутствовать в Академическом собрании, и дважды был выдворяем. Не помогло и вмешательство Нартова. 15 апреля в ответ на его запрос о причинах запрета Ломоносову быть на заседаниях конференц-секретарь Винсгейм повторил ему то, что говорилось Ломоносову: до решения Следственной комиссии он присутствовать в Академическом собрании не будет.

Вот тут-то Ломоносов сам пошел на открытый разрыв уже с академиками. До сих пор у него были стычки с академической челядью, которая, хоть и посмеивалась про себя сначала над великовозрастным студентом, потом над 31-летним адъюнктом, но не могла восприниматься Ломоносовым всерьез. Во всех предыдущих столкновениях, как бы тяжело они ни завершались, он всегда мог сказать себе: у меня есть моя наука, которая нужна моей стране; у меня столько всего впереди, что о нынешней невзгоде можно позабыть как о деле нестоящем. После того, как ему запретили посещать Академическое собрание (то есть объявили персоной нонграта4 в самой науке), его, по существу, «прижали к стене», получалось так, что у него и впереди ничего уже не было. В ту пору мир для Ломоносова переворотился, естественный порядок вещей был нарушен: Следственная комиссия, наряженная ведать шумахерово злодейство и воровство, занялась разбором текущих жалоб и неурядиц, то есть не своим, не тем делом...

Знаменитая выходка Ломоносова в Академическом собрании 26 апреля 1743 года была жестом отчаяния загнанного в угол человека, который, сознавая свое профессиональное превосходство над большинством членов собрания, отказавшего ему в уважении, сам отказал ему в собственном уважении. 6 мая в Следственную комиссию поступила новая жалоба на Ломоносова, в которой говорилось: «Сего 1743 года апреля 26 дня пред полуднем он, Ломоносов... приходил в ту палату, где профессоры для конференций заседают и в которой в то время находился профессор Винсгейм, и при нем были канцеляристы. Ломоносов, не поздравивши никого и не скинув шляпы, мимо них прошел в Географический департамент, где рисуют ландкарты, а идучи мимо профессорского стола, ругаясь оному профессору, остановился и весьма неприличным образом обесчестил и, крайне поносный знак самым подлым и бесстыдным образом руками против них сделав, пошел в оный Географический департамент, в котором находились адъюнкт Трескот и студенты. В том департаменте, где он шляпы также не скинул, поносил он профессора Винсгейма и всех прочих профессоров многими бранными и ругательными словами, называя их плутами и другими скверными словами, что и писать стыдно. Сверх того, грозил он профессору Винсгейму, ругая его всякою скверною бранью, что он ему зубы поправит, а советника Шумахера называл вором».

Для правильного понимания этого документа важны такие, например, детали: адъюнкта Трускота Ломоносов «бесчестил» за то, что тот не знает латыни и что его «Шумахер сделал»; о профессоре Винсгейме он говорил, что астрономический календарь, им составленный, никуда не годится и что он, Ломоносов, может сочинить лучше; наконец, студенты, при которых в Географическом департаменте завершилось выступление Ломоносова, были не просто студенты, но его соученики по Славяно-греко-латинской академии, то есть живые свидетели и жертвы шумахерова «воровства». Иными словами, Ломоносов вменял в вину своим противникам в этом конфликте (а один из них, Винсгейм, был ни много ни мало конференц-секретарем Академического собрания) их научную некомпетентность. По внутренней сущности своих претензий, скажем, к Винсгейму он был прав (а ведь именно Винсгейм предлагал при всех Ломоносову покинуть Академическое собрание всякий раз, когда тот после запрета являлся на его заседания). Но юридически «поругание и бесчестие», учиненные Ломоносовым 26 апреля, были все-таки поруганием и бесчестием.

Вот почему жалоба от 6 мая заканчивалась просьбой «учинить надлежащую праведную сатисфакцию, без чего Академия более состоять не может, потому что ежели нам в таком поругании и бесчестии остаться, то никто из иностранных государств впредь на убылые места приехать не захочет, также и мы за недостойных признавать должны будем, без возвращения чести нашей, служить ее императорскому величеству при Академии».

Этот документ был подписан одиннадцатью академиками и адъюнктами. Вдохновителем и главою похода против Ломоносова был недавно вернувшийся из сибирской экспедиции профессор Миллер. В презрительной реплике Ломоносова о том, что Трускота адъюнктом «Шумахер сделал», Миллер (которого в двадцать пять лет профессором, несмотря на отсутствие самостоятельных исследований и согласия среди академиков по поводу его кандидатуры, «сделал» все тот же Шумахер), несомненно, видел выпад и в свой адрес. Неудивительно, что как раз Миллер стал автором формулы, выдвинутой врагами русской науки в качестве первоочередной задачи, а именно — «освобождение Академии от Ломоносова».

28 мая Ломоносова вызвали на допрос в Следственную комиссию. Тут он решил вести себя в соответствии с буквой юриспруденции и, явившись в комиссию, наотрез отказался отвечать на ее вопросы, заявив, что «подчинен Академии наук, а не комиссии» и «по-пустому ответствовать» не намерен. Комиссия отдала приказ арестовать Ломоносова, что и было тут же исполнено.

Поведение Ломоносова в этом инциденте приводит на память его столкновение с горным советником во Фрейберге — Генкелем. Сейчас, как и тогда, Ломоносов менее всего был склонен раскаиваться в содеянном. По существу, Ломоносов, утверждая очевидное, был прав: Шумахер был вором, Трус-кот не смог говорить по-латыни (что для ученого в ту пору было постыдно), а Винсгейм сам дискредитировал себя, поддержав вора. Единственное чем по-настоящему был удручен Ломоносов — это невозможностью продолжать свои исследования п лекции. В июне он, пишет доношение с просьбой об освобождении из-под стражи (оставаясь, как и во Фрейберге, при своей оценке случившегося):