После этого патриархи спросили архиереев и весь освященный Собор: какому наказанию подлежит патриарх Никон по канонам Церкви? И все архиереи, сперва греческие, потом русские, и весь освященный Собор отвечали: "Да будет извержен от священного чина".

Тогда оба патриарха, поднявшись с своих мест, от имени всех четырех Восточных патриархов и всего освященного Собора сказали Никону: "Ныне тебя, Никона, бывшаго патриарха, по правилам св. апостол и св. отец извержем, и отселе не будеши патриарх, и священная да не действуеши, но будеши, яко простой монах". И сказали ему главные вины его: а) ты патриаршеского престола отрекся с клятвою и отошел без всякой правильной вины, сердитуя на великого государя; б) ты писал ко Вселенскому Константинопольскому патриарху Дионисию, что на Руси престало соединение с св. Восточною Церковию, и от благословения святейших Вселенских патриархов отлучились, и приложились к Западному Костелу, и тем ты, Никон, святую православную (Русскую) Церковь обругал, и благочестивого государя царя и великого князя Алексея Михайловича, всея Великия, и Малыя, и Белыя России самодержца, и весь священный Собор, и всех православных христиан обесчестил, и назвал всех еретиками; в) ты же, Никон, и нас, истинных православных патриархов, бесчестил, называл не патриархами и правила соборные Церкви называл ложными, и враками, и будто еретики их печатали; г) да ты же, Никон, Коломенского епископа Павла без Собора, вопреки правил изверг, и обругал, и сослал в ссылку, и там его мучил, и он пропал безвестно - и то тебе извержение вменится в убийство".

Сказав Никону вины его, патриархи, замечает современная запись, "велели ему идти на подворье и быть там до указу. А как святейшие патриархи кир Паисий и кир Макарий бывшего патриарха судили, в то время великий государь стоял у своего государева места".

Приговор, произнесенный теперь над Никоном, был только словесный и указывал лишь главные вины его. Необходимо было, чтобы приговор был изложен в письмени, с возможною полнотою определял виновность Никона и подписан был всеми членами Собора. И патриархи еще пред выходом из последнего заседания дали приказ написать соборный приговор этот на двух языках, греческом и русском. Спустя два дня, именно 8 декабря, патриархи, как замечено в современной записи, сидели у государя три часа наедине. О чем совещались они, неизвестно. Но вечером того же числа, точнее, ночью под 9 декабря, Павел, митрополит Крутицкий, с доклада великого государя писал архимандриту рождественскому Филарету да дьяку Авраму Кащееву следующее: "Ведомо учинилось святейшим патриархам и всему освященному Собору, что Никон, бывший патриарх, находясь в монастырях Воскресенском, Иверском и Крестном, чинил градское наказание старцам тех монастырей, службникам, крестьянам и сторонним людям, приказывал бить их кнутьем, ломать им руки и ноги, а иных пытать и казнить казнями градскими, так что иные, пытанные и казненные, и померли. И вам бы розыскать накрепко тихим обычаем, чтоб нешумно было, кому именно из старцев и других людей в тех монастырях Никон чинил градское наказание, кого бил кнутом, у кого ломал руки и ноги, кого пытал и казнил градскими казнями, где ныне те люди и не умер ли кто из них, да и разыскать бы про все тихим образом и подлинно". Архимандрит Филарет и дьяк Кащеев отправились в Воскресенский монастырь, и скоро прислан был оттуда в Москву один из старцев, испытавших на себе тяжелую руку Никона, и представлен патриархам и всем архиереям. Это был духовник Никона старец Леонид, уже расслабленный и с избитыми ногами, около двух лет содержавшийся по приказанию Никона в сырой тюрьме под стражею, в тяжелых оковах и терпевший истязания. Он трогательно рассказывал, как и за что подвергнут был таким страданиям, и все не без слез внимали его рассказу. Это обстоятельство послужило новым обвинением против Никона, которое и внесли в составлявшийся тогда письменный о нем приговор.

Когда приговор был написан по-гречески и по-русски, состоялось 12 декабря осьмое, и последнее, собрание Собора, производившего суд над Никоном. Все архиереи и прочие духовные особы собрались не в столовой избе государя, а в кельях патриархов, в Чудовом монастыре, куда переехали они с прежней своей квартиры, с Кирилловского подворья, еще 25 ноября. От лица государя присланы были - сам он не пожаловал в это собрание - бояре: князь Никита Одоевский, князь Григорий Черкасский, князь Юрий Долгорукий, князь Иван Воротынский, думный дворянин Елеазаров, стольник князь Петр Прозоровский и многие другие чиновники. Патриархи послали епископа Мстиславского Мефодия и нижегородского Печерского монастыря архимандрита Иосифа позвать Никона, а сами со всеми духовными и светскими лицами отправились в церковь Благовещения Пресвятой Богородицы, находившуюся подле их келий над задними воротами Чудова монастыря. Здесь все архиереи, уже одетые в мантии, возложили на себя епитрахили, омофоры и митры, а архимандриты и игумены облачились в свои священные одежды. Как только вошел Никон в церковь, сделал поклонение иконам и по обычаю присутствующим в церкви, патриархи, совершив со всем духовенством краткое молебствие, приказали читать соборный приговор, или "Объявление о низложении Никона". Сначала приговор прочитан был по-гречески пресвитером и экономом великой Церкви Антиохийской Иоанном, а потом читан был громогласно по-русски Рязанским архиепископом Иларионом. Слушая последнее чтение, Никон, замечает Лигарид, по временам ворчал и подсмеивался. В этом письменном приговоре вины Никона указаны были подробнее и обстоятельнее, нежели прежде в приговоре словесном, и именно следующие:

1. Никон сам сложил с себя все архиерейское облачение среди великой Церкви, вопя: "Я более не патриарх Московский и не пастырь, а пасомый и недостойный грешник"; потом с великим гневом и поспешностию отошел и оставил свою кафедру и вверенную ему паству самовольно, без всякого понуждения и нужды, увлекаясь только человеческою страстию и чувством мщения к некоему члену синклита, ударившему его патриаршего слугу и прогнавшему от царской трапезы.

2. Никон хотя с притворным смирением удалился в созданный им монастырь будто бы на безмолвие, на покаяние и оплакивание своих грехов, но и там (вопреки 2-му правилу Собора, бывшего во храме святой Софии) совершал все архиерейское и рукополагал невозбранно и назвал тот свой монастырь Новым Иерусалимом и разные места в нем Голгофою, Вифлеемом, Иорданом, как бы глумясь над священными названиями, а себя хищнически величал патриархом Нового Иерусалима.

3. Хотя совершенно оставил свою кафедру, но коварно не допускал быть на ней иному патриарху, и государь, архиереи и синклит, понимая это лукавство, не осмеливались возвести на Московский престол иного патриарха, да не будут разом два патриарха, один вне столицы, другой внутри, и да не явится сугубое разноначалие, что и заставило государя пригласить в Москву Восточных патриархов для суда над Никоном.

4. Анафематствовал в неделю православия местных архиереев без всякого расследования и соборного решения и двух архиереев, присланных к нему от царя, назвал одного Анною, другого Каиафою, а двух бывших с ними царских бояр - одного Иродом, другого Пилатом.

5. Когда был позван нами, патриархами, на Собор дать ответ против обвинений, то пришел не смиренным образом и не переставал осуждать нас, говоря, что мы не имеем своих древних престолов, а обитаем и скитаемся, один в Египте, другой в Дамаске.

6. Наши суждения, изложенные в свитке четырех патриархов против его проступков, и приведенные там святые правила называл баснями и враками; отвергал вообще вопреки архиерейской присяге правила всех Поместных Соборов, бывших в православной Церкви после Седьмого Вселенского Собора, а наши греческие правила с великим бесстыдством именовал еретическими потому только, что они напечатаны в западных странах.

7. В грамотах своих к четырем Восточным патриархам, попавших в руки царя, писал, будто христианнейший самодержец Алексей Михайлович есть латиномудреник, мучитель, обидчик, Иеровоам и Озия.