По смерти Грознаго кн. Иванъ Ѳедоровичъ остался въ боярской Думѣ первымъ, а сынъ его кн. Ѳедоръ Ивановичъ пятымъ. Есть свидѣтельство, что Грозный именно Мстиславскаго съ Никитою Романовымь назначилъ опекунами къ сыну, царю Ѳедору. Но вскорѣ главнымъ опекуномъ молодого и неспособнаго царя явился его шуринъ, Борисъ Годуновъ, пролагавшій себѣ прямо путь къ престолу.
На этомъ пути упомянутые два человѣка ему очень мѣшали. Неизвѣстно, какъ было дѣло, но вскорѣ Романовъ заболѣлъ и въ 1586 г. померъ. Съ Мстиславскимъ Годуновъ сталъ жить въ великой любви и дружбѣ; назвалъ его себѣ отцомъ, а тоть его сыномъ; заодно радѣли о государевомъ дѣлѣ. Но это продолжалось недолго. Противники Годунова, другіе бояре, особенно Шуйскіе, подговорили (будто бы) перваго боярина стать заодно съ ними противъ Годунова и извести его. Бояринъ долго не соглашался, а потомъ рѣшился устроить пиръ у себя въ домѣ, позвать Годунова, тогда и убить его. Но заговоръ былъ открытъ и Мстиславскій былъ сосланъ въ Кирилловъ монастырь, постриженъ въ монахи и вскорѣ тамъ умеръ, въ томъ же 1586 году. Трудно повѣрить, чтобы Мстиславскій, смирный и всегда осторожный въ своихъ отношеніяхъ къ тогдашнимъ дворскимъ интригамъ и смутамъ, сдѣлался вдругъ заговорщикомъ и даже назначилъ свой пиръ и свой домъ для преступнаго злодѣйства. Нѣтъ сомнѣнія, что вся эта басня сочинена человѣкомъ, которому было надобно удалить перваго боярина, слѣд. самимъ Годуновымъ, очень хорошо знавшимъ только одно, что Мстиславскій не былъ на его сторонѣ, враждовалъ ему, а главное былъ первымъ въ Думѣ, и по старшинству, и по знатности рода, стало быть всегда служилъ помѣхою для пріобрѣтенія царскаго сана.
Имя кн. Ивана Ѳедоровича поминалось и при первомъ Самозванцѣ. Разсказывали, что Мстиславскій былъ ему, т.-е. истинному царевичу Дмитрію, крестнымъ отцомъ и лжецарь сохранялъ дорогой его крестъ, какъ прямое доказательство истинности своего царскаго происхожденія.
У князя Ивана Ѳедоровича было два сына и двѣ дочери. Младшій сынъ Василій померъ еще при Грозномъ въ 1582 г. Дочь Настасья также еще при Грозномъ была замужемъ за названнымъ царемъ Симеономъ Бекбулатовичемъ, которому Грозный передалъ царство, даже вѣнчалъ его царскимъ вѣнцомъ, назвавшись самъ простымъ государемъ (владѣльцемъ) княземъ Иваномъ Московскимъ. Все это дѣлалось во время Опричнины. Титулованная царица Настасья скончалась схимницею съ именемъ Александры въ 1607 г.
Другая дочь Ирина осталась дѣвицею и потомъ была пострижена въ монахини. Единственнымъ представителемъ этого знатнаго рода и послѣднимъ въ родѣ былъ старшій сынъ, князь Ѳедоръ Ив., который, подобно отцу, занималъ, между боярами и въ Думѣ первенствующее положеніе до своей смерти, въ теченіи всего Смутнаго времени. Службу онъ началъ, какъ и отецъ, тоже кравчимъ въ 1575 г. и черезъ два года былъ пожалованъ въ бояре. Годуновъ, удалившій со сцены отца, оставилъ сына въ покоѣ. Это показываетъ, что Ѳедоръ Ив. не былъ по своему характеру и дарованіямъ опасенъ для будущаго обладателя царствомъ. Дѣйствительно, это былъ человѣкъ тѣхъ же осторожныхъ нравовъ, какъ и отецъ. Онъ не вмѣшивался въ боярскія интриги, стоялъ отъ нихъ подальше и всегда особнякомъ, защищая только интересы того государя, которому обѣщался крестнымъ цѣлованіемъ служить; а служилъ онъ и Годунову, и Разстригѣ, и Шуйскому, и Владиславу и на остатокъ дней царю Михаилу Романову. Для господствовавшей въ каждое время власти онъ былъ дорогой человѣкъ, какъ главный авторитетъ всего боярства, всей правящей среды, и между тѣмъ человѣкъ спокойный, вовсе нечестолюбивый и неспособный ни къ какой интригѣ. Годуновъ однако и его побаивался и, разсказываюхъ, что будто бы и жениться ему не позволялъ, дабы вовсе прекратить родъ такого опаснаго совмѣстника для полученія царства. Неизвѣстно, когда это было; быть можетъ, еще въ самомъ началѣ стремленій Годунова проложить себѣ путь къ престолу. Извѣстно только, что Ѳедоръ Ив. былъ женатъ три раза. Первая его жена Уліанія скончалась въ 1586 г. апрѣля 6. Со второю, Прасковьею Иванов., онъ былъ въ 1606 г. мая 8 посаженымъ отцомъ, а она матерью у Разстриги, который передъ тѣмъ будто бы и устроиль бракъ Мстиславскаго, дозволивъ боярину жениться послѣ запрещенія Годунова. На третьей, Оринѣ Мих., дочери кн. Михаила Гр. Темкина-Ростовскаго, онъ женился въ 1617 г. Она пережила своего мужа и скончалась инокинею, съ именемъ Домники, въ 1630 г. Такимъ образомъ если и дѣйствительно Годуновъ препятствовалъ его женитьбѣ, то это могло случиться, какъ и вѣроятнѣе, не въ царствованіе Годунова, а еще прежде, при царѣ Ѳедорѣ Ив., именно послѣ 1586 г., когда умерла первая супруга, при чемъ Годуновъ могъ дѣйствовать еще именемъ царя Ѳедора.
Въ теченіи своей службы Ѳедоръ Ив. совершилъ нѣсколько походовъ въ Ливонію, противъ Шведовъ, противъ Польскаго короля Баторія, противъ Татаръ (1577–1592). Особенно удачно онъ воевалъ противъ Шведовъ въ 1590 и 1592 г. Но въ Смутное время ему не счастливилось. При Годуновѣ, встрѣтивъ Самозванца подъ Новгородъ-Сѣверскимъ, въ декабрѣ 1604 г., онъ проигралъ битву и былъ такъ израненъ (получилъ 15 ранъ), что попалъ было въ плѣнъ, но вскорѣ былъ отбитъ. Точно также онъ потерпѣлъ пораженіе и при Шуйскомъ отъ полчищъ Болотникова. Первенствуя въ царской Думѣ между боярами, онъ и въ походахъ всегда назначался первымъ, старшимъ воеводою.
Какъ ни былъ Мстиславскій остороженъ и далекъ отъ всякой интриги, но по особенно видному своему положенію въ государствѣ не разъ попадалъ, по крайней мѣрѣ своимъ именемъ, въ огонь боярскихъ смутъ и заговоровъ, противъ боярскихъ же царей Годунова и Шуйскаго. Въ одинъ изъ такихъ заговоровъ потерпѣла и его старшая сестра Ирина.
Еще при царѣ Ѳедорѣ Ив., когда всѣмъ явно стало, куда направляетъ свои виды шуринъ его, Годуновъ, лучшіе, наиболѣе предпріимчивые бояре, именно Шуйскіе, съ совѣта митрополита Діонисія и при пособіи всего Московскаго купечества и посада рѣшились перейти временщику дорогу. Такъ какъ у царя Ѳедора дѣтей не было и царица Ирина, сестра Годунова, не обѣщала чадородія и въ будущемъ, то упомянутыя лица составили совѣтъ и рукописаньемъ утвердились: бить челомъ государю, чтобы онъ оставилъ первую царицу, отпустилъ бы ее въ иноческій чинъ и, ради чадородія и наслѣдника, женился бы на другой. Невѣстою была избрана сестра Мстиславскаго, Ирина Ивановна.
Само собой разумѣется, что Годуновъ тотчасъ провѣдалъ этотъ заговоръ и Ирину тайно увезли изъ дома я постригли. Шуйскіе и ихъ совѣтники тоже были всѣ разосланы въ ссылку и тамъ изведены. Несчастная княжна пережила всѣхъ своихъ враговъ и всѣхъ своихъ родичей, Она скончалась въ 1639 г., живя въ Вознесенскомъ монастырѣ и пользуясь постоянно царскимъ почетомъ при супругѣ царя Михаила, Евдокіи Стрѣшневыхъ.
При избраніи на царство Василія Шуйскаго многіе думали избрать лучше Ѳедора Ив. Мстиславскаго, и говорятъ, что если бъ созванъ былъ Земскій Соборъ, то такъ бы и случилось, потому что Мстиславскій былъ самый знатный человѣкъ въ государствѣ и къ тому же былъ совсѣмъ непричастенъ ни къ какой изъ боярскихъ партій. Однако князь рѣшительно отказывался отъ царскаго вѣнца и говорилъ, что пострижется въ монахи, если его выберутъ. Между тѣмъ многіе поспѣшили и безъ Земскаго Собора выбрать Шуйскаго. Тогда противная партія, должно быть по преимуществу сторонники и родственники Мстиславскаго, затѣяла смуту его именемъ, надѣясь посадить его на царство даже и противъ его желанія, лишь бы низвергнуть Шуйскаго и пріобрѣсти при новомъ царѣ новыя выгоды.
По розыску оказалось, что Мстиславскій ни въ чемъ не былъ виноватъ, а зачинщикомъ явился бояринъ Петръ Никитичъ Шереметевъ, родственникъ Нагихъ (За Мстиславскимъ была женою двоюродная сестра царицы Марѳы Нагихъ).
Окончилось потомъ и царство Шуйскаго, а Мстиславскій все оставался первымъ, оставался какъ бы корнемъ Московскаго боярства, котораго очень многія вѣтви частью были порублены, частью сами обломались въ эту бурную и грозную эпоху нашей исторіи.
Когда, по низведеніи Шуйскаго, настало междуцарствіе, кому же было взять въ руки правленіе государствомъ, по крайней мѣрѣ на время, до избранія царя, какъ не боярской Думѣ. Въ Думѣ оставалось семь бояриновъ и во главѣ ихъ стоялъ тотъ же Мстиславскій. Временное правительство и скрылось въ его имени: грамоты писались и всѣ распоряженія дѣлались отъ боярина Ѳедора Ивановича Мстиславскаго съ товарищи.