Получив на рассмотрение рукопись «Сибирской истории» Миллера, Ломоносов обнаружил во второй главе утверждение, что «Ермак грабежу или разбою, чинимого от людей своих в Сибири, не почитал за прегрешение». Он тотчас же заметил, что об Ермаке, имевшем большие заслуги перед отечеством, надлежало бы говорить осмотрительнее. Ломоносов вынес на обсуждение Исторического собрания предложение, чтобы все рассуждения, которые написаны «с некоторым похулением», из книги выключить. С Ломоносовым согласились Штелин, Штрубе де Пирмон и даже «пришедший в то самое время, как о сем речь была», асессор Теплов.
Заносчивый и считающий себя единственным авторитетом в области истории, Миллер не понимал горячности «химика» Ломоносова и склонен был все приписать его личному раздражению. Ломоносов будто бы не мог ему простить участия в неприятностях, разразившихся над молодым адъюнктом. Но дело было не в обиде. Ломоносов был незлопамятен и умел становиться на сторону Миллера, причем не только тогда, когда тот воевал с Шумахером, но и когда видел, что на него возводят напраслину.
В 1747 году историк-любитель дворянин Петр Крекшин подал в Сенат составленное им «Родословие великих князей, царей и императоров всероссийских», которое было препровождено в Академию наук на отзыв Миллеру. Тот нашел в труде Крекшина много неточностей и даже просто вымыслов.
По просьбе Миллера, для разбора его возражений Крекшину была создана комиссия, куда вошли Ломоносов, Тредиаковский и Штрубе де Пирмон. Ломоносов составил изложение сущности спора, из которого было видно, что Миллер прав. Но у Крекшина в запасе был еще один козырь. Незадолго перед тем Миллер, пытавшийся, по видимому, искренне помочь Крекшину в его занятиях, дал ему книгу своих выписок из различных исторических источников. Крекшин выудил из этой книги заметку на латинском языке из сочинений польского историка Иоганна Длугоша, сообщавшего, между прочим, об унизительном обращении татар с русскими князьями. Крекшин тотчас же настрочил в Сенат, что Миллер имеет и хранит у себя «многие непотребные записки, которые ему не только писать, но и на иностранных языках не должно читать».
4 августа Сенат определил вызвать профессора Ломоносова и «велеть ему в означенной книге против вышеписанного Крекшина показания сыскать и учинить тому перевод», что и было сделано. Польский историк Длугош рассказывал, что московский князь был вынужден встречать татарских послов пеш, подносить им стакан кумыса и пр.
Сенат еще не принял решения, как Крекшин написал новую кляузу. Напоминая о составленном им «Родословии», Крекшин упрекал Миллера в умалении царской фамилии и даже требовал, чтобы его книги, а заодно и писания Ломоносова, Тредиаковского и Штрубе де Пирмона, которые «лжу за истину признавали», были сожжены. Эти вздорные претензии не возымели последствий, а с Крекшина даже была взята подписка не разглашать об этом деле.
Но Ломоносов хотя и заступался иногда за Миллера, однако оставался настороже, когда приходилось иметь дело с писаниями этого историка. В августе 1749 года Миллер представил свою диссертацию «О происхождении народа и имени российского», которая и должна была пройти как речь, предназначенная для торжественного собрания 6 сентября. Всё, казалось, обстояло как нельзя лучше: речи Миллера и Ломоносова были уже отпечатаны в академической типографии. Вдруг, совершенно неожиданно, 31 августа из Москвы прискакал курьер с распоряжением Разумовского отложить празднество. Озадаченный Шумахер забеспокоился. «Все значительные особы и любители наук были приглашены за день до прибытия курьера, — писал он растерянно Теплову, — картины для иллюминации были поставлены, речи напечатаны и переплетены, а потому никто не поверит, если бы я даже стал уверять, что мы не были готовы». «Весь город в волнении от внезапной перемены касательно торжественного собрания, и каждый занят отысканием причин тому», — пишет Шумахер. По Академии ползли слухи, что случилось какое-то неблагополучие с ученым сочинением Миллера.
Встревоженный Шумахер поручает профессорам Фишеру, Штрубе де Пирмону, Тредиаковскому, Ломоносову и адъюнктам Крашенинникову и Попову «наискорее освидетельствовать» книгу Миллера, «не отыщется ли в оной чего для России предосудительного». Почти все отзывы порицали Миллера. Только Тредиаковский высказался уклончиво. По его мнению, «автор доказывает токмо вероятно, а не достоверно». Впрочем, и он находил предосудительным, «что в России, о России, по Российски, пред Россиянами говорить будет чужестранный, и научит их так, как будто они ничего того поныне не знали». «Но о сем рассуждать не мое дело», — заключает осторожный Тредиаковский.
Самый резкий отзыв представил 16 сентября 1749 года Ломоносов. Он утверждал, что Миллер «непристойно» пользуется сочинениями иностранных писателей и пренебрегает русскими источниками: «он весьма немного читал российских летописей и для того напрасно жалуется, будто бы в России скудно было известиями о древних приключениях».
Ломоносов разбивает все основные положения Миллера по вопросу о происхождении русского государства. Миллер продолжал и развивал норманскую теорию призвания Руси, которую предложил еще петербургский академик Готлиб Байер. Миллер вслед за Байером утверждал, что скандинавы и варяги — один и тот же народ, что само слово «росс» — скандинавское, принятое славянами от завоевателей — пришельцев-варягов.
Вопрос о варягах не был академическим вопросом в стране, только что пережившей бироновщину. За тупым и грубым временщиком Бироном стояла стена совсем не тупых и весьма искушенных чужеземцев. Всей этой своре весьма по нраву была мысль об исторической несамостоятельности русского народа, которым, по их мнению, они призваны руководить. Подобное же представление о коснеющей во тьме невежества России было распространено и среди заезжих иностранных ученых. Поэтому Ломоносов и объявил со всей решительностью, что рассуждения Миллера «темной ночи подобны». Он никак не мог остаться равнодушным к утверждениям, из которых следовало, что русские обязаны своей государственностью пришельцам-скандинавам, что только энергия и воля иноземных завоевателей вывели славян на широкую историческую дорогу. Он прямо обвиняет Миллера в том, что он чернит русское прошлое: «на всякой почти странице русских бьют, грабят, благополучно скандинавы побеждают». «Сие так чудно, — добавляет Ломоносов, — что ежели бы господин Миллер умел изобразить живым штилем, то бы он Россиян сделал толь бедным народом, каким еще ни один и самый подлый народ ни от какого писателя не представлен».
Ломоносов не преминул указать, что и «Российский перевод» диссертации Миллера «исполнен несносными погрешностями, которые ясно показывают, что он не такой великий знаток Российского языка, чтобы он мог поправлять за природными Россиянами». Ломоносов утверждал, что речь, приготовленная Миллером, будет «Российским слушателям и смешна и досадительна» и, по его мнению, «отнюдь не может быть так исправлена, чтобы она когда к публичному действию годилась».
Замечания академиков и в особенности суровый отзыв Ломоносова возымели действие. Теплов распорядился опечатать и не выпускать ни под каким видом ни единого экземпляра речи Миллера, а в день коронации говорить речи «о физических материях». Но Миллер не сдался. Он подал жалобу президенту, в которой утверждал, что во всем происшествии виновато только личное к нему «недоброхотство», и просил разобрать его диссертацию «при нем самом». Разумовский распорядился «исследовать помянутую диссертацию академическому и историческому собранию». Началось памятное в летописях Академии обсуждение речи Миллера. Оно заняло двадцать девять заседаний и продолжалось с 23 октября 1749 года по 8 марта 1750 года. Возражения и особые мнения участников собрания подавались в письменном виде. Подача мнений производилась, начиная с младших. Написанное по-русски переводилось на латинский язык. Затем шло устное обсуждение. Профессора говорили преимущественно по-латыни и страшно кричали. «Каких же не было шумов, брани и почти драк, — вспоминал потом Ломоносов, — Миллер заелся со всеми профессорами, многих ругал и бесчестил словесно и письменно, на иных замахивался в собрании палкою и бил ею по столу конференцскому».