Придя к власти, Джефферсон первым делом амнистировал всех журналистов, осужденных по Законам об иностранцах и подстрекательстве к мятежу. Состав кабинета первой администрации Джефферсона свидетельствовал о серьезности намерений президента пересмотреть основные направления внешней и внутренней политики американского государства и, главное, обеспечить их претворение в жизнь без вмешательства в этот процесс федералистов. Министры, входившие в федералистские кабинеты его предшественников, уже в течение первых нескольких месяцев существования правительства республиканцев были заменены единомышленниками Джефферсона, что гарантировало отсутствовавшее в прежние годы единство в исполнительной ветви государственной власти. Президент предпринял также попытку ослабить влияние оппозиции и в Верховном суде США, проведя через конгресс отмену принятого в начале 1801 г. Закона о судоустройстве (Judiciary Act), позволившего Дж. Адамсу учредить полтора десятка новых федеральных судейских постов и назначить на них своих ставленников. Итогом этого конфликта между федералистами и республиканцами стало укрепление судебной ветви государственной власти и повышение роли ранее маловлиятельного Верховного суда США — результат, к которому Джефферсон вовсе и не стремился.

Уже в первые месяцы своей администрации Джефферсон, как и ожидалось от бывшего государственного секретаря США, стал проявлять повышенный интерес к проблемам взаимоотношений с другими странами. Однако практические возможности молодого американского государства заметно ограничивали его влияние на решение международных проблем.

Тем временем осложнялась ситуация на южных и северных границах США. На юге страны теряющая былое могущество Испания пыталась удержать за собой свои владения на побережье Мексиканского залива — Луизиану и Флориду. Некогда открытая французами Луизиана перешла к испанцам по Парижскому мирному договору 1763 г. Но в 1800 г. по заключенному с Наполеоном I секретному Сан-Ильдефонскому договору она была возвращена Франции, закрывшей Нью-Орлеанский порт для американских торговых кораблей. Фермеры Юга и промышленники развивающихся западных территорий Америки потеряли возможность вывозить продукты своего труда. Установление французского контроля над обширной территорией, простирающейся от р. Миссисипи до Скалистых гор, беспокоило администрацию Джефферсона.

Ситуация во многом осложнялась и тем, что из Луизианы и Флориды, принадлежавших Франции и Испании, не прекращались набеги индейских племен и многочисленных бандитских групп на американских поселенцев. Правительство предприняло попытку приобрести у испанцев Флориду, но получило отказ. Тогда в Париж была направлена делегация для проведения переговоров с правительством Наполеона о продаже Соединенным Штатам Нью-Орлеана и побережья Мексиканского залива. Момент для переговоров был выбран удачно — Франция только что потерпела неудачу в подавлении восстания на о. Гаити, служившем основным поставщиком сахара и кофе в метрополию. С потерей Гаити побережье Мексиканского залива перестало представлять особый интерес для Франции, и французское правительство изъявило готовность продать Соединенным Штатам помимо Нью-Орлеана всю территорию Луизианы общей площадью более 2,6 млн км2 за 15 млн долл. (2,3 долл. за акр). В результате сделки территория Соединенных Штатов увеличилась в 1803 г. почти вдвое.

Несмотря на блестящие перспективы этого приобретения, покупка Луизианы вызвала неоднозначную реакцию в американских политических кругах и прессе. Федералисты давно предсказывали обострение внутренних проблем в случае расширения территории страны, а с новым приобретением критика действий администрации стала особенно жесткой. Федералисты северо-восточных штатов США опасались того, что возникновение новых юго-западных штатов неизбежно приведет к спаду их собственного политического влияния в стране.[86]

В мае 1803 г., вскоре после подписания соглашения о продаже Луизианы Соединенным Штатам, Наполеон I объявил войну Англии, которая продолжалась 12 лет. В числе решений французского правительства, принятых в чрезвычайной обстановке начавшейся войны, было закрытие европейских портов для английских торговых кораблей, неизбежно повлекшее за собой захват судов с английским или предназначенным для Англии грузом. Ответным шагом Лондона стало обязательное для всех торговых судов требование захода в английские порты для получения лицензии на торговлю и выплаты торговых тарифов. Ожесточенная борьба между крупнейшими державами континента за господство на морях и на суше шла с переменным успехом для участвующих в ней стран. В сухопутной войне одерживала верх Франция, тогда как на морях по-прежнему господствовала Англия. Джефферсон предпочитал оставаться по возможности в стороне от европейского конфликта — в этом вопросе он был верным последователем завета Дж. Вашингтона о необходимости сохранения Соединенными Штатами «отстраненности» от любых политических и военных схваток европейских государств. Но сохранять такую позицию Джефферсону с каждым годом было все труднее, поскольку вражда между Францией, Великобританией и Испанией неизбежно распространялась и на заокеанские владения этих государств и отражалась на внешней торговле и судоходстве США. За годы войны Англия захватила ок. 1000 американских кораблей, а Франция — ок. 500. Кроме того, английские военные корабли захватили ок. 10 тыс. моряков — членов экипажей американских торговых судов, среди которых было немало бывших английских моряков, и вынуждали их вступать в военно-морской флот Великобритании. Подобные действия нанесли серьезный ущерб внешней торговле США, не говоря о нарушении англичанами жизненно важного для американцев принципа свободного судоходства.

В связи с приближением очередных выборов наступила пора подведения итогов первого президентства Джефферсона. Республиканцы имели определенные основания утверждать, что прошедшие четыре года обеспечили стране мир. Им удалось убедить Конгресс США в необходимости снизить цену на государственные земли, в результате чего земельные участки стали приобретать покупатели из числа американских граждан. Были отменены Законы об иностранцах и подрывной деятельности, выпущены на свободу и реабилитированы арестованные издатели и редакторы, вновь сокращен с 14 до пяти лет установленный ранее срок проживания на территории США для получения гражданства. Верный своему обещанию экономить государственные средства, Джефферсон сократил численность регулярной армии и военно-морского флота, а также персонала дипломатических представительств в Англии, Франции и Испании. Были отменены налоги на алкогольные напитки, недвижимость и рабов. С работы были уволены все федеральные сборщики налогов. Еще одним полезным нововведением Джефферсона стала регулярная публикация списка всех государственных служащих, из которого американская общественность могла узнать, кто представляет ее интересы во властных структурах. Успехи администрации в сочетании с растущей популярностью в стране республиканцев и их президента могли служить убедительной гарантией предстоящей победы на выборах.

Принятая по инициативе Джефферсона XII поправка к Конституции США исключила возможность повторения на президентских выборах 1804 г. ситуации 1800 г. Отныне голосование по кандидатурам на посты президента и вице-президента в Коллегии выборщиков проводилось раздельно. Бывший некогда соперником Джефферсона, а затем его вице-президентом А. Бёрр выбыл из игры. Выборы закончились триумфальной победой Джефферсона — он получил более 92 % голосов (162 голоса из общего количества 176 выборщиков от 17 штатов США).

В своей второй инаугурационной речи Джефферсон акцентировал внимание на достижениях его первой администрации, в числе которых президент счел необходимым особо выделить: в области внешней политики — сохранение стабильных отношений с иностранными государствами, а во внутренней политике — ликвидацию ненужных должностей и бесполезных учреждений и расходов, что сделало возможным отмену внутренних налогов.