Положение Ростовских, Ярославских и (особенно) Суздальских княжат резко отличалось от положения прочих знатных семейств. В отличие от владений московского боярства, их родовые вотчины располагались компактно на территории того княжества, которым некогда владел их предок. Наличие в руках княжеских родов компактно расположенных значительных земельных угодий делало их влиятельной силой на территориях их бывших княжеств, центром притяжения для местных землевладельцев. Сверх того, по неписаной традиции, шедшей со времен присоединения этих земель к Москве, наместники например Ярославля назначались только из ярославских княжат. Содержа многочисленные свиты боевых холопов, и жалуя земли в поместья своим вассалам, они представляли внушительную силу, и именно они оказались изменниками (Курбский). С их точки зрения они естественно изменниками не были, реализуя свое законное прав отъезда к иному господину.
В борьбе с ними царь не церемонится. Ростов, Суздаль, Дмитров, Стародуб и Ярославль забираются в опричнину. Землевладельцы этих уездов должны были либо стать опричниками, либо расстаться с вотчинами. Но в опричнину принимаются единицы.
На момент объявления указа о создании удела все княжата, имевшие боярский чин, были в Москве, откуда их уже не выпустили. После того, как он выразили возмущение, на них обрушились репрессии. Все участвовавшие "в акции протеста" были арестованы. Признанный лидер Думы, князь Александр Горбатый-Шуйский, а так же князь Шевырев были обезглавлены, а на прочих участников была наложена "опала", выразившаяся в ссылке в казанские земли.
В то же время опричные отряды заняли Ростов и Ярославль. Княжеские вотчины описываются и идут в поместную раздачу дворянам, боевые холопы опальных княжат распускаются на волю, многие из них принимаются на государеву ратную службу и верстаются поместьями из вотчин из бывших хозяев. Движимое имущество и казна опальных отписывается на государя. Естественно, что при этом расцветает "воровство" (взяточничество, казнокрадство и прямые грабежи).
Уже в следующем, 1566, году большая часть высланных княжат была помилована.
Движимое имущество и казну им вернули, но вместо конфискованных вотчин пожаловали поместья, разбросанные в разных уездах России. Тем самым их могущество оказалось подорвано. Раздача новых поместий "разбавила" ряды коренных землевладельцев, в дальнейшем не позволяя им выступать единым фронтом.
Такая расправа с северо-восточными вызвала неоднозначную реакцию среди знати.
Многие отнеслись к ней негативно, понимая, что подобное государь может проделать и с ними. Это, а также вскрывшиеся многочисленные факты "краж" при раздаче поместий приводят к казни наиболее "одиозного" из опричников — её первого казначея Петра Зайцева. Эта смерть оказалась выгодна всем. Та часть Шуйских, которая пошла на сотрудничество с опричниками и уже "сдала" Александра Горбатого, более не нуждалась в услугах скомпрометированного дворянина, приобретавшего все большее и большее влияние. Плещеевым был совершенно не нужен сильный конкурент.
Сестрорецкий традиционно враждовал с их родом (несмотря на то что они были всего лишь дворянами — при Василии Третьем они влияли на государственную политику).
Состоявшаяся казнь не привела к примирению враждующих группировок.
В опричнине все более явными становились внутренние противоречия. Попытка упрочить центральную власть не привела к полному успеху.
Тем временем военные действия в Литве и в Ливонии все очевиднее принимали затяжной характер. Летом 1566 года царь созвал Земской Собор для решения вопроса о продолжении войны. Его участники высказались против заключения мира на литовских условиях (передачи Литве Смоленска и Полоцка). В результате, закрепляя свое присутствие на занятых территориях московиты начали возводить на ней крепости. В 1566–1567 гг. были построены Козьян, Красный, Ситно, Сокол, Суша, Туровля, Ула и Усвят.
Положение Великого Княжества Литовского было близко к катастрофическому.
Противостоять лучше организованному и более централизованному Московскому царству оно было не в состоянии. При этом Сестрорецкое княжество оказывало Москве намного большую помощь, чем Польское королевство — своему литовскому союзнику. В конце концов все сводилось к простому сравнению численности войск.
Московский царь без проблем содержал на западной границе пятидесятитысячную армию, в то время как литовский князь не мог собрать более 20 тысяч бойцов. В этой ситуации власти Великого Княжества Литовского пошли на объединение с Польским королевством. Решение об этом было принято на Люблинском сейме летом 1569 года. Однако объединение военных потенциалов Польши и Литвы сказалось далеко не сразу.
Литва смогла пережить 1567–1569 годы только благодаря внутренним проблемам в России.
Литовская элита совершенно справедливо рассчитывала на измену части московской знати, недовольной действиями Грозного и прилагала немалые усилия к перетягиванию отдельных её представителей на свою сторону. Однако, благодаря действиям опричников, эти попытки завершились неудачей. Честно говоря — нет никакой уверенности, что все пострадавшие от опричнины состояли в заговорах против царя или были склонны к измене. Скорее есть уверенность в обратном — многие были невиновны, например поверить в измену князя Александра Воротынского достаточно сложно (во время болезни молодого царя он с саблей защищал его покои и угрожал князю Старицкому). Но нельзя не признать, что большая часть казненных и сосланных вела себя крайне подозрительно. Самые известные из казненных — князь Старицкий и конюший Федоров-Челяднин несомненно вели переговоры с литовскими властями и состояли в заговоре против царя. Из двух высших церковных иерархов — митрополита Филиппа (Колычева) и архиепископа Новгородского Пимена кто-то также несомненно был заговорщиком. Апофеозом борьбы с заговорщиками стали события зимы 1569–1570 годов, когда только поход опричного войска сорвал восстание в Новгороде. Естественно, что в этом случае опричникам пришлось действовать крайне жестко и только в самом городе было уничтожено более двух тысяч человек. В начале похода по непонятным причинам был убит низложенный митрополит (по одной версии его казнил Малюта Скуратов по приказу Грозного, по другой — его убили сторонники Пимена, стремясь не допустить встречи с Малютой). По результатам похода (и следствия) опального бывшего конюшего привезли в Москву и казнили, а князя Старицкого заставили принять яд.
Помимо "человеческого фактора" Россия столкнулась и с природными проблемами.
Эпидемия сыпного тифа 1566 года и трехлетняя засуха 1567, 1568 и 1569 годов подорвали московскую экономику и серьезно ударила по финансам сестрорецкого княжества. Казна, казавшаяся бездонной, была потрачена на борьбу с голодом.
Тут сказалось то, что даже в урожайные годы Сестрорецкое княжество не обеспечивало себя хлебом, закупая его в южных районах. И неурожай просто привел к тому, что потребовалось закупать больше продовольствия. Естественно, что в Московии закупить большее количество хлеба было невозможно, но Сказочнику (а точнее — Ведьме) удалось за счет наличия статистической информации собираемой Учетным приказом заранее узнать о нехватке продовольствия и обеспечить его доставку из других районов (дожди шли в степях, где в результате увеличилась численность поголовья скота). Совмещая две цели — необходимость обеспечить голодающих средствами для приобретения продовольствия и необходимость доставить продовольствие в голодающие районы, языческое руководство развернуло программу строительства дорог и каналов (в частности именно в эти три года был прорыт канал Вычегда — Кама и были перестроены дороги через Урал). Но эти шаги оказались убыточны для казны. Сестрорецкое княжество восстановило свое финансовое состояние только к 1575 году. С 1569 по 1575 годы финансирование активных действий оказалось резко сокращено. Фактически средства направлялись на текущие расходы (к числу которых относится война на Чукотке) и всего на два "проекта" — подавление восстаний в Пруссии и продолжение строительства засечной черты на юге России.