17 сентября 1374 г. скончался послѣдній Тысяцкій города Москвы Василій Васильевичъ Протасьевъ, внукъ перваго Московскаго Тысяцкаго Протасія. Василій Вас. былъ погребенъ у церкви Богоявленія, «преставися въ чернецехъ и въ схимѣ; положенъ бысть у церкви Богоявленія», въ монастырѣ св. Богоявленія, присовокупляетъ болѣе поздній лѣтописецъ. Выраженіе у церкви Богоявленія можетъ относиться и къ Кремлевской церкви и къ Кремлевскому Богоявленскому монастырю, который, несомнѣнно, и основанъ бьглъ въ одно время съ постройкою церкви.
Въ такомъ случаѣ исторія подворья должна начинаться отъ временъ самого св. Сергія.
Но сколько извѣстно, первое прямое лѣтописное свидѣтельство о существованіи Троицкаго подворья относится къ 1460 году, когда Сергіевскіе старцы поставили на своемъ дворѣ при игуменѣ Вассіанѣ Рыло каменную церковь Богоявленія. Затѣмъ лѣтописцы разсказываютъ, что въ 1473 году, на пятой недѣлѣ Великаго поста, 4 апрѣля, случился не малый пожаръ внутри Кремля у великокняжеской церкви Рождества Богородицы, откуда огонь разнесся по близь стоявшимъ дворамъ и не пощадилъ и митрополичъяго двора, сгорѣвшаго дотла, а также и многихъ другихъ дворовъ по Богоявленье Троицкое, уцѣлѣвшее отъ пожара.
Митрополитъ Филиппъ, только что заложившій постройку новаго большого Успенскаго собора, столько былъ потрясенъ этимъ несчастнымъ обстоятельствомъ, что заболѣлъ и почувствовалъ приближеніе своей кончины. Отъ пожара онъ удалился изъ Кремля на Никольскую улицу Китай-города въ монастырь къ Николѣ Старому. На другой день, возвратившись въ Кремль, въ соборъ, ко гробу св. Петра, совсѣмъ изнемогая, сталъ просить вел. князя отпустить его въ монастырь на покой отъ святительскаго сана. Вел. князь не захотѣлъ отпустить его куда-либо за городъ въ дальній монастырь, но отвезъ его въ близь тутъ сущій монастырь къ Богоявленію на Троицкомъ дворѣ.
Святитель тотчасъ позвалъ къ себѣ своего отца духовнаго, причастился и пособоровался. Князю же великому только объ одномъ приказывалъ, чтобы церковь (соборная) была совершена. О томъ же приказывалъ и Ховрину, Владиміру Григорьевичу, и сыну его Головѣ; говорилъ, что на совершеніе церкви уготовлено у него все, только попекитесь о дѣлѣ, а то все есть, все готово, не умолкая говорилъ. И людей, которыхъ накупилъ на то дѣло, приказывалъ отпустить. На другой же день 6 апрѣля, по другимъ показаніямъ 5 апрѣля, онъ и померъ на этомъ Троицкомъ дворѣ.
Въ этотъ пожаръ 1473 г. церковь Богоявленія, какъ упомянуто, уцѣлѣла. Погорѣли сосѣдніе дворы митрополита и князя Бориса Васильевича (впослѣдствіи Годуновскій), огонь дошелъ только по церковь Богоявленія; то же случилось и въ новый пожаръ 1479 г.
Вѣроятно, постройка 1460 г. была произведена неискусными мастерами и изъ матеріаловъ недобраго качества, такъ что лѣтъ черезъ 20 церковь была разобрана, «бѣ бо трухла вельми», и на томъ же мѣстѣ заложена новая. Но здѣсь у лѣтописцевъ это заложеніе новой церкви и разобраніе старой упоминается подъ тремя разными годами: въ 1479 (ошибочно), потомъ въ 1480 и 1482 гг., такъ что трудно съ точностью опредѣлить, въ какой именно годъ совершилась новая постройка. Можно съ вѣроятностью предположить, что разобраніе старой послѣдовало въ 1480 г., а строеніе довершилось въ 1482 г., при чемъ упомянуто, что оно сооружено изъ кирпича, вмѣсто бѣлаго камня, какъ строили въ старину и какъ въ это время, по наученію итальянскихъ архитекторовъ, стали строить уже изъ кирпича.
Такимъ образомъ, во второй половинѣ XV столѣтія Троицкое подворье уже именовалось Богоявленскимъ монастыремъ, слѣдовательно было управляемо по крайней мѣрѣ строителемъ въ зависимости отъ Троицкаго игумена. Въ Москвѣ въ тѣ же времена существовалъ другой Богоявленскій монастырь за Торгомъ, что и подаетъ поводъ смѣшивать извѣстія объ этихъ двухъ монастыряхъ, если точно не обозначаются ихъ мѣстности.
Другая церковь на Подворьѣ во имя св. Сергія по всему вѣроятію была выстроена вскорѣ послѣ обрѣтенія его св. мощей въ 1423 г. и причисленія преподобнаго къ лику святыхъ угодниковъ, т.-е. въ первой половинѣ ХV столѣтія.
Для митрополичьяго и для Великокняжескаго двора такой храмъ вблизи ихъ жилищъ являлся необходимою святынею для царскаго моленія и служенія во дни памяти святого. Поэтому въ эти дни митрополиты, а впослѣдствіи патріархи, почти всегда сами служили въ этомъ храмѣ на память св. Сергія, куда нерѣдко приходилъ къ службѣ и государь, если по какому-либо случаю оставался въ Москвѣ и не отъѣзжалъ на обычное богомолье въ самый монастырь Троицкій, для котораго Кремлевскій храмъ былъ непосредственнымъ молебникомъ.
Въ 1532 г. октября 30 первый царь Московскій Василій Ивановичъ у Богоявленія на Троицкомъ дворѣ даже крестилъ новорожденнаго своего второго сына Юрья, отдавая такимъ образомъ новорожденяаго подъ покровъ крѣпкаго заступника и молитвенннка за всѣхъ государей Москвы. Крещеніе совершалъ Троицкій же игуменъ Асафъ Скрипицынъ да старецъ Данилъ изъ Переяславля. Радость этому событію была неимовѣрная для всего города Москвы.
Въ 1542 г., во время неистовыхъ боярскихъ смутъ, митрополитъ Іоасафъ подвергся великимъ оскорбленiямъ за то, что не былъ на сторонѣ князей Шуйскихъ, руководившихъ смутою, «начаша ему безчестіе и срамоту чинити великую и каменіемъ по кельѣ шибати. Святитель невозможе того терпѣти, сойде съ своего двора на Троицкое подворье… Бояре послали за нимъ дѣтей боярскихъ Новгородцевъ съ неподобными рѣчьми, и съ великимъ срамомъ поносили его и мало его не убиша, едва у нихъ умолилъ игуменъ Троицкій Алексѣй Сергіемъ чудотворцемъ да бояринъ кн. Дмитрій Палецкой. И бысть мятежъ великъ въ то время на Москвѣ; и государя въ страхованіи учиниша». Святителя сослали въ Кирилловъ монастырь.
1 февраля 1565 г. въ ночи загорѣлся дворъ кн. Владиміра Андреевича (Годуновскій) и возлѣ него дворъ кн. Ивана Мстиславскаго; потомъ задній дворъ митрополита, а возлѣ и Троицкій монастырь съ церковью Богоявленія, у которой сгорѣли три верхи. Тогда же сгорѣла передъ дворомъ Мстиславскаго и церковь, тоже о трехъ верхахъ, деревянная (Рождества Христова?). Три верха у Богоявленской церкви должны обозначать, что окладъ ея былъ сооруженъ, хотя и изъ кирпича, но по образцу деревянныхъ церквей въ родѣ церкви Рождества Путинки. Однако по рисункаиъ ХVІІ ст. она была одноглавая, шатровая, быть можетъ въ такомъ видѣ выстроена послѣ этого пожара.
Въ началѣ 1607 г. по мысли царя Василія Ив. Шуйскаго и патріарха Ермогена со всѣмъ освященнымъ соборомъ было рѣшено принести всенародное покаяніе въ совершонныхъ при появленіи Самозванца клятвопреступленiяхъ, когда цѣловали крестъ царю Борису, а потомъ его сыну Ѳедору, и измѣнили имъ, присягнувъ Самозванцу, которому тоже измѣнили, хотя и по правдѣ. Клятвы эти лежали тяжелымъ нравственнымъ бременемъ на всей народной Москвѣ. Душа Московская тревожилась этими грѣхами и требовала молебнаго очищенiя ихъ. Для этой цѣли было рѣшено призвать изъ Старицы въ Москву отставленнаго при Самозванцѣ патріарха Іова и просить его простить, разрѣшить, очистить содѣянные грѣхи клятвопреступленія. 14 февраля 1607 г. бывшій патріархъ прибылъ въ Москву и по царскому велѣнію поселился на Троицкомъ подворьѣ.
Всепрощеніе совершено торжественно 20 февраля въ Успенскомъ соборѣ, куда была призвана вся посадская Москва, гости и изъ всѣхъ слободъ и сотенъ старосты, сотскіе, торговые и мастеровые и всякіе люди мужеска полу, подавшіе бывшему патріарху челобитную отъ всенароднаго множества, съ великимъ плачемъ и неутѣшнымъ воплемъ, простить и разрѣшить всенародные клятвенные грѣхи. Въ соборѣ архидіаконъ съ амвона велегласно прочелъ эту челобитную, а потомъ и прощальную разрѣшительную грамоту, написанную по рѣшенію всего духовнаго собора. Все это было очень надобно новому и не совсѣмъ правильно избранному царю Василію Шуйскому; очень надобно было укрѣпить народную Москву въ мысляхъ неизмѣнно служить новому царю и доподлинно знать, что Лжедимитрій былъ истинный Самозванецъ, такъ какъ уже являлся новый самозванецъ, извѣстныйпотомъ подъ именемъ Тушинскаго Вора.