Не успев принять боевой порядок и вооружиться большая часть армии поддалась панике и обратилась в бегство. Князь Петр Шуйский за свою странную беспечность заплатил жизнью. Один из лучших русских воевод погиб пытаясь организовать сопротивление. Помимо него Московское царство потеряло еще нескольких видных военачальников. Погибли братья князья Семен и Федор Палецкие, попал в плен Захарий Очин-Плещеев. Узнав об этом разгроме князья Серебряные отступили от Орши к Смоленску.

То что причиной этого поражения стала измена для Ивана Грозного было очевидно.

Несомненно, в разгроме есть и доля вины Петра Шуйского, но его ошибка вторична.

Радзивиллу откуда-то стал известен маршрут русских войск. Начались поиски изменников.

Первоначально в Москве сочли виновными двух князей Кашиных — Оболенских.

Несмотря на титанические усилия Игоря Сестрорецкого доказать их невиновность, их казнили в марте 1564 года. Остальные представители этой семьи предпочли перебраться в Сестрорецк. Однако, Сказочник и его сторонники не смирились и продолжали поиски "истинных изменников". В апреле князь Курбский бежал из Риги в Польшу.

На самом деле доказательств виновности Курбского в поражении Шуйского или отравлении Анастасии никто не видел. Сестрорецкого князя вполне справедливо обвиняли в том, что стремился "защитить честное имя" своих сторонников и "свалить вину" на своих противников. С другой стороны звучали не менее справедливые замечания, что Андрей Курбский вообще не относился к числу явных врагов язычников, и что того же Андрея Горбатого Шуйского (вот уж кто явный и очень опасный враг Сестрорецкой династии) Сказочник защищал от обвинений. Остается признать, что это крайне запутанная история. Несомненно только то, что впоследствии Грозный обвинял Курбского в обоих вышеназванных преступлениях.

Примечательно также то, что вскоре после этого побега режим содержания Адашевых был изменен — им позволили уйти в монастырь.

По всей видимости это объясняется снятием с них части обвинений и перекладыванием их на плечи Курбского. Неизвестно насколько это было оправдано.

Однако причастность Курбского к неудачам русских войск во второй половине 1564 года несомненно. Военные действия, шедшие в тот период, представляли собой обмен ударами на разных направлениях, которые отвлекали силы противника с одного участка фронта на другой. В этих условиях сведения о расположении главных сил московской армии, полученные в Вильне от Курбского, приобрели исключительно важное значение. Литовские набеги удавались трижды (их останавливали только под стенами крепостей), в то время как все действия русских проваливались. Так походы на Витебск и Мстиславль закончились столкновениями с литовскими войсками, в результате которых московские войска были вынуждены отступать.

Несомненная связь данных поражений с изменой в высших слоях государства вынудила Ивана Грозного начать репрессии. В начале 1565 года им была создана опричная организация.

Иван Четвертый пошел на крайние меры, выехав из Москвы со всем двором и объявив, что отрекается от власти. В обращении к народу он жаловался на "теснины и неправды великие" которые он претерпевает от знати, и от которых "большие убытки государству". Царь фактически ставил ультиматум, соглашаясь вернуться к власти только при ликвидации традиционного права членов Думы и высших церковных иерархов "печаловаться" за вельмож, совершивших те или иные проступки, которое Дума активно использовала для защиты своих членов в противостоянии с царем, и с которым в предшествующие годы ему приходилось считаться. Перспектива ухода государя и наступления "безгосударного времени", когда вельможи могут снова делать все что захотят, не могла не взволновать московских горожан. В конфликте царя со знатью население столицы решительно встало на сторону царя. Слух об отречении царя мгновенно распространился по всей Москве. Вскоре все площади столицы оказались забиты громадными толпами вооруженных горожан, требовавших от знати полностью согласиться с царскими предложениями, а то иначе "они сами тех потребят". В результате высшее духовенство и Дума были вынуждены полностью и безоговорочно капитулировать. Практически сразу после этого Иван Грозный объявил об учреждении опричнины — особого удела, управлявшегося в обход Думы.

В опричнину переходила старая структура "Государева Двора". И если вне ее оставались общегосударственные чины, то чины двора переходили в опричнину.

Традиционная иерархия знатности сохранялась, но местничество между собой было строго воспрещено. Опричные службы не являлись местническим прецедентом для потомков опричника. Сложившиеся при Василии Третьем практика предоставления думных чинов и высоких военных и административных должностей в строгом соответствии со знатностью происхождения сделала высшие государственные должности монополией группы наиболее знатных родов потомков Рюрика и Гедимина.

Это закрыло для отпрысков младших ветвей знатных родов и для представителей менее знатных старомосковских боярских фамилий (потомков старинных бояр московских князей, и представителей менее родовитых северских князей, отодвинутых на задний план княжескими родами) путь к успешной карьере (почему многие из них и ударились в интриги, начав поддерживать Сестрорецкого князя).

Создание новой системы вновь открывало для них такие возможности. Поэтому первоначально на первых ролях в опричнине оказались именно представители этих семейств — Басмановы, Колычевы, Бутурлины, Годуновы, Захарьины. Впрочем и некоторые княжата также отличились на опричной службе — Шуйские, Трубецкие и Одоевские. Одним из инициаторов появления опричнины молва называла Михаила Темрюковича — брата второй жены Грозного (брак состоялся в 1561 году).

В составе опричнины оказалась вся структура царского двора и отдельная царская казна. Туда же царь забрал западные приграничные районы (первоначально — только их). Опричному командованию было подчинено как особое опричное войско, сформированное несколько позже (около двух тысяч дворян), так и московский стрелецкий корпус — всего более 5 тысяч человек, ставшие в своем роде царской гвардией, предназначенной для подавления оппозиции и проведения его политики.

Все государственные дела должны были идти обычным путем через Думу (во главе которой тем не менее царь поставил боярина Федорова, объективно заинтересованного в падении "Рюриковичей" и "Гедиминовичей"), однако любое дело могло быть изъято царем из Думы и решено независимо от нее с помощью чиновников Двора. Позже широко распространилась практика ввода представителей опричнины в состав местного "земского" руководства с целью более эффективного влияния на ход дела и повышения их личной ответственности.

Формально во главе Опричной Думы (а значит и всей опричной организации) встал Михаил Темрюкович, реальную же власть разделили несколько группировок — семья Плещеевых (Алексей Басманов с сыном Федором и Афанасий Очин-Плещеев), часть клана Шуйских (через своих старых и верных сторонников Петра Зайцева и Василия Ильина) и "молодые выскочки" (князь Вяземский).

Первым делом опричнины стал разгром верхушки Думы — Ростовских, Ярославских и Суздальских княжат. Землевладение бояр московских великих князей сформировалось сравнительно поздно и за счет княжеских пожалований. Владения не только членов виднейших боярских родов или северских князей, но и князей Гедиминовичей, выезжавших на русскую службу (пусть и роднившихся с великокняжеской семьей) оказывались разбросаны по многим уездам, не образуя никакого компактного единства. Владения членов одних и тех же родов могли располагаться в совершенно разных уездах. Совсем иной характер имело родовое землевладение княжат. Это были земли, унаследованные ими от предков — бывших удельных государей. Но, несколько поколений московских правителей тщательно следили за своими ближайшими родственниками — князьями Верейскими (потомками Дмитрия Донского) и за потомками Владимира Серпуховского (князями Боровскими и Серпуховскими), сумев добиться распыления их уделов. Тем самым потомки Калиты оказались в положении, аналогичном московским боярам.