Папа обосновывал свое верховенство над христианской Европой необходимостью концентрации сил христианства для возвращения Святой земли, что было возможно, по его утверждению, осуществить лишь под руководством церкви. Однако IV крестовый поход (1204), инспирированный самым могущественным папой средневековья, был направлен как раз не против язычников, а против отколовшихся христиан. С завоевательных войн постепенно слетала обманчивая идеологическая оболочка. Целью IV крестового похода первоначально было, разумеется, отвоевание Святой земли. Но во времена Иннокентия на передний план вышел также вопрос осуществления унии с греко-восточной церковью. В такой атмосфере нетрудно было обратить войско крестоносцев, стремящихся к грабежу против схизматиков. Закулисной пружиной нового завоевательного авантюрного похода стала Венеция. Богатый торговый город-республика формально еще находился под владычеством Византии. Для Венеции Византия являлась торговым соперником на Средиземном море. Для устранения такого соперника и с целью обеспечения гегемонии Венеции в восточной части Средиземного моря венецианский дож Энрико Дандоло решил повернуть войско крестоносцев, шедшее на Иерусалим, на венгерские города в Далмации (Зара), а затем и против Византии. После длительной осады в 1204 году крестоносцы заняли тысячелетний оплот греческой культуры и в результате трехдневного грабежа и убийств почти полностью уничтожили город. Византийская империя оказалась оттесненной на узкую полосу Малой Азии и зажата между латинскими христианами-рыцарями и турками. Рыцари-грабители создали Латинскую империю, которая на протяжении полувека обеспечивала возможности для систематического ограбления Балкан. Церковь и папа могли быть довольны: новый, латинский, патриарх Константинополя возвратился в лоно католической церкви. А Венеция захватила огромные военные трофеи.

Крестовый поход, направленный против христиан, показал, насколько искаженной в течение века оказалась идея, мотивированная в свое время явно искренними религиозными чувствами. Пожалуй, самым непривлекательным моментом понтификата Иннокентия III следует считать организацию в 1212 году не рыцарями-грабителями, а безумствующими фанатиками крестового похода детей. Это было не чем иным, как крайне жестоким средством избавиться от перенаселенности. Обреченные дети уже по дороге погибали тысячами. Часть детей была погружена на корабли, якобы для перевозки на Святую землю, но организаторы похода отдали их в руки морских пиратов, которые продали их в рабство. Часть устремившегося из Германии в Италию детского войска папе удалось завернуть домой.

Иннокентий III обеспечил папству неограниченную власть в церковной администрации. Это продемонстрировал IV Лагеранский вселенский собор (11–30 ноября 1215 года), который стал вершиной и итогом правления Иннокентия. В Латеранский дворец прибыло около 500 епископов, 800 аббатов и представителей государей. Среди участников были также патриархи Иерусалимский и Константинопольский. Совещанием руководил лично сам папа-правовед. Вселенский собор выработал 70 канонов, главным образом о реформе церковной жизни, о вопросах веры, церковного права и церковной дисциплины, о святой мессе и отпущении грехов. Было также принято решение, запрещающее создавать новые монашеские ордена. Принято постановление о борьбе с ересями, распространившимися на Балканах, в Северной Италии и Южной Франции, с богомилами, патаренами, альбигойцами и вальденсами. В 3-м каноне наряду с поддержкой крестовых походов против еретиков были возведены в церковный закон папские распоряжения по созданию инквизиции. И наконец, собор призвал на борьбу за возвращение Святой земли путем создания союза (унии) между христианами и объявления нового крестового похода.

Борьба против еретиков представляла собой одну из основных задач средневекового папства — ведь они угрожали единству церкви. Еще III Латеранский вселенский собор 1179 года осудил вальденскую и альбигойскую ереси, но крайние меры против них были предприняты лишь при Иннокентии III. Корни средневековых ересей восходят к временам григорианских реформ, когда внутри церкви появились также радикальные ростки движения за реформы, которые были направлены против церковной иерархии. Появившийся в XI веке радикализм еще удавалось успешно подключать к осуществлению программы реформатского папства.

Различные еретические движения приняли массовый характер лишь со второй половины XII века, когда развитие городской буржуазии сделало возможным более решительное выступление против феодалов и церкви. Теперь в ереси, содержание которой изменялось в процессе истории, появился новый элемент: развитие городов, вызвавшее также развитие светских наук, образующих новую питательную почву для более поздних ересей. Руководители еретических сект обычно были выходцами из полуобразованной среды, на них большое влияние оказывал спиритуализм, мистицизм. Они фанатически верили в то, что если они очистят свои души, то непосредственно смогут познать Бога и обрести его милость. Поэтому они не видели необходимости в организованном посредничестве между человеком и Богом — в духовенстве, церкви и в монополизированных ими таинствах, ибо истинно верующий и собственными силами способен получить милость. (Следует отметить, что такие древние западные ереси, как донатизм и пелагианство, возникали по вопросу о милости, благодати, вокруг отношения Бог — человек.)

Таким образом, ереси противопоставили себя учению официальной церкви. Новые течения возникали в рамках феодального общества и были идеологическим отражением буржуазного развития в городах и социальной напряженности в деревне. Поскольку церковь идентифицировалась ими с феодализмом, то социальные движения, боровшиеся с феодализмом, носили и антицерковный характер. Антифеодальные по своему содержанию ереси вылились на Балканах в движение патаренов и богомилов, в Ломбардии — гумилиатов (от лат. humilis — униженный, ничтожный, смиренный), а в Южной Франции — катаров и вальденсов. С некоторыми различиями они провозглашали и хотели одного: осуществления совершенной евангелической жизни. Они считали ненужным посредничество церкви для получения божественной благодати, да и сама церковь была им не нужна. Поэтому они ставили под сомнение необходимость существования церковной организации, феодальной церкви, а тем самым и феодального строя. Все чаще в их программах ставился вопрос об изменении общества.

Наиболее значительным массовым движением стало движение катаров, развернувшееся в Южной Франции начиная с 1140-х годов. Источником этого движения была богомильская ересь, окрашенная манихейством, возникшим на Востоке. Эта ересь вначале распространилась на Балканах, оттуда проникла в Южную Францию, а затем в Рейнскую долину, Северную Италию и даже во Фландрию (приверженцев ереси обычно называли альбигойцами, от имени города Альби, который был одним из их центров). Тот факт, что катарская ересь наиболее глубоко проникла в общество в Провансе, подтверждает ее связь с буржуазным развитием общества. Ведь в XII веке Прованс был наиболее цветущей и образованной частью тогдашней Европы. Члены этого движения с 1163 года называли себя катарами, чистыми. Катары отрицали святые таинства, Святую Троицу, обрекали себя на аскетизм, обязывали членов секты отказываться от брака и от личного имущества. Движение, которое своими истоками восходило к социальной идее раннехристианской церкви, идее бедности, распространялось чрезвычайно быстро. III Латеранский собор (1179) своим 27-м каноном предал анафеме сторонников этой ереси. Всеобщим стало убеждение, что еретиков нужно истреблять огнем и мечом. Папа Иннокентий III объявил против них крестовый поход. Возглавил этот поход, проведенный в период между 1209–1229 годами, граф монфорский Симон, отличавшийся бесчеловечной жестокостью. Несмотря на то что эта истребительная война привела к разгрому Прованса, катары исчезли окончательно лишь в следующем веке.

Вначале независимо от катаров в Южной Франции возникла вальденская ересь. Это было светское движение, возглавляемое богатым лионским торговцем по имени Пьер Вальдо, который раздал свое имущество беднякам и начал проповедовать. Основываясь на Евангелии, он проповедовал апостольскую бедность и призывал следовать за Христом, все более решительно выступая против богатого духовенства. В 1184 году папа Луций III объявил движение Вальдо еретическим. Начиная с этого времени вальденсы все больше смыкались с катарами, они отвергали церковную иерархию, святые таинства, отпущение грехов, десятину, отрицали военную службу, жили строгой нравственной жизнью. После истребления альбигойцев вальденская ересь в XIII веке распространилась почти по всей Европе. Вместо классового строя феодального общества вальденсы осуществляли равноправие в духе раннехристианской церкви. В своих общинах они в качестве единственного закона признавали Библию. Вальденская ересь из городов распространилась и в деревни.