Однако Европа находилась в то время еще в самом разгаре секуляризации. Люневильским мирным договором 1801 года Наполеон принудил Германскую империю к секуляризации владений и состояния князей церкви. В результате двухлетних торгов в феврале 1803 года регенсбургское имперское собрание постановило провести секуляризацию. В руки светских властей были переданы владения и состояния трех церковных курфюрстов — Кельнского, Майнцского и Трирского архиепископов. (Начиная с этого времени, Кельнский и Трирский архиепископы больше уже не были курфюрстами, а Майнцский остался им.) Аналогичным образом были секуляризированы владения 22 архиепископств и епископств, 80 аббатств и более чем 200 монастырей. Ставшая, по существу, бедной, церковь империи отказалась также и от 18 своих университетов. Секуляризация и военные поражения Австрии укрепили на территории Германской империи влияние протестантской Пруссии. Рожденная еще в средние века Священная Римская империя германской нации окончательно ушла в прошлое. Император Франц II (1792–1835) принял на себя в 1804 году титул австрийского императора. Отказавшись в 1806 году от титула императора Римской империи, он в качестве императора Австрии и короля Венгрии правил под именем Франца I. На территории Австрийской империи Габсбурги продолжали иозефистскую церковную политику, и Франц I не был даже склонен заключать конкордат с папой Пием VII.

Торжественной демонстрацией взаимопонимания французского государства и папства, характера их взаимоотношений явилась коронация 2 декабря 1804 года в соборе Парижской богоматери Наполеона, принявшего титул французского императора. Диктатор потому нуждался в содействии папы, что источником конституционной императорской власти он провозгласил уже не волю народа, а волю и милость Божью. Императорская власть могла быть узаконена только при содействии папы; церковь же при этом становилась ее оплотом. Но если Карл Великий отправился в Рим за императорской короной, то Наполеон призвал папу к себе на праздник коронации. Поддавшись уговорам Талейрана, Пий VII добровольно вызвался на это. Церемония, назначенная на 2 декабря, началась с запозданием: императорская чета заставила папу два часа дожидаться их в соборе Парижской богоматери. Наполеон принял от папы только помазание святым елеем и, к крайнему удивлению Пия VII, сам взял у него из рук корону и водрузил ее себе на голову. Императрица Жозефина тоже получила корону милостью Божьей, но из рук своего супруга. Эта сцена явила собой нечто большее, чем мелочное унижение папы. Наполеон показал этим всему миру, что источником своей власти является он сам и что он не нуждается в папе для опосредствования милости Божьей. Присутствие наместника Христа придало больший блеск празднеству, его «ассистирование» только еще больше закрепило императорскую власть.

Начиная с этого момента Наполеон все более сознательно стал стремиться к тому, чтобы поставить институт папства себе на службу. Он попытался даже уговорить папу остаться и перенести курию в Авиньон или в Париж. Наполеон хотел сохранить папство, но отводил ему лишь такую роль, какую Карл Великий или Филипп Красивый отводили авиньонским папам. Курия должна была стать религиозным центром наполеоновской империи, органом церковно-политического надзора над остальными национальными церквами. Папа был обречен на роль наполеоновского патриарха.

Пий VII понял смысл сцены в соборе Парижской богоматери и никоим образом не хотел оставаться во Франции. Несмотря на свои обиды, он, однако, с лояльностью признавал, что Наполеон спас французскую церковь от гибели; кроме того, в деле материальной поддержки духовенства, сохранения католических учреждений император отнюдь не давал повода обвинять его в скупости. Тем не менее, исходя из интересов вселенской церкви и папства, Пий VII не пожелал добровольно брать на себя роль придворного капеллана Наполеона.

В мае 1805 года Пий VII вернулся в Рим и повел нейтралистскую политику по отношению к великодержавным боям, разыгрывавшимся в Европе. Вскоре выяснилось, что компромисс буржуазного государства и феодальной церкви не может быть прочным и длительным. Коренные интересы папства влекли его в лагерь контрреволюционной реакции. В конце 1805 года папа через Консальви выразил протест против оккупации французами Неаполитанского королевства, поскольку он продолжал считать его папской вассальной территорией. В ответ на это Наполеон вынудил папу уволить Консальви. А французская армия оккупировала «втиснутые» между неаполитанскими землями папские владения Беневенто и Понтекорво.

Противоречия между Наполеоном и Пием VII еще больше обострились в связи с двумя новыми моментами. Во-первых, папа не пожелал расторгнуть брак Наполеона с Жозефиной. Тем самым он стал препятствием на пути осуществления династических планов Наполеона посредством заключения брака с дочерью Франца I — Марией Луизой. Во-вторых, папа в соответствии со своей нейтралистской позицией не принимал участия в континентальной блокаде. Тем самым Пий VII противодействовал планам Наполеона против Англии, направленным на осуществление полной континентальной блокады. Папа не мог ожидать помощи даже от австрийцев, когда в феврале 1808 года французы снова оккупировали прибрежную часть Церковного государства и Рим. В апреле Наполеон присоединил к Итальянскому королевству четыре новых провинции (марки). Тогда папа открыто обратился за помощью к европейским державам, но никто и пальцем не пошевелил для его защиты. В начале сентября 1808 года французские войска окружили Квиринал, резиденцию папы, и направили дула шести орудий на его жилые покои. В конце концов в мае 1809 года Наполеон ликвидировал Церковное государство, а Рим и его окрестности (Лацио и Умбрию) присоединил к Франции. В ответ на это Пий VII 10 июня 1809 года отлучил Наполеона от церкви, как покусившегося на Patrimonium Petri (наследство Петра). Императора не особенно смутило сопротивление папы. На его буллу об отлучении Наполеон лаконично ответил: «Противодействие папы не лишило меня ни одного католического солдата».

В войне с Наполеоном Австрия потерпела новое поражение; она вынуждена была заключить мир, скрепив его даже династическим браком. Теперь не было уже никаких препятствий для полной ликвидации папства. По приказу императора 6 июля 1809 года папа был арестован и увезен во французский город Савону, где его содержали под домашним арестом во дворце епископа; вместе с ним был арестован и статс-секретарь Пакка. По распоряжению Наполеона курия и куриальные кардиналы перебрались в Париж, чтобы здесь создать центральное управление церковью, уже без папы. (Предварительно из Рима были изгнаны 14 враждебных по отношению к Франции кардиналов.) Из 29 кардиналов, переехавших в Париж, 13 были лишены Наполеоном своего сана и доходов за то, что посчитали незаконным его брак с Марией Луизой. (После этого их стали называть черными кардиналами.)

Папу, который даже в заточении продолжал сопротивляться Наполеону, находившемуся в зените своей власти, пытались сломить с помощью французского национального собора. Однако собравшийся в 1811 году собор — хотя во многих отношениях выполнил желания императора — не выказал склонности действовать против папы. Тогда Наполеон разогнал собор и аннулировал конкордат 1801 года. Главное свое внимание он сконцентрировал на судьбоносном, по его мнению, русском походе. Перед началом похода (в первых числах июня 1812 года) он перевел Пия VII из Савоны в Фонтенбло, где папа содержался под строгим надзором.

Фиаско, которое потерпел Наполеон в русском походе, поколебало его власть. В начале января 1813 года побитый император лично посетил пленного папу. Совершенно растерянный и дезориентированный относительно происходящих событий, Пий VII поддался уговорам Наполеона и подписал проект нового конкордата, в котором папа почти по всем позициям уступал желаниям Наполеона. Так, в частности, он отказался и от Церковного государства и готов был принять от Наполеона компенсацию в сумме двух миллионов франков ежегодно; он отказался также от назначения епископов и взял на себя обязательство утвердить вновь назначенных епископов. Наполеон хотел поднять свой пошатнувшийся политический авторитет посредством победы над папой, своим успехом в области церковной политики, не говоря уже о том, что теперь он еще больше нуждался в поддержке церкви. Папа вновь мог встречаться со своими любимыми кардиналами — Консальви и Пакка, которые, однако, просветили его в отношении подлинного положения дел. Они уговорили его в конце марта 1813 года взять назад свое предварительное согласие на проект нового конкордата. Наполеон же в это время был полностью поглощен мыслями о вооруженной защите Франции, а папство потеряло для него какое-либо значение. Папе было разрешено вернуться в Савону; после же поражения Наполеона под Лейпцигом папа обратился к победителям с просьбой о реабилитации и реставрации его государства. Потерпев новые военные поражения, Наполеон разрешил Пию VII вернуться в Рим, и 24 мая 1814 года папа въехал в Вечный город.