В 1489 году скончался митрополит Геронтий, человек несомненно православный но своим убеждениям, но дававший потачку еретикам: быть может, ненавидя Геннадия, он неохотно принимался за дело, поднятое последним, и не доверял справедливости всего, что выставлял новгородский владыка. Еретики до того взяли верх при дворе Ивана Васильевича, что своим ходатайством могли доставить митрополичью кафедру такому лицу, какое им было нужно. Протопоп Алексий, взятый Иваном Васильевичем из Новгорода в Москву, скончался. Незадолго до своей смерти он указывал на архимандрита Симоновского монастыря Зосиму, как на самого достойного быть преемником Геронтия. Великий князь очень любил Алексия и поддался его внушениям. В сентябре 1490 года состоялся выбор: духовные власти избрали митрополитом Зосиму, зная, что этого хочет «державный», как они величали великого князя. Геннадия не пригласили на собор: он хотел ехать, но великий князь приказал ему оставаться на месте: от него потребовали только письменного согласия, так называемой «повольной» грамоты. Геннадий не противился выбору Зосимы, потому что еще не имел ничего сказать против него, но сильно оскорбился тем, что его не пустили лично присутствовать на выборе.

Как только Зосима уселся на митрополичьем столе, тотчас потребовал от Геннадия исповедания веры. Это значило, что Геннадия подозревают в неправоверии. Геннадий ясно видел, что к нему придираются, что враги составляют против него козни: враги эти – еретики, и главным из них считал он Захара, – и новгородский владыка усилил против них свою ревность. Геннадий не послал Зосиме исповедания, объяснивши, что он уже дал его, по обычаю, при своем поставлении в архиерейский сан, а со своей стороны настоятельно требовал приняться немедленно за строжайший обыск над еретиками и казнить их без милосердия. Геннадий напоминал митрополиту, что он обязан настаивать перед великим князем на преследовании еретиков: «Если великий князь того не обыщет и не казнит этих людей, то как нам тогда свести срам с своей земли! Вон фряги какую крепость держат по своей вере; сказывал мне цезарский посол про шпанского короля, как он свою землю-то очистил!» Геннадий указывал на государева дьяка и любимца Феодора Курицына, как на корень всего зла: «От него вся беда стала; он отъявленный еретик и заступник еретиков перед государем». Геннадий этим не ограничивался: он смело обличал распоряжения самого великого князя, касающиеся церкви. По поводу перестроек в Москве были разобраны ветхие церкви и перенесены на другие места; кости мертвых свезены были на Дорогомилово, а на месте церковной ограды, служившей для погребения, разведен был сад. Этот поступок Геннадий называл «бедою земскою» и «нечестью государскою» и сообщал свои рассуждения, очень любопытные как образчик умствований того времени. «Кости мертвых, – писал Геннадий, – вынесены, а тела остались на прежнем месте, рассыпавшись в прах: и на них сад посажен: а Моисей во Второзаконии не велел садить садов и деревьев подле требника Господа Бога. Гробокопателям какова казнь писана: а ведь это оттого, что будет воскресенье мертвых; не велено мертвых с места двигать, опричь тех великих святых, коих Бог чудесами прославил. Где столько лет стояли Божьи церкви, где стоял престол и жертвенник, – эти места не огорожены: собаки ходят по ним и всякий скот!..» Зосима требовал от Геннадия согласия па поставление коломенского владыки, но не сообщал ему имени того, кто будет этим владыкою. Геннадий догадывался, что могут на это место посадить такое лицо, которое станет мирволить еретикам, и наотрез отказал. «Не управивши дела еретического, писал он, нельзя ставить владыку; не из иной земли добывать нам человека на владычество, а тутошним нашим нужно обыск учинить и тем, что с еретиками служили или с ними были в общении, назначить разные эпитимии, кому отлучение, а кому до конца извержение».

Настойчивые требования Геннадия, обращаемые к митрополиту, могли остаться без внимания, так как и прежде того Геннадий не раз уже писал в Москву, присылал разные доносы и улики на еретиков, а им в Москве не давали ходу: очевидно, люди, принадлежавшие к ереси и приближенные к государю, представляли Геннадия вздорным, беспокойным человеком. Но Геннадий, защищая православие, защищал разом и самого себя от подкопа, который вели против него враги. Вслед за письмом к митрополиту разразился он посланием, обращенным к русским архиереям: ростовскому, суздальскому, тверскому и пермскому; он убеждал их всех не соглашаться на поставление коломенского владыки, требовать немедленного созвания собора и суда над еретиками, и притом суда самого строгого. По мнению Геннадия, современных ему еретиков следовало наказывать строже, чем наказывали проклятием прежних еретиков на соборах. «От явного еретика человек бережется, – писал он, – а от сих еретиков как уберечься, если они зовутся христианами. Человеку разумному они не объявятся, а глупого как раз съедят!» Геннадий давал своим товарищам владыкам совет ни под каким видом не допускать на предстоящем соборе прений о вере. «Люди у нас просты, – писал он, – не умеют по обычным книгам говорить, так лучше о вере никаких речей не плодить, только для того и собор учинить, чтобы еретиков казнить, жечь и вешать. Они, еретики, взяли у меня было покаяние и эпитимию, а потом убежали: надобно их пытать накрепко, чтоб дознаться: кого они прельстили, чтобы искоренить их совсем и отрасли их не оставить». Уликами для еретиков должны были служить показания, отобранные Геннадием под пыткою у тех, которых прежде выслали к нему из Москвы. Уже он посылал эти показания в Москву, но им не верили, говорили, что они вынуждены были муками; и на это недоверие горько жаловался Геннадий архиереям. «При допросе, – писал он, – был я, святитель, двое бояр великого князя, да мой боярин, да опричь того несколько детей боярских, да игумены и священники, и все-таки тому не верят, да еще и на меня со лжою. Говорят, что я Самсонка мучил; не я его мучил, а сын боярский великого князя; мои сторожи только стояли, чтоб кто-нибудь посула не взял. Самсонко объявил, как он бывал у Федора Курицына, как приходили к нему Алексий протопоп, да Истома, да Сверчок, да Ивашка Черный, что книги пишет, и ругались над православием. Как бы тот смерд Самсонко знал, что у Курицына делается, если бы к Курицыну не ходил? Вот он знает, что у Курицына живет венгерец Мартынка, что из угорской земли с ним приехал: почем бы Самсонко знал это, если бы не был вхож в дом к Курицыну?» Геннадий убеждал архиереев стараться, чтобы великий князь непременно послал за новгородским архиепископом, и убеждал их без него не начинать никакого дела.

В показаниях Самсонка и других были признания в том, что еретики изрекали хулу на Христа, Пречистую Богородицу и всех Святых, ругались над иконами и над другими священными вещами. Сам Самсонко сознавался, что он с попом Наумом расщепляли святые иконы, а Наум, проходя мимо иконы Богородицы, показал ей кукиш. Другой еретик, Алексей Костев, вытащивши из часовни икону Успения, бросил на землю и начал поливать скверною водою. Третий, Юрка, бросил икону в лохань. Иные спали на иконах, другие мылись на них. Макар дьяк, который ел в пост мясо, плевал на икону, а Самсонко вырезывал из просфор кресты и бросал кошкам и собакам и пр.

Геннадиево послание оказало немедленное действие. Зосима не хотел собирать собора, но не мог противиться общему требованию архиереев и большинства духовенства, которое единогласно домогалось суда над еретиками. Собор открылся 17-го октября. Геннадия опять не пригласили, и архиереи решились приступить к делу без Геннадия, хотя он просил их добиваться, чтоб его непременно пригласили на собор. Кроме архиереев здесь было несколько монастырских настоятелей, священников и старцев, и между ними знаменитый в свое время Нил Сорский. До нас, к сожалению, не дошли подробные известия о ходе дел на этом соборе; мы знаем только его приговор. Основываясь на показаниях, присланных Геннадием, и на некоторых свидетельствах, собранных в Москве, собор обвинил новгородского протопопа Гавриила, священников: Дениса, Максима (ивановского), Василия (покровского), дьякона Макара, зятя Денисова Васюка, чернеца Захара и дьяков Гридю и Самсона в том, что они не поклонялись иконам, ругались над ними, называя их, зауряд с идолами, делами рук человеческих, признавали тело и кровь Христову простым хлебом и вином с водою. Уличили ли их при этом в прямом «жидовстве» – мы не знаем. Еретики упорно отпирались от обвинений, а в том, в чем нельзя было отпереться, каялись и просили прощения. Собор лишил их духовного сана, предал проклятию и осудил на заточение. Некоторых из них – неизвестно кого именно, но, вероятно, тех, которые были из Новгорода, – отправили к Геннадию в Новгород. Архиепископ приказал встретить их за 40 верст от города, надеть на них вывороченную одежду, посадить на вьючных лошадей лицом к хвосту, в берестовых шлемах с мочальными кистями, в соломенных венцах с надписью: се есть сатанино воинство. В таком виде ввезли их в город. Со связанными руками, они сидели, обращенные лицом на запад, по выражению Иосифа Волоцкого, смотря в ту сторону, где их ожидал вечный огонь. Владыка велел народу плевать на них, ругаться над ними и кричать: вот враги Божии, хулители христианские! После такого обряда на головах их зажжены были берестовые шлемы. По известию Иосифа, Денис скоро умер, за месяц перед смертью лишившись рассудка. Подобная участь постигла и Захара.