Со второго по тринадцатое октября в столицу царства прибыло более тысячи человек из Рязани, Тулы, Белева и Мещеры. Все — с оружием и в доспехах. Они, конечно, не пригодились (Борис справился своими силами, за счет непревзойденного таланта интриги), но однозначно показали позицию Сестрорецкого князя и вернули Годунову поддержку знати, откачнувшейся весной. 13 октября 1586 года митрополит Дионисий был лишен сана, пострижен в монахи и, вместе со своим ближайшим соратником митрополитом крутицким Варлаамом (еще одним активном участнике Собора), сослан в монастырь в Юрьеве. В Сестрорецкое княжество. Дальнейшая их судьба неизвестна. Вслед за ними Годуновы обрушили свой удар на Боярскую Думу. Иван Петрович, Андрей и Василий Шуйские были отправлены в ссылку. С ними обошлись достаточно мягко (Борис не любил прибегать к жестким мерам) выбрав местами ссылки города неподалеку от Москвы. Младшие представители семейства — Дмитрий, Александр и Иван были высланы в свои имения. Оппозиция была обезглавлена. В декабре обезглавили нескольких купцов, известных тесными связями с Шуйскими.
Эти аресты стали концом правления регентского совета. Борис Годунов одержал победу и мог управлять Московским царством не обращая внимания на своих противников. Но к своим союзникам — Сестрорецкому, Муромскому и Щелкалову он вынужден был прислушиваться.
Ситуация на границах оставалась достаточно тяжелой. Сестрорецкая армия реформировалась и не могла оказать значимой помощи против внешних врагов.
Наиболее опасным из них оставался Стефан Баторий, который с 1583 года готовил новую войну с Россией. Ему потребовалось три года, чтобы найти источники финансирования для своей будущей армии (польская шляхта, контролировавшая Сейм, воевать не желала и блокировала попытки короля ввести новые налоги). Только в 1586 году Папа Римский Сикст Пятый прислал первый взнос в 25 тысяч дукатов. Для войны же, по расчетам Батория, требовалось 7 миллионов 200 тысяч дукатов (в том числе треть этой суммы — до начала боевых действий). Папа, испанский король и некоторые германские правители эти средства ему обещали. Но получить их польский король не успел. В конце 1586 года он скоропостижно скончался.
Эту смерть (точнее — выборы нового короля) поляки использовали для налаживания отношений со Швецией. Король Юхан Третий был крайне недоволен результатами Ливонской войны, в которой его флот обеспечивал польское наступление и связывал мощные эскадры язычников. В результате же шведы территориальных приобретений не получили. Вину в этом возлагали в частности на Стефана Батория, заключившего мир (фактически сепаратный) и не оказавшего поддержки союзнику. Отношения между двумя странами охладели. Чтобы восстановить союз поляки выбрали новым королем старшего сына Юхана — наследника трона королевича Сигизмунда. Коалиция двух сильнейших противников Русского государства возродилась благодаря личной унии.
Однако, смерть Батория и выборы его преемника затянулись на несколько лет.
На южном направлении крымские татары попытались возобновить свои набеги. В 1587 году состоялся крупный набег, который остановили на новой засечной линии (с её строительством летние набеги стали менее опасными). После этого Годунов изыскал повод вмешаться в крымские дела и принял на Москве царевича Мурат-Гирея (имевшего права на Крымское ханство). В Астрахани была спешно выстроена каменная крепость, одна из лучших на тот момент в Восточной Европе. Начались работы по строительству новой оборонительной линии.
Сказочник спланировал Белгородскую засечную черту исходя из старых реалий, и потому он шла с юго-запада на северо-восток. Это имело смысл пока существовали Казанское и Астраханское ханства, а также Ногайская Орда. Но после их присоединения к русских государствам северный участок черты терял свое значение.
Ставшее русским Поволжье угрозы более не представляло и, наоборот, нуждалось в защите.
В 1587 году по приказу Бориса Годунова начались работы по возведению новой Царицынской оборонительной линии. Московское царство, Сестрорецкое и Муромское княжества финансировали их совместно. Засечная черта начиналась от старых крепостей Коротояка и Урыва и шла по левому берегу Дона до большой его излучины, где построили сильную крепость Белая Вежа (названную "по старой памяти" в честь города основанного Святославом Киевским). От неё до языческого Царицына на Волге была возведена полоса укреплений между реками. Дальше оборонительная линия шла по Волге, поддерживаясь не столько укреплениями, сколько сильными речными патрулями. Московские ладьи и струги крайне плотно контролировали Волгу.
Конечной точкой Царицынской засечной черты стала Астрахань, в которой к 1589 году закончили строительство каменной крепости, на несколько лет ставшая сильнейшей московской цитаделью (не учитывая саму Москву, естественно). Уже традиционно перед этой линией были построены несколько укрепленных городов. В 1588 году — в устье Терека, в 1589 — в устье Сунжи.
Масштабность этих работ была связана не только и не столько с военной необходимостью, сколько с неурожаем 1587 года и связанным с ним голодом 1587–1589 годов. Власти как Москвы, так и Сестрорецка начали работы по строительству, чтобы предоставить заработок обнищавшим людям. Плюс голод ударил по центральным и северным районам страны и население устремилось на юг.
Как только удалось преодолеть последствия неурожая начались внешнеполитические осложнения. Шведский и польский короли рассчитывали воспользоваться ослаблением русских государств из-за голода и связанных с ним финансовых потерь. Для этого летом 1589 года в Риге была собрана более чем десятитысячная польско-шведская армия, готовая вторгнуться на Русь. Войну удалось предотвратить только благодаря блестящему (и возможно подлому) ходу Бориса Годунова, организовавшего нападение Крымских татар на Польшу. Но царевич Мурат-Гирей был выслан сначала в Сестрорецкое княжество, а потом вообще вывезен в Амазонию. Претензий на крымский трон он больше не имел. В Карибском море он неожиданно стал достаточно известным пиратом и испанцы назначали награду за его голову. Его судьба (от наследного принца до корсара) заслуживает отдельного рассказа. Без помощи польских войск, спешно ушедших на юг, шведы ограничились серией набегов на Псков и Эстонию.
Несмотря на то, что в 1589 году голод кончился и внешние угрозы удалось преодолеть (как минимум — отсрочить на год-другой) положение в Москве оставалось тревожным. Правительство, опасаясь уличных беспорядков и бунта, отдало распоряжение о размещении в столице крупных воинских отрядов из стрельцов и дворян. В этой ситуации Годунов и Щелкалов предприняли серию шагов по стабилизации обстановки. Действия предпринимались по двум направлениям.
Во-первых Годунов постарался подкупить дворянство. Для этого он освободил от налогов часть их владений — усадебную запашку самих помещиков. Мелкопоместное дворянство восприняло эту льготу как крайне значительную Необлагаемая барская пашня гарантировала им пропитание и спасала от нищенской сумы. Но казна освобождала от податей тем большие участки пашни, чем большим поместьем владел дворянин (точнее — чем больше воинов он должен был выставлять). Таким образом реформа податной системы принесла среднему дворянству еще большие выгоды, чем мелкому. Помимо этого Борис Годунов "распустил" бывший опричный корпус ("Двор").
Но опытнейший политик при этом "роспуске" резко усилил своих сторонников. Власти стали наделять бывших опричников поместьями в разных частях царства (от 50 до 200 четвертей земли). При этом подмосковными деревнями дворяне стали наделяться независимо от их принадлежности к земщине или "двору". Фактически состоялось слияние двух служебных списков. Реформа привела к тому, что верхи особого "двора" Грозного ("удела", опричнины) были возвращены на земскую службу в Москве, тогда как "худородные" дворяне и дети боярские растворились в провинциальном дворянстве. Их участь разделили многие стольники, стряпчие и даже бояре, получившие чин на опричной или "дворовой" службе. В результате преданные Годунову братья князья Хворостинины, князья Трубецкие, князья Гагины, князья Туренины, дворяне Татищевы и прочие обогатились и усилились, а "ненадежные" бывшие опричники, близкие к Бельскому или Нагову такие как хранитель государственной печати Роман Алферьев оказались задвинуты на вторые — третьи роли. И, наконец, действие "заповедных лет" введенных Грозным в 1581 году для некоторых уездов государства было распространено на большую часть страны. Главы семей (домовладельцы), отвечавшие за уплату налогов в казну и работы на помещика, не могли более покинуть своего землевладельца.