Пий VI думал, что остроту антиримского иозефизма он сможет смягчить, сделав ставку на свой личный авторитет в глазах верующего императора. Поэтому весной 1782 года состоялась поездка папы в Вену, так сказать, «Каносса наоборот». 23 марта 1782 года в Хофбурге папа впервые встретился с Иосифом II. Вена приняла папу в соответствии с полагающимся по сему случаю протоколом, и Пий VI оказался в подлинном водовороте помпезных церковных празднеств. Однако Иосиф II остался по отношению к папе верующим, но, будучи верным своему титулу монарха, он поставил государственные интересы выше церковных обязанностей. Папа ни по одному вопросу не смог склонить императора пересмотреть свою церковную политику.
Папа несколько раз беседовал и с высшими священнослужителями монархии. Среди епископов только кардинал Герцан фон Геррах, Сомбатхейский епископ, безоговорочно поддерживал иозефистскую политику. Венский архиепископ-кардинал, а также большинство венгерских епископов во главе с Эстергомским архиепископом графом Йожефом Баттяни считали обидным вмешательство императора в дела церкви. За несколько дней до своего отъезда из Вены папа принял на аудиенции венгерских епископов, которые предостерегли его от новых уступок венскому императору. Но и заверения в верности венгерских епископов не помогли позднему преемнику Григория VII забыть понесенное ему в венском Бурге поражение.
Пий VI еще более решительно выступил против итальянской разновидности иозефизма. Хотя идея государственной церкви воплотилась в жизнь в Неаполе, Ломбардии и в большинстве итальянских государств, антипапскую направленность она получила в первую очередь в Тоскане, во главе которой стоял эрцгерцог Леопольд (в 1790–1792 годах император Леопольд II). На епископском соборе в Пистое в 1786 году были приняты принципы церковной политики, пронизанные янсенизмом и иозефизмом. Пий VI априори отверг решения собора, но только в 1794 году в его булле «Auctorem fidei» итальянский иозефизм был открыто заклеймен.
Баталии вокруг идеи государственной церкви казались лишь вспышками на фоне той борьбы не на жизнь, а на смерть, которая велась между Французской революцией и папством. Оценка взаимоотношений буржуазной революции и церкви всегда была политическим вопросом. В лице Бюше — «утопического социалиста» французского католического рабочего движения — Великая французская революция обрела мощный генератор социального обновления христианства. Однако, по мнению традиционалиста де Местра, его деятельность вполне может быть отождествлена с деяниями сатаны, так как он приблизил осуществление пожелания Вольтера: «Растопчите гадину!»
Французская буржуазная революция, последовательно уничтожая феодализм, одновременно для выполнения этой задачи разрушала и католическую церковь. Духовенство владело во Франции 10 процентами обрабатываемой земли. Около 3000 высших священнослужителей были выходцами из дворянства и идентифицировались с ансиенским режимом. Занятие епископских кресел рассматривалось исключительно как привилегия придворной аристократии. Таким образом, социальные противоречия были достаточно острыми и в среде духовенства.
Из состоявшегося в 1789 году сословного собрания Франции 149 священников и 4 епископа, в том числе аббат Сийе и Отюнский епископ Талейран, присоединились к революционному учредительному национальному собранию. Церковное (духовное) сословие добровольно отказалось от сословных привилегий. Национальное (законодательное) собрание 2 ноября 1789 года проголосовало за предложение Талейрана о секуляризации владений и состояния католической церкви и об установлении духовенству государственного жалованья. В феврале 1790 года пришел черед роспуска монашеских орденов. 12 июля 1790 года национальное собрание приняло закон о конституции французской национальной церкви (Constitution civile). В соответствии с этим документом число епископств было сокращено со 134 до 83; при этом назначение епископов доверялось выборным государственным органам. Тем самым французская церковь была отделена от Рима.
Однако до тех пор, пока не прервались дипломатические контакты (май 1791 года), Пий VI проводил по отношению к Французской революции политику выжидания и увещеваний. Он действительно оказался совершенно растерянным перед лицом революционных событий. И даже присягание французского духовенства Constitution civile он запретил только спустя год, когда значительная часть духовенства уже совершила акт присяги. В своем послании от 13 апреля 1791 года Пий VI объявил революцию несовместимой с верой и принадлежностью к церкви. Вследствие этого французская церковь раскололась: одна ее часть — сторонники конституции — принимала новую систему, а другая часть, консервативная, сохраняла верность папе. Когда революция стала носить более радикальный характер, церковь, занимавшая враждебную ей позицию, была подавлена административными средствами. Папа — хотя и отлучил от церкви Талейрана — сам никакого влияния на ход событий не мог оказать. На папские проклятия и отлучения революция ответила тем, что в сентябре 1791 года она окончательно присоединила к Франции Авиньон и графство Венессен, являвшиеся владениями папы.
Во время якобинской диктатуры борьба против феодальной церкви трансформировалась в борьбу против католической религии. Около 40 000 священников вынуждены были из-за преследований оставить Францию и стали решительными приверженцами организующейся международной контрреволюционной коалиции. Теперь стало ясно, какими трагическими последствиями для слуг алтаря обернулся союз трона и алтаря. Революционная диктатура отправила 21 января 1793 года на гильотину Людовика XVI. Пий VI отслужил в Риме траурную литургию и объявил казненного монарха мучеником католической веры. Тем самым папа снова ангажировал себя на стороне прошлого, казненного вместе с королем.
Революционная чрезвычайная ситуация вынудила Пия VI создать для разработки и согласования своих политических шагов самостоятельную куриальную организацию. Так, в 1793 году на временных основах было создано папское министерство иностранных дел — Конгрегация чрезвычайных дел, во главе которой стоял кардинал-государственный секретарь. Резиденцией Конгрегации был Ватикан, и среди ее членов находились такие кардиналы, которые, функционируя до этого в роли нунциев, были отлично знакомы с дипломатической деятельностью.
Важным распоряжением Директории, означавшей расширение буржуазного развития и господство буржуазии, было принятие в 1796 году закона о свободе совести (свобода вероисповедания). Взаимоотношения между папством и Французской Республикой от этого не стали лучше — ведь папы до этого отвергали мысль о свободе вероисповедания. Более того, именно начавшиеся в период Директории захватнические войны привели к непосредственному конфликту между Римом и Парижем.
Руководителем контрреволюционной реакции, направленной против Французской революции, была на континенте Австрия. Полководец революции Наполеон Бонапарт, следуя вековой практике, завоевав Италию, нанес удар по могуществу Габсбургов. В ходе своего первого итальянского похода 1796 года Наполеон в нескольких сражениях разбил австрийцев, отобрал у них Северную Италию и вторгся также на территорию Церковного государства. В соответствии с июньским Болоньским перемирием папа в 1796 году отказался от Болоньи, Феррары и передал французам Анкону. Наряду с этим он обязан был выплатить 21 000 000 скудо контрибуции; кроме того, победители захватили и увезли с собой в Париж несколько сот бесценных произведений искусства.
Тогда папа заключил союз с враждебными французам Австрией и Неаполем. Наполеон снова одержал победу и глубоко вторгся на территорию Папской области. По условиям заключенного 19 февраля 1797 года в Толентино мира, хотя папу и не удалось принудить к признанию конституционной французской церкви, значительной доли своей светской власти он был лишен. Пий VI вынужден был отказаться от Авиньона и Венессена, а также от трех захваченных французами легаций: Болоньи, Феррары и Равенны и от портовой гавани Анконы. Папа заплатил 15 000 000 скудо контрибуции, и новые произведения искусства перекочевали во Францию.