Начались проверки; в разные концы полетели запросы. Секретарь Ростовского райкома партии Ярославской области Смирнов доложил в ЦК ВКП(б) о том, что отец Сафонова имел кузницу, а дед по линии матери был лесопромышленником и все свое состояние оставил сыну, то есть дяде Сафонова, который погиб на Севере. Написал он и о других родственниках. Единственным «криминалом» оказалось лишь то, что две его тетки были замужем за офицерами старой армии. Сестры Сафонова, Ольга и Людмила, проживали в Ленинграде. Первая из них была медсестрой, а другая находилась на иждивении мужа, работавшего юристом. Третья сестра, Нина, преподавала в Москве. Получив указанные сведения, в ЦК ВКП(б) посчитали проверку завершенной. Для Сафонова она никаких негативных последствий не имела.
В должности заместителя, а затем и первого заместителя Прокурора (Генерального прокурора) Союза ССР Григорий Николаевич Сафонов пробыл около 9 лет. Непосредственно на него было возложено руководство различными подразделениями центрального аппарата, в частности, отделами общего надзора, статистики и учета, управлением по надзору за местами заключения. Он курировал также главные военные прокуратуры железнодорожного транспорта и морского и речного флота. Много внимания уделял работе с кадрами и административно-финансовым вопросам.
Отличительной чертой Григория Николаевича был исключительно высокий профессионализм, особенно наглядно проявившийся в тот период, когда органы прокуратуры возглавлял малокомпетентный в этом деле Бочков. Во многом именно благодаря таким людям, как Сафонов, Прокуратура Союза ССР сумела сохранить в то время свое лицо. В одной из характеристик Сафонова, относящейся к этому периоду, отмечается: «У тов. Сафонова каждый прокурорский работник получает исчерпывающее указание по конкретному служебному вопросу, с которым он к нему обращается, и здесь авторитет тов. Сафонова, в смысле знания прокурорской работы, стоит высоко».
Работа Сафонова положительно оценивалась и в ЦК партии, особенно в трудный для страны период 1941–1945 годов. Именно в это время заметно активизировалась деятельность курируемого Сафоновым отдела общего надзора.
Г. Н. Сафонову приходилось много раз возглавлять бригады Прокуратуры Союза ССР во время проверок в прокуратурах союзных республик. С этой целью он выезжал на Украину, в Латвию и другие места. Григорий Николаевич принимал участие в Нюрнбергском процессе. Он часто выезжал в Нюрнберг, где консультировал группу обвинителей и следователей от Советского Союза.
В партийной характеристике того времени, подготовленной в ЦК ВКП(б), отмечалось, что Сафонов «глубоко и всесторонне знает работу прокуратуры. Работники прокуратуры, обращающиеся к нему за советом по служебным делам, получают от него исчерпывающие, юридически обоснованные ответы и указания… К разрешению конкретных вопросов подходит исключительно вдумчиво, серьезно. Аппарат Прокуратуры СССР почти не знает таких дел, которые после рассмотрения их тов. Сафоновым, вторично истребовались бы в Прокуратуру СССР для нового рассмотрения. Тов. Сафонов умеет руководить аппаратом».
С введением в Прокуратуре Союза ССР классных чинов Г. Н. Сафонову был присвоен чин государственного советника юстиции 1-го класса. В марте 1945 года Григория Николаевича наградили орденом Ленина. В феврале 1947 года избрали депутатом Верховного Совета РСФСР.
4 февраля 1948 года Григорий Николаевич Сафонов был назначен Генеральным прокурором Союза ССР. Было ему тогда немногим более 43 лет.
Наиболее значительным мероприятием в первый год руководства Г. Н. Сафоновым прокурорской системой стало состоявшееся в апреле 1948 года Всесоюзное совещание руководящих работников прокуратуры. Генеральный прокурор Союза ССР, отметив успехи, достигнутые органами прокуратуры за последние годы, подверг резкой критике имеющиеся недостатки в работе, особенно заметные в подборе и расстановке кадров, в поддержании государственного обвинения в суде и т. п.
В октябре 1948 года было проведено еще одно крупное мероприятие — Всесоюзная учебно-методическая конференция лучших следственных работников страны. Итоги конференции были подведены в приказе Генерального прокурора СССР от 23 октября 1948 г. В нем отмечалось, что многие «прокуроры и следователи добились значительных успехов в борьбе с преступностью и в организации следственной работы». Среди лучших была названа прокуратура Сталинской области, которую возглавлял И. Д. Ардерихин, а также прокуратуры Казахской ССР, Алтайского края, Иркутской и Барановичской областей. В приказе говорилось и о том, что «работу передовых народных следователей характеризует активность в борьбе с преступностью, инициативность и высокая бдительность, дающая возможность быстро распознавать новые формы преступлений». Одним из первых среди лучших следственных работников страны был назван народный следователь прокуратуры Орехово-Зуева юрист 1-го класса Порфирий Михайлович Дубинкин, который, как отмечено в приказе, «являет собою образец замечательного советского следователя, преданного своему делу, любящего свою работу». За достигнутые успехи в расследовании преступлений он был награжден личной автомашиной «Москвич». Следственному отделу Прокуратуры Союза ССР предложено подготовить и издать выпуск «Следственной практики», посвященный опыту работы этого следователя.
В сентябре 1949 года в Ленинграде была открыта первая следственная школа Прокуратуры СССР. Ее возглавила С. Мусина. Учебный план школы был рассчитан на два года обучения, причем, большая часть времени отводилась изучению криминалистики и других специальных дисциплин. Основную массу слушателей составила молодежь в возрасте до 25 лет. Все, как правило, имели среднее образование. Исключение было сделано лишь для молодых национальных республик.
В 1949 году был создан Всесоюзный научно-исследовательский институт криминалистики. Его руководителем стал Степан Петрович Митричев.
На ВНИИ криминалистики возлагались задачи научной разработки методики расследования наиболее распространенных видов преступлений и внедрение в следственную практику научно-технических средств и тактических методов раскрытия преступлений, а также теоретической разработки приемов криминалистики. В первый же год работы группа научных сотрудников института сконструировала «следственный чемодан», в котором были сосредоточены необходимые для первоначальных следственных действий технические средства. Стали выпускаться и пособия по методике, тактике и технике расследования.
Григорий Николаевич Сафонов придавал исключительно важное значение не только следствию, но и другим участкам прокурорской деятельности. В этой связи, в целях дальнейшего повышения уровня прокурорского надзора, он организовал многодневные (длившиеся одну-две недели) учебно-методические конференции и совещания по различным направлениям прокурорской работы.
Г. Н. Сафонов занимал пост Генерального прокурора Союза ССР более пяти лет. К тому времени, в силу целого ряда причин, он уже не пользовался особым авторитетом у руководителей партии и правительства. Об этом свидетельствует и тот факт, что ему так и не был присвоен положенный Генеральному прокурору СССР классный чин действительного государственного советника юстиции.
Писатель А. А. Безуглов, работавший прокурором уголовно-судебного отдела при Сафонове, вспоминал, что Генеральный прокурор СССР запомнился ему человеком небольшого роста, полным, напоминавшим какой-то колобок. В руке он всегда держал кожаную папку. В приемной у него были не секретари, а два офицера — адъютанты Ильин и Гусев. Безуглову особенно запомнилась первая встреча с Сафоновым. «Прокуроры по очереди дежурили по ночам в приемной Генерального прокурора СССР, — рассказывал А. А. Безуглов. — Это дежурство заключалось в приеме почты, а иногда кто-нибудь звонил. И вот однажды во время моего дежурства появился в приемной Сафонов. Я, естественно, встал и поздоровался с ним. Сафонов на меня посмотрел и ничего не ответил. Так повторилось еще раз. Я был удивлен. И однажды с одним старшим товарищем поделился своим недоумением. В ответ он говорит: «Многого хочешь, он даже с начальниками отделов, генералами, не здоровается, а ты хотел, чтобы он здоровался с рядовым». К этому сотрудники привыкли. Но вот к нам в отдел поступает на работу Антонина Яковлевна Ионкина. Она была женой первого заместителя Прокурора РСФСР Буримовича. И когда она поздоровалась с Сафоновым, а тот не ответил, Антонина Яковлевна была возмущена и решила обратиться к секретарю парткома Прокуратуры СССР Сливину. Тот пообещал выяснить причины, по которым Сафонов не ответил на приветствие Ионкиной. Через несколько дней он объявил Антонине Яковлевне, что разговаривал по этому поводу с Сафоновым и тот заявил, что он настолько занят государственными делами, только и думая о них, что никого и ничего вокруг себя не замечает».