Изглежда че Александър, като повечето от царете от Ахеменидската династия, предпочитал да действа съобразно принципа на незабележимите на пръв поглед кардинални решения. Тайната на всяко имперско управление (както би го нарекъл Тацит) била разкрита най-откровено през 1879 г. от тогавашния британски вицекрал на Индия: „Думите ми вероятно няма да прозвучат ласкателно за ушите на нашите съюзници, но имам чувството, че ще бъда напълно прав, ако заявя, че колкото по-рядко афганците усещат присъствието ни по техните земи, толкова по-малко ще ни ненавиждат.“ Това твърдение вероятно е в сила за всички империи, при това откакто свят светува. С други думи, Александър предпочитал да не се намесва в местната мрежа от законови, религиозни или културни традиции, ако не страдала имперската система за събирането на данъците и не била застрашавана политическата стабилност на империята като цяло. За разлика от повечето си сънародници — приближени военни предводители или дворцови съветници, той дори бил склонен да възприема позитивно, с дължимия респект, обичаите на другите племена и народи.

Особено деликатна тема за всеки завоевател на чужди земи е официално признаваната религия. Персийските царе никога не забравяли открито да провъзгласяват, че са под специалното покровителство на иранското божество Ахура Мазда съгласно учението на техния древен пророк Зороастър (Заратустра). Обаче те никога не предприемали опити да налагат зороастризма извън границите на Иран. Аналогично Александър се обявил за наследник, дори за син на Амон или Зевс, обаче не се заел да заменя монотеистичната религия на иранците с пантеона на десетките гръко-македонски богове и полубогове. Вместо това той си осигурил благоприятни за трона му възможности да извлече политически капитал от прокламираната от него толерантност, веротърпимост и почитане на местните религиозни вярвания и практики в двете най-важни за него сатрапии — Египет и Вавилония — т.е. именно там, където поне последните владетели от Ахеменидската династия, като изключение от традиционната им политика, въобще не се показали като толерантни. За съжаление не може да се каже доколко тази негова политика била обусловена от чисто практически и политически съображения и доколко била продукт на искрена религиозна вяра и културни разбирания. От друга страна Александър сигурно не е бил убеден последовател на някаква абстрактна концепция за „единство на човечеството“. Нито пък е бил някакъв изключително вдъхновен и извисен философ с хуманитарна ориентация като онези, които са взели присърце благородната мисия за „раздаване на млякото на човешката доброта“29 сред целия тогава известен и населяван от хората свят.

Тогава какво в действителност възнамерявал той да постигне и доколко успешни били постиженията му в администрирането и управлението на огромната му империя? В толкова драстично различаващи се географски области като цветущите равнини на Месопотамия и пустинята Гедрозия той може би е полагал някакви усилия да ограничава военната независимост на местните сатрапи. Обаче все пак разполагаме с някакви доказателства, че той не успявал да реализира достатъчно систематично тези свои намерения. Въпреки наложеното от него присъствие на македонски или гръцки командири на оставяните от него гарнизони в отдалечените имперски провинции, повечето от иранските сатрапи все още оставали начело на свикваните по места войски от коренното население за попълването на армията му. Освен това той не забранил набирането на гръцки наемници — поне до 325/4 г., когато тази практика била забранена като част от вълната от промени в управлението на сатрапиите, при което повечето иранци били заменени с македонци.

Египет изиграл ролята на полигон за първото практическо изпитание на административната визия на Александър, като отначало Египет въобще не бил управляван от него като някоя от персийските сатрапии. Отначало той въвел разумното и доста оригинално за онази епоха разделяне на административните от контролиращите органи на властта — или поне така би трябвало те да изглеждат според неговите планове. На длъжности като съвместно действащи сатрапи били назначени двама египтяни. На тях били подчинени двама гръцки губернатори — първият за Либия на запад от Египет, а вторият за източните територии („от Арабия до Херополис“). За последната длъжност изборът на Александър се спрял на Клеомен, родом от Навкрат — гръцко търговско пристанище в делтата на Нил, основано приблизително двеста и петдесет години по-рано. Клеомен получил правото да събира данъците в областта, но оставал подчинен на юрисдикцията на египетските сатрапи. Но местното население първоначално насочвало омразата си заради тежкото данъчно бреме към двамата египетски сатрапи. Освен това двама македонци били натоварени с ръководството на армията, а трети получил титлата адмирал и оглавил командването на египетския флот. В старата столица Мемфис Александър оставил свой гарнизон, както и в крепостта Пелузия на западната граница, където ситуацията тогава била тревожна. Там също бил избран един гръцки наемник за командир, подпомаган от втори грък, негов заместник, но и двамата били надзиравани от двама македонски офицери.

Така, поне привидно, била организирана една доста сложна и егалитарна система за контрол и балансиране между македонски, гръцки и местни управници. Обаче суровата реалност се оказала по-различна: през 324 г. Клеомен на практика разширил пълномощията си и сферата на своята компетентност, опитвайки се да управлява като сатрап. Накрая официално бил признат от Александър като сатрап на източните територии на Египет. Вероятно Клеомен спечелил това признание благодарение на намесата на съюзниците на Александър и управителите на другите египетски провинции, както и заради събраното от него значително богатство от жреците, които си навлекли гнева на Александър през 332 г. Обаче Клеомен допуснал една фатална грешка — чрез действията си влошил масовия и продължителен недостиг на зърно в Гърция (330–326 г.), тъй като монополизирал износа на пшеница от Египет и започнал да го продава на по-високи цени. Толерантното отношение на Александър към Клеомен до голяма степен може да се обясни с това, че Клеомен успял да осигури поддържането на реда в провинцията и преди всичко подобрил събираемостта на данъците, като изпращал събраното точно тогава и точно там, когато и където Александър най-много се нуждаел от злато и сребро. Но е възможно да се намерят и други обяснения — например да се стигнало до сблъсък между Клеомен и Александър по някои чувствителни въпроси, свързани повече с емоционални поводи, а не с практически проблеми около управлението на империята.

Според Ариан в едно писмо до Клеомен Александър заявил, че е готов да му прости престъпленията, които тогава били всеобщо достояние, но при условие, че Клеомен издигнел както в Александрия, така и на остров Фарос параклиси в чест на покойния Хефестион (който умрял през 324 г.). С други думи лоялността към Александър и безпрекословното изпълнение на неговите желания от личен характер можели да натежат повече от най-важните задължения в управлението на провинцията и нейното администриране (ако все пак това писмо наистина е било автентично). Във всеки случай едва ли би трябвало да ни изненадва, че лоялността на Клеомен към Александър се оказала от критично значение за запазването на пълномощията на Клеомен като сатрап. Казано съвсем накратко, разделянето на военното командване и административната власт вероятно е било предназначено по-скоро за гарантиране на персоналната лоялност към Александър, а не като полезен механизъм за по-добро управление.

При завръщането му от Египет във Финикия през 332 г. Александър реорганизирал финансовите механизми в своята ориенталска империя, която тогава включвала част от Мала Азия, Левант и Египет. След завладяването на Сарди (столицата на сатрапия Лидия) той оставил там Никиас (вероятно грък) с правото да събира и доставя златото и среброто от данъците. В края на 332 г. на същата длъжност в Египет бил избран Клеомен. Но по-късно, през пролетта на 331 г. Александър прехвърлил двама от най-верните си македонски служители от централната хазна на империята, като им дал доста широки пълномощия, които не можели да се сравняват с правата на който и да било от ахеменидските сатрапи. Финикия била управлявана от Киран, а Филоксен поел управлението на азиатските провинции западно от планината Тар — по-точно Киликия, заедно с южните и западните части от крайбрежната ивица в Мала Азия.