Ломоносов настаивает, чтоб «сие учинить» профессорам «без всякого умедления», так как он готовил первый выпуск гимназистов к поступлению в университет.
Предложение Ломоносова было принято, и 3 марта посланы указы в Академическое и Историческое собрание. Однако никто из профессоров на него не откликнулся, кроме Иосифа Адама Брауна, представившего краткое введение в философию.
Невзирая на все помехи, неприязнь канцелярии и равнодушие академиков, Ломоносов в первый же год добивается значительных успехов. В гимназии начинаются регулярные занятия, чего раньше не было и в помине.
Вот как описывает Ломоносов положение, в каком он застал гимназию, в письме к графу М. И. Воронцову 30 декабря 1759 года: «В Гимназии через тридцать лет было такое бедное состояние, что учащиеся ходили в классы в толь нищенском виде, что стыдно было их показать честным людям; получая жалованье, на пищу отцам своим отдавали и, будучи голодны и холодны, мало могли об учении думать; и сверх того хождением домой чрез дальное расстояние и служением дома отцу и матери теряли почти все время, имели случай резвиться и видеть дома худые примеры. Для того не дивно, что с начала Гимназии не произошли не токмо профессоры или хотя адъюнкты доморощенные, но ниже достойные студенты. Ныне, по моему представлению и старанию, все гимназисты чисто одеты одинаким зимним и летним платьем; имеют за общим столом довольную пищу, время употребляют на учение и ведут себя порядочно; и потому было в один уже год несколько в классах произвождений, и восмь человек от профессорского собрания удостоены в студенты по строгом екзамене».
Экзамены гимназистам «верхнего класса» происходили с 20 по 21 декабря того же года, а 19 января все восемь гимназистов постановлением академической канцелярии были утверждены студентами. Это была большая победа Ломоносова.
В тот же день в Историческом собрании был оглашен указ президента Академии наук К. Г. Разумовского, «по силе которого советнику Ломоносову одному поручены в смотрение Университет и гимназия». В указе (копия которого сохранилась на немецком языке) особо отмечалось, что благодаря заботам Ломоносова гимназия «приведена уже в значительно лучшее состояние, чем когда-либо прежде».
14 февраля 1760 года состоялось определение за подписями Разумовского и Ломоносова об увеличении суммы на содержание гимназии до 6148 рублей и университета — до 9100 рублей, так как они «к распространению наук и размножению ученых россиян в Отечестве нужее прочих Академических департаментов».
В связи с этим решением в «Прибавлении» к «Санктпетербургским Ведомостям» 22 февраля того же года было объявлено, что президент Академии наук «за благо рассудил для большего приращения наук в России умножить число содержащихся на жалованье академических гимназистов втрое против прежнего, которые по окончании гимназического учения производиться будут далее по наукам и по своим в них успехам надежду иметь могут со временем ученых градусов и чинов достигнуть». Во время своего пребывания в гимназий они будут «довольствованы готовою пищею и всеми потребностями, к содержанию учащихся надлежащими». Поэтому «всем дворянам и разночинцам, кои детей своих или сродников и состоящих под их опекою к обучению гимназическим наукам своего достатку на содержание не имеют», представлять «таких молодых людей при челобитьи Академической Канцелярии, которая о их определении к гимназическим наукам рассмотрительное попечение иметь будет».
Подготовку ученых россиян Ломоносов считает важнейшим целом Академии наук и твердо берет его в свои руки. Он настолько оберегает свою самостоятельность, что заводит для академической гимназии и университета отдельную книгу протоколов, которые и подписывает единолично.
Ломоносов прилагает огромные усилия, чтобы наладить обучение в гимназии. Он наталкивается на множество препятствий. Дом, где находилась гимназия, был ветх и полуразрушен, учителя по полгода болели, ученики, за которыми много лет не было присмотра, часто отлынивали от занятий. Все же в начале 1763 года Ломоносов мог со спокойной совестью сообщить Разумовскому, что «обучение во всех классах» гимназии происходит «с большим успехом» и что среди гимназистов есть «острые головы», только еще «летами очень молоды». Это были ученики, лично отобранные Ломоносовым для пополнения гимназии. Ломоносов просит президента прибавить на содержание гимназистов еще по 12 рублей в год, что составит «на весь комплект на 60 человек только 720 рублев». «Сумма, каковых не одна в Академии исходит на тунеядцев», — напрямик пишет он Разумовскому.
В этом же доношении Ломоносов касается больного вопроса о дисциплине в гимназии. «Малые ребята, — пишет он о поведении гимназистов, — как были прежде в вольности и только за неделю до выдачи жалованья в гимназию прихаживали», конечно, не сразу смогут привыкнуть к содержанию «в тесных пределах». «Однако уже старые бывшие на воле привыкают к лутчему, а вновь принимающиеся, при нынешнем учреждении прежнего небрежения не зная, ведут себя подобострастнее. И посему твердо надеюсь, что старая вольница поведениями поправлена или как скоро для затверделого злонравия из гимназии истреблена будет; то не иначе как нынешние студенты, или все новые, и гимназисты станут себя вести смирно и порядочно».
Ломоносову досталось тяжелое наследство. Бедственное положение гимназии лучше всего видно из рапортов Семена Котельникова, которого Ломоносов назначил инспектором в 1761 году. На Троицком подворье, где находилась гимназия в сентябре 1764 года, по донесению Котельникова, «двери во всем доме так ветхи, что не токмо не можно плотно затворить и запереть, но и замка и петель прибить нельзя. Окончины такожде ради ветхости стекол не держат, чего ради в покоях у учеников и студентов, такожде и в классах, принуждены сторожа зимою окны тряпицами и рогожами завешивать». На кухне замерзало в квашне тесто, в классах — чернила. Голодные студенты изнывали от стужи и болели цынгой. «Учители в зимнее время дают лекции в классах, одевшися в шубу, разминаяся вдоль и поперек по классу, и ученики, не снабженные теплым платьем, не имея свободы встать со своих мест, дрогнут, от чего делается по всему телу обструкция и потом рождаются короста и скорбут».
Некоторое время Ломоносов благоволил к инспектору гимназии Модераху, возведенному в 1759 году в звание университетского профессора истории. Он даже рекомендовал его И. И. Шувалову для составления различных экстрактов из исторических сочинений и перевода на французский язык. Но вот с 1761 года от студентов стали поступать жалобы на нерадение Модераха, на скудость содержания и однообразие пищи. Ломоносов сам занялся студенческим меню и послал распоряжение, чтобы «приготовлять яства разные» по составленному им расписанию — «студентам в обед по пяти, в ужин по три, гимназистам в обед по три, в ужин по две перемены (т. е. блюда. — А. М)». Обидчивый и давно помышлявший об уходе Модерах теперь уже совсем «не прилагает старания об их содержании». Когда обращались к нему с просьбами, то «он, не внимая ничего, с ругательством выгонял от себя». Узнав об этом, Ломоносов своей властью отрешил Модераха от должности и на его место назначил профессора Котельникова. Модераху же было приказано выехать из университетского дома к пасхе, а так как он стал упрямиться, то Ломоносов распорядился «в таком случае у тех покоев, в которых он жительство имеет, оконницы и двери выставить вон и тем его выехать принудить».
Ломоносов, терпевший в юности горькую нужду ради науки, принимал близко к сердцу нужды академических учеников. И у него, по его собственным словам, «до слез доходило», когда он, «видя бедных гимназистов босых, не мог выпросить у Тауберта денег». Ломоносову удалось улучшить положение гимназии. Он не только добился своевременной выдачи денег на кошт гимназистов, но и увеличения им содержания до сорока восьми рублей в год вместо прежних тридцати шести. Он присмотрел для помещения гимназии и университета новый дом на Мойке, «и торг уже в том направлении за несколько лет продолжался». Ломоносов сломил сопротивление неумолимой канцелярии. Даже сам Тауберт «не казался быть тому противен». Но, улучив время, «когда Ломоносов за слабостию ног не мог толь часто в Канцелярии присутствовать», Тауберт заготовил ордер, «чтобы оный дом купить под типографию и другие дела, а Университет и гимназию совсем выключил».