По сказанію Авраамія Палицына, во время избранія на царство Михаила Романова, къ старцу въ Богоявленскій монастырь на Троицкое подворье приходили многіе дворяне и дѣти боярскія и гости многихъ разныхъ городовъ; и атаманы и казаки открывали ему свою мысль и благое изволеніе избрать именно Михаила. Приносили объ этомъ и свои писанія, моля старца да возвѣститъ о семъ державствующимъ тогда боярамъ и воеводамъ. Старецъ отъ великой радости исполнился многихъ слезъ и скоро пошелъ возвѣстить о томъ всему освященному собору и боярамъ и воеводамъ и всему Синклиту, которые, слышавше, благодарили Бога о преславномъ начинаніи. Повѣривши на слово старцу, историки стали утверждать, что избраніе Михаила происходило на Троицкомъ подворьѣ.

Въ Смутное время старецъ, конечно, не однажды проживалъ на своемъ подворьѣ и писалъ оттуда поучительныя грамоты въ свой монастырь.

Когда въ 1619 г. отецъ царя Михаила, митрополитъ Филаретъ Никитичъ, возвратился 14 іюня изъ Польскаго плѣна, то, прибывъ въ Москву, онъ остановился на Троицкомъ подворьѣ и жилъ тамъ до Посвященія его въ санъ патріарха 24 іюня того же года. Къ его пріѣзду были изготовлены каменныя кельи, къ шести дверямъ которыхъ для ихъ обивки было отпущено сукно…

Такъ какъ въ Кремлѣ церковь во имя Богоявленія на Троицкомъ подворьѣ была единственною, то царь Михаилъ Ѳедоровичъ въ день Богоявленія всегда слушалъ въ ней литургію, приходя туда послѣ Іорданскаго крестнаго хода. Въ этомъ году онъ выходилъ обыкновенно въ большомъ царскомъ нарядѣ, который, придя на Троицкое подворье, перемѣнялъ на болѣе легкій нарядъ и въ немъ и слушалъ церковную службу.

Въ дни памяти преподобнаго Сергія, 5 іюля и 23 сентября, государь праздновалъ также на подворьѣ, въ храмѣ св. Сергія, приходя наканунѣ къ вечерни и въ самый праздникъ къ литургіи. Для этой цѣли отъ Дворца на подворье были устроены особые внутренніе переходы.

Особое благоволеніе къ подворью оказывалъ царъ Алексѣй Михаиловичъ. На подворьѣ имъ была построена въ 1661 г. новая предѣльная церковь во имя Ѳеодора Стратилата, тезоименитаго царевичу Ѳедору Алексѣевичу. Строили каменныхъ дѣлъ подмастерье Иванъ Апсинъ и каменщики Емелька Семеновъ съ товарищи. Постройка этой церкви именно на Троицкомъ подворьѣ, а не въ другомъ мѣстѣ, несомнѣнно была вызвана тѣмъ обстоятельствомъ, что царевичъ родился (30 мая) дня за три до Троицына дня (2 іюня), а вмѣстѣ съ тѣмъ и особымъ почитаніемъ памяти преподобнаго Сергія, о которой благочестивѣйшій въ точномъ смыслѣ государь заботился съ большимъ усердіемъ. Вь егожизни много было поводовъ для усердной молитвы къ великому заступнику Московскихъ государей.

Царь по слѣдамъ отца приходилъ на подворье къ церковнымъ службамъ и въ день Богоявленія до 1653 г., когда сталъ выходить уже въ Успенскій соборъ, и въ дни памяти св. Сергія, а также 8 іюня на именины царевича Ѳедора Алексѣевича. Въ особенныхъ случаяхъ онъ самъ провожалъ туда св. иконы отъ крестныхъ ходовъ, выносимыя въ эти ходы и изъ церквей Троицкаго подворья.

Такіе случаи встрѣчались по поводу молебствій о побѣдахъ, «что милостію Божіею и помощью и заступленіемъ Пресв. Богородицы и молитвами Московскихъ чудотворцевъ и великаго въ чудотворцахъ препод. Сергія ратные Русскіе люди Крымскихъ татаръ или польскихъ и литовскихъ людей побили».

Случалось, хотя и очень рѣдко, что на Сергіеву память 25 сентября вмѣсто обычнаго похода къ Троицѣ въ монастырь государь совершалъ это празднованіе на Троицкомъ подворьѣ въ храмѣ преподобнаго Сергія.

Когда въ 1667 г. генваря 31 послѣ Никона былъ избранъ въ патріархи архимандритъ Троицкаго монастыря Іоасафъ, онъ пребывалъ въ то время на своемъ Троицкомъ подворьѣ, въ Богоявленскомъ монастырѣ, и послѣ избранія, которое происходило въ царскомъ дворцѣ, въ Верху, т.-е. въ Теремныхъ покояхъ, шествовалъ къ себѣ на подворье, шелъ въ святыя ворота, въ церковь Богоявленія, потомъ въ церковь Сергія чудотворца, гдѣ слушалъ обѣдню и затѣмъ удалился въ келью.

8 февраля было ему нареченіе у Вселенскихъ патріарховъ въ полатѣ (въ Чудовомъ монастырѣ), откуда новонареченный патріархъ снова шелъ на свое подворье торжественно, при чемъ у него у саней на запяткахъ ѣхали соборный протопопъ да дьяконъ.

9 февраля въ Успенскоиъ соборѣ послѣ малой вечерни было ему же благовъстіе, т.-е. торжественное провозглашеніе, что Вселенскіе патріархи призываютъ его святыню на патріаршество богоспасаемаго царствующаго града Москвы и всея Россіи.

Послѣ того новонареченный пошелъ въ сопровожденіи архіереевъ ко Вселенскимъ патріархамъ, въ ихъ полаты, гдѣ вначалѣ было воспѣто многолѣтіе государю и патріархамъ трижды потомъ посадили нареченнаго на лавкѣ подлѣ патріарховъ, по лѣвую руку отъ угла, и поставили передъ патріархами столъ и на немъ наставили овощей, сладкихъ ядей всякихъ, сахаровъ и дыней въ патокѣ, и передъ властей Русскихъ, сидящихъ за другимъ столомъ и въ скамьѣ; и питье подносили въ кубкахъ и въ ковшахъ. Это было угощеніе, вѣроятно, по обычаю антіохійскому и александрійскому, откуда были Вселенскіе патріархи. И потомъ, благодаря Бога, пареченный патріархъ Московскій, поѣхалъ къ себѣ на подворье и тамъ жаловалъ протопопа, ключаря, дьякона и дьяковъ домовыхъ, потчивалъ самъ въ кельѣ у себя, а пѣвчихъ велѣлъ на погребѣ потчивать.

10 февраля совершилось торжество поставленія, послѣ котораго новопоставленный патріархъ вмѣсто Троицкаго подворья шествовалъ уже на патріаршій дворъ въ сопровожденіи архіереевъ и пѣвчихъ, воспѣвавшихъ по чину подобающіе стихи. Затѣмъ былъ столъ у государя въ Грановитой полатѣ и объѣздъ новаго патріарха вокругъ города Кремля. Должно замѣтить, что каждый избранный изъ архимандритовъ Троицкаго монастыря или въ архимандриты этого монастыря всегда имѣлъ хотя и временное пребываніе на Троицкомъ подворьѣ.

Въ 1674 г. на память препод. Сергія 25 сентября государь, отправившись въ походъ къ Троицѣ, назначилъ торжественную службу и на Троицкомъ подворьѣ, гдѣ служилъ самъ патріархъ Іоакимъ и съ нимъ два митрополита, 3 архіепископа, 1 епископъ, архимандриты, игумены, протопопы, въ присутствіи бояръ, оставленныхъ во дворцѣ оберегать Москву.

Такое же торжественное служеніе происходило и въ 1675 г. на праздникъ Богоявленія, когда 5 января государь выходиль на подворье къ вечернѣ и къ обѣднѣ. И тогда служилъ самъ патріархъ и съ нимъ 3 митрополита, 2 архіепископа, 1 епископъ, 4 архимандрита, 6 игуменовъ и протопопы.

Въ 1675 г. іюля 5 приходилъ государь изъ похода съ Воробьевой горы праздновать Сергію на подворье въ торжественномъ шествіи, въ каретѣ, въ сопровожденіи бояръ и другихъ чиновъ и въ предшествіи Стремяннаго полка стрѣльцовъ. Церковная служба также совершалась патріархомъ съ 2 митрополитами и прочимъ духовенствомъ. Послѣ обѣдни государь возвратился за Воробьеву же гору.

Всѣ патріархи также праздновали память св. Сергія и іюльскую и сентябрьскую на Троицкомъ подворьѣ, раздавая при этомъ обычную милостыню нищимъ и въ тюрьмы несчастнымъ сидѣльцамъ. Около Троицкаго подворья постоянно обитали нищіе леженки въ кибиткахъ, такъ и называемые кибиточными, числомъ 14 человѣкъ.

Какъ извѣстно, у царя Алексѣя Михаиловича во дворцѣ, въ особыхъ хоромахъ, жили придворные верховые нищіе богомольцы, старики ветхіе лѣтами, о которыхъ царь заботился всѣми мѣрами, а потому, въ случаѣ ихъ смерти, похоронялъ ихъ на Троицкомъ подворьѣ, а впослѣдствіи въ Екатерининской подмосковной пустынѣ. Но отпѣваніе всегда происходило на подворьѣ, въ церкви преподобнаго Сергія.

Такъ, въ 1669 г. апрѣля 9 государь хоронилъ богомольца Венедихта Тимоѳеева, при чемъ на отпѣваніи и погребеніи были патріархъ и Паисій папа и патріархъ Александрійскій и судія Вселенскій, Троицкій и Чудовской архимандриты, 10 священниковъ, архидіаконъ, 11 дьяконовъ, которымъ всѣмъ роздано похоронныхъ денегъ 31 р. 28 алт. 2 деньги.

Въ 1670 г. мая 19 государь схоронилъ на подворьѣ другого нищаго богомольца, Павла Алексѣева, а въ 1674 г. генваря 8 государь былъ на отпѣваніи третьяго нищаго, Мартиніана, а потомъ, генваря 23, четвертаго, Климента, которые оба были похоронены въ Екатерининской пустынѣ.