Таким образом, что начал Московский Собор 1666 г. по отношению к расколу, то окончил Большой Московский Собор 1667 г. Первый призывал одного за другим расколоучителей, выслушивал и обличал их учение, убеждал их покаяться и, кто не хотел каяться и покориться Церкви, тех, каждого порознь, предавал анафеме и отсылал под начало или даже в заключение в какой-либо монастырь. Последний Собор произнес общий приговор, общую анафему на всех последователей раскола и постановил по примеру древней Церкви общее правило - подвергать их наказанию не только церковному, но и по градским законам. И нельзя не признать, что эта общая анафема на раскольников была неизбежна и совершенно справедлива. Раскольники еще прежде, до соборной на них анафемы, сами, так сказать, изрекли на себя анафему и отсекли себя от Церкви. Сущность их учения, как уже достаточно открылось из их писаний и словесных заявлений на Соборе 1666 г., состояла не в том только, что они хотели держаться одних старопечатных книг и мнимо старых обрядов и не покорялись Церкви, не принимали от нее новоисправленных печатных книг, но вместе и в том, что они считали эти последние книги исполненными ересей, самую Церковь называли еретическою и утверждали, что Церковь более не Церковь, архиереи ее не архиереи, священники не священники и все ее таинства и чинопоследования осквернены антихристовою скверною; раскольники не только противились Церкви, но совсем отрицали ее, отрицались от нее и по своим убеждениям были уже совершенно отделены от нее. Необходимо было, чтобы и Церковь с своей стороны всенародно объявила, что она не признает их более своими чадами, т. е. чтобы она анафематствовала и отсекла от себя тех, которые еще прежде самовольно отпали от нее и сделались ее врагами. Со времени этой-то анафемы, произнесенной на раскольников Большим Московским Собором, и начал существовать в России раскол как особое общество верующих, именующих себя старообрядцами, совершенно отдельное от православной Церкви и враждебное ей. Не Церковь отвергла их и отвергает, но они сами еще прежде отверглись Церкви и не перестают упорно отвергать ее, называя ее в своем жалком ослеплении духовною блудницею, а всех верных чад ее, всех православных, - сынами беззакония, слугами антихриста.

Кроме раскола, производившего смуты и нестроения в Русской Церкви, немало было в ней и других нестроений и вообще недостатков, требовавших соборного уврачевания. На одни из этих недостатков обратил внимание Восточных патриархов, Паисия и Макария, сам государь; на другие указывали русские архиереи; некоторые же недостатки замечены были самими патриархами. И вследствие этого они вместе со всем Собором постановили для Русской Церкви множество определений и правил, касавшихся: а) ее управления и суда, б) богослужения и в) духовенства.

По отношению к церковному управлению и суду сами патриархи заметили тот недостаток, что в России не соблюдалось древнее апостольское и соборное правило: да собираются дважды или по крайности однажды в лето архиереи каждой страны ради исправления церковных дел. "В здешних странах Великороссийского государства, - сказали патриархи, - не обыкли архиереи собираться часто, и творить Соборы, и исправлять священнические распри и прочее, отчего и учинилось столько раскольников и мятежников, возмутивших все государство, погубивших многие души и прельстивших едва не весь народ. Потому весьма подобает, чтобы архиереи Российского государства как можно чаще собирались в царствующий град Москву ради всяких добрых совещаний и исправления нужных церковных дел" (гл. 2. Правило 41).

Другой важный недостаток в Русской Церкви, способствовавший также распространению в ней раскола, состоял в малочисленности архиерейских кафедр и излишней обширности некоторых из существовавших уже епархий. На этот недостаток указал отцам Собора сам государь и велел предложить им грамоту Московского Собора, бывшего при царе Федоре Ивановиче, об учреждении патриаршества и устроении других архиерейских кафедр в России. Грамота была прочитана. Узнав из нее, что тогда было положено быть в Русской Церкви осьмнадцати епархиям кроме патриаршей, и именно: четырем митрополиям, шести архиепископиям и осьми епископиям - и назначены самые места для них, отцы Собора с радостью согласились открыть те из этих епархий, которые доселе не были открыты, а некоторые из предположенных тогда епархий, открыты ли они или еще не открыты, возвести из епископий в архиепископии и определили: учредить епископские кафедры в Ржеве Володимирове, на Белеозере и в Дмитрове и архиепископские в Нижнем Новгороде и Великом Устюге, а епископии, уже существовавшие, в Чернигове и Коломне возвести в архиепископии. Затем с соизволения государя или даже по заявленному им желанию возвели на степень митрополий архиепископии: Астраханскую, Рязанскую, Тобольскую - и учредили новую митрополию в Белгороде, куда и назначили митрополитом известного Сербского митрополита Феодосия, проживавшего в Москве при Архангельском соборе; утвердили архиепископство в Пскове и положили учредить архиепископские кафедры в Архангельске и на Холмогорах; утвердили епископскую кафедру в Вятке и благословили учредить такие же кафедры в Перми, Томске и на Лене и вообще благословили поставлять митрополитов, архиепископов и епископов в те города, где по усмотрению государя и Московского патриарха с прочими архиереями признано будет то нужным, "да управляется и расширяется православием в род и род богохранимое Российское царство". Наконец, определили, чтобы в епархиях некоторых митрополитов существовали подручные им епископы, и именно в епархиях: Новгородской - один епископ в Каргополе, другой в Городецке или Устюжне, Казанской - в Уфе, Ростовской - в Угличе, Крутицкой - в Ливнах, Рязанской - в Воронеже и другой в Тамбове - и чтобы эти епископы жили в назначенных им городах и монастырях, владели вотчинами тех монастырей и все творили по благословению и повелению своих митрополитов, а без воли их ничего не творили, кроме священнодействия, хиротонии и прочего, что дозволяют святые правила. Постановление это утверждено подписями отцов Собора в июне 1667 г. (гл. 8).

Были еще два весьма важные недостатка в нашем церковном управлении и суде. Первый состоял в том, что как у патриарха в его приказах, так и у прочих архиереев все епархиальные дела ведали и решали преимущественно, если не исключительно, архиерейские бояре и другие светские чиновники. Такой обычай, утвердившийся у нас еще до Стоглавого Собора, оставался в силе и после него, хотя Стоглавый Собор и постановил, чтобы при каждой архиерейской кафедре существовал суд из духовных лиц кроме суда боярского, которому назначен был особый круг дел. Против этого глубоко укоренившегося у нас недостатка отцы Большого Московского Собора определили: "В патриаршем доме быть духовному человеку, архимандриту, с другими искусными мужами, и судить им в духовных делах духовные лица священнического и монашеского чина, да не привлекают отныне священников и монахов в мирские судилища и да не судят мирские люди освященного и монашеского чина и всякого церковного причта, как запрещают св. правила… Равно и во всех архиерейских домах быть духовным искуснейшим мужам и судить духовные лица и духовные дела, как в патриаршем доме судит духовный судия, архимандрит, с клевретами, да судят архимандритов, игуменов, монахов, протопопов, попов, дьяконов и всех церковных причетников и инокинь во всяких делах, а мирян да судят по делам о беззаконных браках и духовных завещаниях. Прочие же духовные дела, какие бывают между мирскими людьми мужеского и женского пола, да судят патриарший боярин с дьяками и его товарищи" (гл. 2. Правило 37 - 39). Другой недостаток был тот, что все духовенство, начиная с митрополитов, во всех исковых делах судилось по Уложению царя Алексея Михайловича мирскими людьми в Монастырском приказе. Русские архиереи, крайне тяготившиеся таким подчинением мирскому судилищу, не могли не обратить на это внимания Восточных патриархов и в числе других вопросов предложили им и следующий: "Довлеет ли мирским людям судить архиереев, архимандритов, игуменов, священников и дьяконов, монахов и инокинь и весь церковный и духовный чин и их людей?" Патриархи Паисий и Макарий дали ответ: "Архиереев, архимандритов… и весь церковный чин и их людей мирским людям ни в чем не судить, а судить их во всяких делах архиереям, каждому в своей епархии, или кому повелят от духовного чина, а не от мирских" (гл. 7). Этот ответ был принят и утвержден всем Собором и послужил основанием к упразднению Монастырского приказа, который, впрочем, в действительности упразднен был, как увидим, еще не так скоро.