Неотъемлемым условием мирового господства пап, превращения их государства в подлинное государство было создание папских вооруженных сил. Это тоже восходит ко времени правления «ренессансовых» пап. Истинным создателем папской наемной армии был Александр VI, а точнее, ее полководец, сын папы — кардинал Чезаре Борджа. Папские наемники вербовались в первую очередь из швейцарских кантонов.

Александр VI сначала упрочил свою власть в Папском государстве. Первым его делом было укрепление общественной безопасности, пошатнувшейся при его предшественниках. Мелких государей, находившихся на территории Церковного государства, как непослушных его вассалов, изгнали, или уничтожили, или сломили. В самом Риме также подавили, а потом ликвидировали две противостоящие друг другу партии — гвельфов Орсини и гибеллинов Колонна. Церковное государство первоначально тоже было объединением городских территорий; каждый город располагал известной самостоятельностью, но в конце средневековья здесь также возобладал папский абсолютизм. Начиная с середины XV века уже не было случаев, чтобы папа вынужден был бежать из Рима, спасаясь от народного бунта. Центральный государственный аппарат вырос в огромную махину, паразитируя на доходах, стекавшихся со всего христианского мира и с Церковного государства. Он стал армией дармоедов, а не государственно-административной организацией, которая со знанием дела осуществляла бы бюрократическо-чиновничью службу. Учреждения были продажны (для этого ведь не нужно было знание дела); по существу, создание новых учреждений и ведомств было не чем иным, как формой получения государственного займа.

Дальней перспективной целью Борджа было реальное овладение Церковным государством как наследным итальянским королевством. Пока это не удавалось еще ни одному выдвигавшему пап крупному семейному клану. К достижению итальянской гегемонии папа Александр VI стремился через своего сына-первенца Чезаре. А Чезаре Борджа мог стать монархом по образцу «Государя» Макиавелли, поскольку он был действительно первым современным политиком, который смотрел на политику с позиций полной нравственной вседозволенности. Вслед за Ранке историография считает Чезаре «виртуозом преступлений», который расправился не только со своими союзниками и противниками, но также и со своими братьями. Самый младший сын Александра VI, Джованни, был убит по приказу Чезаре наемными убийцами. Непоты рвущегося ко все большей власти клана Борджа заняли место креатур предшествующего папы — Ровере. Чезаре изгнал из Имолы вдову Риарио. В то же время Лукреция Борджа стала герцогиней Феррары.

До Александра VI итальянские мелкие государства придерживались, по эффектной формулировке Лоренцо Медичи, «политики равновесия»: по его мнению, равновесие в Италии достигалось балансом могущества таких городов-государств, как Венеция, Милан, Флоренция, Рим и Неаполь. Однако с конца XV века Италия снова привлекла к себе внимание иноземных захватчиков, а под влиянием их экспансии нарушилось и это равновесие. В XIV–XV веках итальянские города-государства еще не были заинтересованы в политическом единстве, поскольку оно ограничивало бы их самостоятельность, их независимое развитие. Их интересами управляла конкуренция, а не идея сплочения. Императорское владычество над Италией стало номинальным, папская власть переживала упадок; поэтому ни император, ни папа не угрожали самостоятельности крупных городов-государств. Вопрос политического единства Италии до тех пор не стал для итальянского общества жизненно важным, пока раздробленность страны не пробудила аппетиты иноземных захватчиков (французов, испанцев, немцев).

Вышедшая окрепшей из Столетней войны Франция, ее централизованная сословная монархия, собравшись с силами к концу века, вновь выступила завоевательницей — теперь уже в Италии. Французские короли и стремившиеся к мировому господству австрийские и испанские Габсбурги положили начало вековой борьбе европейских великих держав за богатую Италию. Владение Италией впредь означало европейскую гегемонию.

Избранными монархами Германско-римской империи начиная с середины XV века были Габсбурги. Максимилиан I (1493–1519) за счет удачного брака приобрел Нидерланды и значительную часть Бургундии и в конце концов в 1493 году стал германско-римским императором. В 1496 году он женил своего сына, Филиппа, на единственной наследнице испанской супружеской пары (Фердинанда и Изабеллы) — Хуане. После смерти Филиппа и Хуаны их сыновья (внуки Максимилиана) унаследовали испанские и австрийские владения. Старший, Карл, унаследовал императорский трон; с 1506 года он — государь Нидерландов и Бургундии, а с 1516 года стал наследным владельцем Испании, Неаполя и Сицилии, Сардинии. Его младший брат, Фердинанд, унаследовал австрийские провинции; он же был кандидатом на получение венгерского, чешского и, может быть, польского трона (наследия Ягелло). Так, Габсбурги как бы взяли в кольцо французов и как в Южной, так и в Северной Италии стали конкурентами французского влияния. По существу, единственной возможностью для великой французской державы вырваться из кольца Габсбургов оставалась экспансия в Италию.

Сражения за Италию, в которых папам оставалось довольствоваться ролью державы второго сорта, начались в 1494–1495 годах походом французского короля Карла VIII. В 1494 году его войска захватили (как наследное владение Анжу) находившийся под господством арагонской испанской династии Неаполь. В этом состязании великих держав Александр VI сначала принял сторону французов, которых он считал менее опасными. Но когда Карл VIII распространил французскую гегемонию почти на всю Италию, папа повернул против него. Став во главе итальянских городов, Александр VI в борьбе против французских захватчиков рассчитывал также на внешние силы. В 1495 году была создана сроком на 25 лет Священная лига; членами ее стали: папа, Венеция, Милан, Испания Фердинанда и император Максимилиан I. Императорские и испанские войска изгнали французов из Неаполя, который оказался навечно потерянным для французских завоевателей и начиная с этого времени на протяжении веков стал базой испанского влияния в Италии. С этих пор внимание Карла VIII и его преемников обращается на завоевание Северной Италии.

Лавируя между противоречиями великих держав, Александр VI попытался создать Средне-Итальянское королевство Борджа. Наибольшее сопротивление этому оказывала Тоскана во главе с переживающей свой расцвет Флоренцией. Александр VI при поддержке французов и в союзе с внутренней оппозицией изгнал из Флоренции Медичи. Во Флоренции было реставрировано королевство. Однако вскоре верх одержало радикальное народное движение, которое возглавил настоятель доминиканского монастыря Святого Марка во Флоренции Джироламо Савонарола. Призывами к проведению церковной реформы, восстановлению изначальной апостольской бедности церкви он завоевал на свою сторону городскую бедноту. Фанатичный монах с жаром бичевал не только богатство церкви, но и развратный образ жизни богатого бюргерства. Простые люди с трепетом слушали слова проповедника, предрекавшего всякие ужасы, ожидавшие их на том свете. В 1494–1498 годах Савонарола был неограниченным диктатором Флоренции. Его целью было создание с помощью французов теократического города-государства. Начиная с 1495 года Савонарола резко выступает против папы, однако его критика носила не столько теологический характер, сколько содержала в себе безжалостное обличение разврата и безнравственности папского двора. Папа сначала распорядился не отвечать на его нападки, а затем в 1497 году отлучил Савонаролу от церкви. Поскольку настроение масс обратилось против диктатора, он попал в руки инквизиции. Его подвергли пытке раскаленным железом. Это дало нужный папе результат, и 23 мая 1498 года Савонарола был сожжен на костре как еретик.

Трагедия Савонаролы означала поражение и итальянской церковной реформы. Сопровождавшаяся революцией бедняков церковная реформа не вышла за стены Флоренции, потому что ее аскетизм и радикализм не соответствовали интересам итальянской торговой буржуазии. Смерть Савонаролы также не вызвала особого потрясения, не стала возбудителем широкого народного движения, как в свое время мученическая смерть Яна Гуса. В основе же противостояния Савонаролы и папы были не религиозные, а политические причины. Повернувший против французов папа хотел приобрести для Священной лиги и Флоренцию, но та, опасаясь за свою самостоятельность, больше верила в союз с французами. Когда же Карл VIII потерпел поражение в Италии, Флоренция выдала папе Савонаролу.