Собрав за время своего турне около 300 млн долларов, шейх Ясин вернулся в сектор Газа. Это событие стало общенародным праздником, дом Ясина в Сабре стал местом паломничества десятков тысяч палестинцев. Засвидетельствовать свое почтение пришел даже председатель совета Палестинской автономии Ясир Арафат со своей супругой Сухой.
В это время возрастает напряжение в палестино-израильских отношениях и, как следствие, увеличивается волна террора. Только за 2000–2001 годы в терактах погибло более тысячи человек с обеих сторон. Власти Израиля начали кампанию по обезвреживанию движения ХАМАС. В октябре 2001 года перед зданием больницы в Наблусе израильскими агентами была взорвана машина с Айманом Халави – одним из лидеров движения исламского сопротивления, руководителем «Батальонов Изз ад-Дина аль-Кассама». В конце того же месяца ХАМАС объявил, что организацией налажено производство собственных ракет малой дальности «Кассам-1». Муса Абу Марзук, один из лидеров ХАМАС, заявил: «Израильтяне убивают людей и уничтожают палестинские дома при помощи танков. Было уничтожено семьдесят три дома, а люди не могли этому сопротивляться. Неужели оружие могут применять только израильтяне, но не палестинцы?». Теперь война принимала совсем другие масштабы.
В ноябре 2001 года ряды ХАМАС понесли еще несколько потерь. В собственном доме в Шиджайае израильскими силами безопасности был арестован Абед Раббо Абу Хусса, руководитель местного отделения террористической организации. Спустя несколько дней в результате обстрела израильской авиации погиб еще один из лидеров ХАМАС Махмуд Абу Хануд вместе с двумя своими заместителями. Собравшиеся на похороны палестинцы были настроены крайне враждебно по отношению к израильтянам, а ХАМАС объявил о мести. 28 ноября 22-летний боевик Усама Халас близ поселения Гош-Катиф бросил в израильский автобус несколько ручных гранат, а затем расстрелял его из автомата. Погиб один пассажир, трое были ранены. Затем последовало еще несколько терактов, жертвами которых стали около 30 человек. 2 декабря 2001 года израильские спецслужбы арестовали Сахера Сулеймана, готовившего в Тель-Авиве покушение на жизнь министра обороны страны Беньямина Бен-Элиэзера. Затем последовала волна арестов высокопоставленных лидеров и рядовых членов ХАМАС.
Ясир Арафат отдал приказ арестовать лидера ХАМАС шейха Ясина. 5 декабря 2001 года Ахмеда Ясина взяли под домашний арест. Его дом был окружен палестинскими полицейскими, а ему самому запретили любые контакты с внешним миром. Узнав об этом, несколько тысяч возмущенных последователей шейха во главе с вооруженными боевиками ХАМАС попытались вызволить его. Толпа забросала полицейских камнями, затем началась перестрелка. Но все-таки победу одержали люди Арафата, вооруженные автоматами.
Ответом на арест Ясина и еще 130 деятелей ХАМАС стало заявление оставшихся на свободе активистов, в котором они потребовали от Арафата перестать подчиняться «сионистским правилам и действовать в стиле израильских спецслужб». Они пригрозили руководству Палестинской национальной администрации, что будут осуществлять теракты, если их духовного лидера не освободят и если не прекратятся аресты лидеров организации. Руководство движения отдало распоряжение своим членам не подчиняться приказам палестинских властей и, во избежание новых арестов, перейти на нелегальное положение. Угроза была выполнена. 13 декабря боевики ХАМАС обстреляли автобус с израильтянами, в результате чего погибли 10 человек и около 20 были ранены. В ответ израильская авиация нанесла удар по Наблусу. Две бомбы разорвались вблизи мечети, в которой в тот момент находились Ахмед Ясин и политический лидер группировки Махмуд Захар.
В конфликт вмешались США. Еще в октябре 2001 года было опубликовано заявление пресс-секретаря государственного департамента США Ричарда Баучера, в котором он объявил о решении Белого дома включить в список международных террористических организаций ХАМАС наряду с группировками «Хезбаллах» и «Исламский джихад». Президент США Джордж Буш потребовал от Ясира Арафата ликвидировать экстремистов и «передать убийц в руки правосудия»: «Если Арафат действительно желает мира на Ближнем Востоке, то он должен употребить власть и использовать свои силы безопасности, чтобы ликвидировать террористов».
Тем не менее, уничтожить террористическую организацию Я. Арафату не удалось. ХАМАС был чрезвычайно популярен среди палестинцев – сторонников движения насчитывалось уже несколько сотен тысяч. Ведь помимо террористической деятельности, направленной против израильтян, организация создавала и содержала разнообразные благотворительные фонды для помощи бедным слоям населения, помогала семьям погибших, раздавая продукты питания и медикаменты. О популярности движения и его лидера свидетельствует один факт. В декабре 2001 года в Палестине был издан календарь с изображением шейха Ахмада Ясина и 26-ти шахидов, погибших при проведении терактов в Израиле. Несмотря на бедность общей массы населения и на высокую цену в 80 долларов, календарь мгновенно раскупили.
Все большее число палестинцев приходит к выводу, что создать независимое палестинское государство можно лишь посредством вооруженной борьбы, поскольку «сионистские оккупанты понимают только язык силы». После недолгого перемирия ХАМАС снова объявил о начале «тотальной войны» с Израилем на всех фронтах. В интервью немецкому журналу «Шпигель» шейх Ясин заявил, что палестинский народ «не смирится с созданием еврейского государства на земле Палестины». Палестинцы не желают терпеть на своей территории еврейское государство и могут заключить мир с Израилем в границах 1967 года «только как временное решение». «Пусть создают себе государство где-нибудь в Европе», – заявил Ясин. Он высказался против заключения с Израилем каких-либо соглашений, считая, что лишь вооруженная борьба против еврейского государства может привести к «полному освобождению Палестины».
С 2001 года Ахмед Ясин время от времени оказывался под домашним арестом, но через время его освобождали под давлением его сторонников. Но средств борьбы он не поменял. После очередного теракта на границе Газы и Израиля, унесшего пять жизней, шейх сказал: «Сейчас не время говорить о перемирии. Сопротивление будет продолжаться вплоть до прекращения оккупации». В ответ на этот отказ от мирного решения конфликта, правительство Израиля 13 июня 2003 года заявило, что их следующим шагом станет физическая ликвидация лидера ХАМАСа. Заместитель министра обороны Израиля Зеэв Бойм в своем интервью израильскому армейскому радио сказал: «Ясин помечен смертью… Ему следует зарыться поглубже, чтобы забыть о разнице между днем и ночью. Но мы найдем его в любом укрытии и уничтожим». Первая попытка была совершена 6 сентября 2003 года. Здание в Газе, где проходило совещание руководства ХАМАС, атаковал истребитель F-16 израильских ВВС ракетами малой мощности. Палестинцы потом решили, что произошло чудо – все участники заседания в этот момент вышли из квартиры на лестничную клетку. Ясин отделался легкими ранениями. В очередном интервью он подчеркнул, что не боится покушений на свою жизнь: «Мы ищем мученической смерти».
Решение об окончательной ликвидации верхушки ХАМАС было принято на заседании Кабинета Министров Израиля после двойного теракта в аэропорту Ашдода. Следующее покушение готовилось в течение нескольких дней. Операция была взята под личный контроль премьер-министра Израиля Ариэля Шарона. На этот раз чуда не произошло.
Рано утром 22 марта 2004 года, около половины седьмого по местному времени, Ахмед Ясин в сопровождении сыновей, помощников и охраны направился на традиционную молитву в собственную мечеть, расположенную недалеко от дома. Заметив в небе израильский самолет, охранники предложили шейху отказаться от поездки, но тот ответил: «Все мы принадлежим Аллаху и к нему возвращаемся».
Когда Ясина уже усаживали в автомобиль, по кортежу было выпущено несколько ракет с вертолета AH-64 Apache, получившего наводку с самолета. Израильские спецслужбы добились своей цели – шейх Ахмед Ясин погиб на месте. Взрыв унес жизни еще двоих его помощников и одного из сыновей.