Лицо, которое первое подверглось строгости постановления соборного о бесплатном поставлении священников, был архиепископ Геннадий. Едва он прибыл в Новгород, как его обвинили в том, что он брал «мзду» со священников еще в большем размере, чем прежде. Это сделалось по совету Геннадиева любимца, дьяка Михаила Алексеева. Великий князь и митрополит произвели обыск и свели Геннадия в Москву. Вероятно, во избежание соблазнительного суда над Геннадием, ему позволили или велели подать от себя митрополиту «отреченную грамоту» (в июне 1504 года). В ней он отказывался от управления, как будто по причине немощи. Дело это остается для нас темным. Геннадий имел столько врагов, что взводимое на него обвинение могло быть несправедливым или, по крайней мере, преувеличенным. Геннадий поселился в Чудовом монастыре, где и умер через полтора года (в декабре 1505).

В то время, когда уже Геннадий доживал свой век в уединении, дело, начатое им, доканчивал друг его Иосиф Волоцкий. После собора, будучи в Москве, он виделся с Иваном Васильевичем наедине и до того подействовал на него своими речами, что великий князь стал говорить откровенно:

«Прости меня, отче, как митрополит и владыки простили. Я знал про новгородских еретиков». «Мне ли тебя прощать?» – сказал Иосиф. «Нет, отче, пожалуй, прости меня».

«Государь, – сказал ему на это Иосиф, – если ты подвигнешься на нынешних еретиков, то и за прежних Бог тебе простит».

Через несколько времени государь опять призвал к себе Иосифа и стал говорить о том же. Видно, что религиозная совесть Ивана Васильевича была возмущена:

«Митрополит и владыки простили меня», – сказал Иосифу государь.

«Государь и великий князь, – возразил Иосиф, – в этом прощении нет тебе пользы, если ты на словах просишь прощения, а делом не ревнуешь о православной вере. Пошли в Великий Новгород и в другие города, да вели обыскать еретиков».

«Этому быть пригоже, – сказал Иван Васильевич, – а я знал про их ересь».

Иван Васильевич рассказал при этом Иосифу, какой ереси держался протопоп Алексий и какой – Федор Курицын. «У меня, – говорил великий князь, – Иван Максимов и сноху мою в жидовство свел». Тут открылось Иосифу, что Ивану давно уже было известно, как еретики хулили Сына Божия, Пресвятую Богородицу и святых, как жгли, рассекали топором, кусали зубами и бросали в нечистые места иконы и кресты. «Теперь, – говорил Иван, – я непременно пошлю по всем городам обыскать еретиков и искоренить ересь».

Но после данного обещания Иван долго ничего не делал, и снова, призвавши к себе Иосифа обедать, спросил: «Как писано: нет ли греха еретиков казнить?»

На это Иосиф сказал, что у апостола Павла в послании к евреям написано: «Кто отвергнется Моисеева закона, тот при двух свидетелях умрет. Кольми паче тот, кто попирает Сына Божия и укоряет благодать Святого Духа!» Иван замолчал и не велел Иосифу более говорить об этом.

Из этого можно заключить, что Иван отчасти сам подпадал влиянию еретиков и склонялся к ереси, а потом, хотя и раскаивался, но все еще колебался. Лета брали свое. Иван слабел здоровьем и приближался к гробу. Страх замогильной жизни побуждал его искать примирения своей души с церковью; но в нем еще боролись прежние еретические внушения, нашедшие к нему доступ, потому что были согласны с его практической натурой. Вероятно, их поддерживали и православные, предпочитавшие кроткие меры жестоким. Иосиф действовал на Ивана через его духовника, андрониковского архимандрита Митрофана. «Я много раз, – писал к нему Иосиф, – бил челом государю, чтобы послал по городам обыскивать еретиков. Великий князь говорил: пошлю, сейчас пошлю! Но вот уже от велика дня другой год наступает, а он все не посылал. Еретики же по всем городам умножились, и православное христианство гибнет от их ереси!» Иосиф представлял Митрофану множество примеров из византийской истории, когда православные императоры мучили и убивали еретиков, и убеждал доказать великому князю, что нет греха мучить их. «Стоит только схватить двух-трех еретиков, – замечал он, – и они обо всех скажут». Но против Иосифа ополчалась и православная партия, смотревшая на дело иначе. Ее главой был преподобный Нил Сорский. Его последователи, старцы Кирилло-Белозерского монастыря и вологодских монастырей, доказывали противное в своем послании к Иосифу. Они упрекали его в том, что он руководствуется примерами Ветхого Завета, а забывает Евангелие и христианское милосердие. «Господь, – писали они, – не велел осуждать брату брата, а одному Богу надлежит судить человеческие согрешения; Господь сказал: не судите и не осуждены будете, и когда к нему привели жену, взятую в прелюбодеянии, тогда премилостивый судья сказал: кто не имеет греха, тот пусть на нее первый бросит камень; потом, преклонивши главу, Господь писал на земле прегрешения каждого и тем отвратил от нее убийственную жидовскую руку. Пусть же каждый примет от Бога по своим делам в день судный! Если ты, Иосиф, повелеваешь брату убивать coгрешившего брата, то значит: ты держишься субботства и Ветхого Завета. Ты говоришь: Петр Апостол Симона волхва поразил молитвою: сотвори же сам, господин Иосиф, молитву, чтобы земля пожрала недостойных еретиков или грешников! Но не услышана будет от Бога молитва твоя, потому что Бог спас кающегося разбойника, очистил милостию мытаря, помиловал плачущую блудницу и назвал ее дочерью. Апостол написал, что готов получить анафему oт Христа, т.e. быть проклятым, лишь бы братья eго Израильтяне спаслись: видишь ли, господин, апостол душу свою полагает за соблазнившуюся братию, а не говорит, чтобы огонь их пожег или земля пожрала. Ты говоришь, что катанский епископ Лев связал епитрахилью волхва Лиодора и сжег при греческом царе. Зачем же, господин Иосиф, не испытаешь своей святости: свяжи архимандрита Кассиана своею мантиею, чтобы он сгорел, а ты бы его в пламени держал, а мы тебя извлечем из пламени, как единого от трех отроков!.. Петр апостол спрашивал Господа: можно ли прощать своего согрешившего брата семь раз на день? А Господь сказал: не только семь, но семью семьдесят раз прости его. Вот каково милосердие Божие!»

Несмотря на этот протест, настойчивость Иосифа и государева духовника Митрофана взяла верх. Иван Васильевич, долго колебавшись, в декабре 1504 года созвал собор и предал на его решение дело об ереси. Собор обвинил и предал проклятию нескольких уличенных еретиков. Иосиф настаивал, чтобы не обращали внимания на их раскаяние, потому что оно вынужденное, и требовал самой жестокой казни над наиболее виновными. Иван Васильевич не мог уже, если бы даже хотел, спасти их против воли всего собора, уступившего во всем убеждениям Иосифа. Дьяк Волк Курицын, Димитрий Коноплев и Иван Максимов были сожжены в клетках 28 декабря в Москве. Некрасу Рукавому отрезали язык и отправили в Новгород: там сожгли Рукавого, архимандрита Кассьяна, его брата и с ними многих других еретиков. Менее виновных отправили в заточение в тюрьмы, а еще менее виновных в монастыри. Но Иосиф вообще не одобрял отправления еретиков в монастыри. «Этим ты, государь, – говорил он, – творишь мирянам пользу, а инокам погибель». Впоследствии, когда в его монастырь прислан был еретик Семен Кленов, он роптал на это и доказывал, что не следует предавать покаянию еретиков, а надлежит их казнить. Спор с последователями Нила Сорского об обращении с еретиками продолжался долго после, даже и по смерти Иосифа, у его последователей, носивших на Руси название «Осифлян».

После казни, совершенной над еретиками в 1504 году, все они, как и их соумышленники и последователи, преданы были церковному проклятию. Спустя почти два столетия, в неделю православия предавались анафеме имена: Кассиана, Курицына, Рукавого, Коноплева и Максимова со «всеми их поборниками и соумышленниками». Со времени казней, совершенных в последнее время царствования Ивана, в официальных памятниках не упоминается более о жидовствующей ереси. Но она не была истреблена совершенно и продолжала существовать в народе из поколения в поколение, в ряду других уклонений от господствующей церкви: это ясно из того, что до сих пор существует в русском народе жидовствующая ересь, которой последователи признают себя преемниками новгородских еретиков.