В конце XIII века в Ломбардии возникло движение так называемых гумилиагов, движение наполовину монашеского, наполовину еретико-аскетического характера. Луций III и их объявил еретиками.

Светская власть охотно предложила папской церкви свою вооруженную помощь для расправы с еретиками. Во время понтификата Иннокентия III получило широкое распространение выявление еретиков и осуждение их церковным судом, но с помощью светской власти. В принципе инквизиция всегда существовала в церкви. Первоначально она означала не что иное, как сохранение в чистоте догматов веры и исключение из церкви погрешивших против них. Эта практика была закреплена начиная с XIII века. В связи с тем что в средние века церковь и религия стали общественными факторами, нападки на них расценивались одновременно и как нападки на государство и общественный строй. Правовые и организационные начала средневековой инквизиции были разработаны папой Александром III на соборах 1162 года в Монпелье и 1163 года в Туре и изложены в документе, где было указано, как следует обращаться с еретиками. До средних веков действовал принцип, согласно которому еретиков следовало не истреблять, а убеждать. Начиная с этого времени церковники должны были выступать против еретиков, даже не предъявляя им обвинения в служебном порядке (ex officio). Теологи и правоведы разработали принцип о том, что ересь тождественна оскорблению высшей власти (оскорблению величества) и поэтому подлежит наказанию государством. В 1184 году на соборе в Вероне Луций III издал декрет, начинающийся со слов «Ad abolendam», направленный против еретиков. Духовенству вменялось в обязанность не только выдвигать обвинения в ереси в случаях, ставших им известными, но и проводить процесс расследования (inquisitio). Присутствовавший на соборе император Фридрих I возвел церковное проклятие еретикам в имперский закон; тем самым еретики подлежали преследованию и со стороны государства. Светская власть объединилась с церковной инквизицией против общего врага. Расследование вели церковники, судебные процессы против еретиков организовывала также церковь, но допрос и исполнение приговоров — грязная работа — возлагались на светскую власть.

Впервые в соответствии с кодексом законов от 1197 года короля Арагона Педру II было установлено, что еретиков надлежит сжигать на кострах. А Иннокентий III, подтверждая в 1199 году ранее упомянутый декрет папы Луция, дополнил его словами о том, что ересь в соответствии с римским правом тождественна оскорблению величества и, как таковая, наказуема смертью на костре. Согласно другому объяснению еретика сжигали на костре потому, что первоначально ересь сравнивали с чумой. Ересь — это чума души, смертельный враг истинной веры, и она так же быстро распространяется, как и настоящая чума. Единственным способом остановить чуму и воспрепятствовать дальнейшему заражению считалось сожжение трупов умерших от чумы и принадлежавших им вещей. Поэтому и против ереси это был единственный способ врачевания. В 3-м каноне IV Латеранского вселенского собора постановление Иннокентия было канонизировано, а император Фридрих II в 1224 году сделал его имперским законом.

Папская инквизиция в окончательной форме сложилась в 1200-х годах. При папе Григории IX касающиеся ее законы претерпели дальнейшие изменения, и наконец в 1231 году была издана папская конституция, начинавшаяся словами «Excommunicamus». Теперь уже наряду с епископскими инквизициями действовали и папские инквизиторы; проведение инквизиции папа поручил новым нищенствующим орденам. Особенно детально положение об инквизиции было разработано доминиканцами. Развертывание папской инквизиции было ускорено главным образом конституцией Иннокентия IV 1252 года, начинавшейся словами «Ad extirpande». В этом документе папа предусмотрел использование при допросах камеры пыток. Создание первого папского суда инквизиции произошло при Николае IV в конце XIII века. Инквизиция была беспощадной. Еретиков — по второе колено — лишали гражданских и политических прав, запрещалось их хоронить, они не имели права на апелляцию и защиту, их имущество подлежало конфискации, а доносивших на них награждали. В этом церковные учреждения действовали сообща со светской властью. В эпоху террора инквизиции, переросшего в массовые преследования, с помощью горевших на площадях городов костров пытались запугать людей и удержать их от любых выступлений против существующего строя.

Возникновение массовых еретических движений отражало также кризис церковного мировоззрения. На помощь пошатнувшемуся авторитету церкви поспешили нищенствующие ордена. Францисканцы (минориты — меньшие братья) и доминиканцы отличались от прежних (монастырских) монашеских орденов тем, что жили не за стенами монастыря и не за счет его владений, ограничиваясь выполнением тихой монастырской работы и совместной молитвой, а взяли на себя задачу публичного обучения и проповеди вне монастырей, существуя на милостыню, собираемую в миру (отсюда и название «нищенствующий орден»). То, что они давали обет бедности, нашло свое выражение также и во внешних атрибутах. Нищенствующие ордена были созданы под воздействием еретических движений (и много переняли у них), но в определенной степени — для их удушения. Высшее духовенство именно поэтому вначале с недоверием наблюдало за ними (этим можно объяснить то обстоятельство, что на IV Латеранском соборе создание новых орденов было запрещено). Однако папы вскоре поняли, сколь большие возможности таятся в нищенствующих орденах. Облаченные в «еретическую одежду», появлявшиеся в нужных местах, братья могли распространять и защищать среди горожан и бедных масс учение официальной церкви более успешно, чем приспособившиеся к властям богатые монастырские ордена и «белое» духовенство.

Средневековая церковь была богатым и влиятельным учреждением, в котором епископские и аббатские звания присваивали представителям феодального дворянства. В то же время важной чертой духовных философских течений являлась идеализация бедности, и наиболее пылким проповедником бедности стал последователь Бернара Клервоского Святой Франциск Ассизский. Жизненным идеалом буржуазных устремлений, противостоящих феодальному обществу, было если и не стремление к бедности, то, несомненно, стремление к простоте, к рационализму. Это проявилось в движениях, проповедовавших бедность: с одной стороны, в еретических движениях, развивавшихся вне церкви; с другой стороны, внутри церкви — в нищенствующих орденах.

Франциск Ассизский (1182–1226) был образованным, обладавшим сильными социальными чувствами светским человеком, который ощутил свое призвание в проповеди бедности. Франциск вместе с одиннадцатью своими сподвижниками предстал перед могущественным папой Иннокентием III с просьбой разрешить им проповедь апостолической духовности. Иннокентий III лишь на словах обещал поддержку их устава. (Вероятно, и сам Франциск не хотел создавать орден, подчиняющийся строго определенным правилам.) Развернувший в середине XII века свою деятельность орден миноритов, или францисканцев, занимался пастырской деятельностью, теологическими науками и проповедничеством на понятном для простого народа языке.

Устав ордена миноритов (Ordo Fratres Minorum), основанного на централистских началах, был утвержден в 1223 году папой Гонорием III.

Борьба против ереси катаров обусловила необходимость создания ордена доминиканцев, или ордена братьев-проповедников. Название позднее объясняли следующим образом: монахи считали себя Domini canes — псами Господними. Основателем ордена братьев-проповедников (Ordo Fratrum Praedicatorum) был Святой Доминик (около 1170–1221), который был каноником, но, отказавшись от должности, принял обет бедности и посвятил свою жизнь борьбе с еретиками. Иннокентий III еще противился усилению ордена, но следующий папа в 1216 году утвердил его. Теологическая деятельность доминиканцев не в последнюю очередь служила прагматическим целям дискуссии с ересью. Орден разрабатывал для инквизиции не только теологические аргументы, но и хитроумные правовые положения. Папская инквизиция оказалась почти исключительно в руках ордена доминиканцев.