С первых же дней Великой Отечественной войны подавляющее большинство прокурорско-следственных работников стали трудиться с еще большей самоотдачей. Работали, не считаясь со временем, в тяжелейших условиях отступления, при налетах и бомбежках, а когда было нужно — брали в руки оружие и вставали в ряды защитников Родины. Прокурор Союза ССР В. М. Бочков своими приказами поощрил немало работников органов прокуратуры, самоотверженно выполнявших свой долг. Например, в приказе от 17 марта 1942 года Бочков отметил активную работу следственного аппарата прокуратуры Московской области. Он объявил благодарность и премировал месячным окладом следователей прокуратур П. М. Дубинкина (г. Орехово-Зуево), Н. А. Степанова (Кунцевский район), М. А. Августиновича (г. Коломна), З. М. Бармину (Загорский район), которые в тяжелейших условиях ежемесячно заканчивали по 20–25 уголовных дел, укладываясь при этом в сроки до 48 часов. Причем все они, проявляя инициативу и настойчивость, сумели раскрыть немало тяжких преступлений. В этом приказе было отмечено и умелое руководство следствием со стороны прокуроров Шур (г. Коломна), Матвеева (г. Орехово-Зуево), начальника следственного отдела прокуратуры Московской области А. П. Былинкиной. В другом приказе (от 29 июня 1942 года) В. М. Бочков за «хорошую работу по укреплению социалистической законности в районах Тульской области, освобожденных от немецких оккупантов» объявил благодарность прокурорам Ф. Ф. Смирнову и Г. В. Ромачеву, следователям А. М. Микулину, Н. С. Садовникову, Д. П. Мешкову, Т. Я. Маслиной и А. Г. Буторину. Прокурору Тульской области И. М. Садовникову было предложено выдать отмеченным работникам единовременное пособие в размере месячного оклада.
При Прокуроре Союза ССР В. М. Бочкове произошло одно знаменательное событие — спустя более чем двадцать лет после образования органов советской прокуратуры для прокурорско-следственных работников впервые устанавливались классные чины и вводилась форменная одежда. Указ Президиума Верховного Совета СССР от 16 сентября 1943 года «Об установлении классных чинов для прокурорско-следственных работников органов прокуратуры» предусматривал следующие классные чины: действительный государственный советник юстиции, государственный советник юстиции 1-го, 2-го и 3-го классов, старший советник юстиции, советник юстиции и младший советник юстиции, юрист 1-го, 2-го и 3-го классов и младший юрист. Указом было утверждено и «Положение о классных чинах работников органов Прокуратуры СССР», а постановлением Совнаркома СССР от 16 сентября 1943 года была введена форменная одежда для прокурорско-следственных работников.
Классный чин действительного государственного советника юстиции присваивался указом Президиума Верховного Совета СССР только Прокурору Союза ССР, а чины государственного советника юстиции 1-го, 2-го и 3-го классов — постановлениями Президиума Верховного Совета СССР по представлению Прокурора Союза ССР. Другие классные чины присваивал Прокурор СССР.
22 сентября 1943 года Бочков издал приказ «О порядке аттестования прокурорско-следственных работников органов Прокуратуры Союза ССР». Мероприятие предполагалось провести с 1 октября 1943 года по 1 апреля 1944 года. В связи с этим в Прокуратуре СССР была создана высшая аттестационная комиссия в составе председателя — заместителя Прокурора Союза ССР по кадрам М. М. Кругликова и пяти членов: старших помощников Прокурора СССР, начальников отделов по спецделам В. И. Шаховского, следственного Л. Р. Шейнина, уголовно-судебного Я. Н. Уманского, помощника Прокурора СССР, начальника отдела по надзору за местами заключения В. П. Дьяконова и начальника 1-го отдела управления кадров К. Д. Чаусовского (являющегося одновременно ответственным секретарем комиссии).
В ноябре 1943 года Виктор Михайлович Бочков, понимая, что работа Прокурора Союза ССР не для него, обратился в ЦК ВКП(б) с просьбой об освобождении его от занимаемой должности. В административном отделе ЦК с ним согласились. Указом Президиума Верховного Совета СССР от 13 ноября 1943 года Бочков был уволен, в связи с переходом на другую работу (как обычно писали в то время).
Виктор Михайлович жил тогда на улице Грановского, в доме N3 вместе с женой, Марией Павловной и ее матерью. В 1942 году он похоронил своего тестя. Сын Борис, которому к началу войны исполнилось всего 17 лет, ушел на фронт.
После увольнения из органов прокуратуры, В. М. Бочков вернулся в наркомат внутренних дел. 13 января 1944 года нарком Берия внес предложение секретарю ЦК ВКП(б) Маленкову об утверждении Бочкова начальником Управления конвойных войск, которое было удовлетворено. В этой должности Виктор Михайлович прослужил семь с половиной лет (до июня 1951 года).
В 1945 году постановлением Совнаркома СССР В. М. Бочкову было присвоено звание генерал-лейтенанта. За время службы в конвойных войсках он получил еще несколько высоких правительственных наград: орден Суворова II степени (1944 год), орден Отечественной войны I степени (1945 год), орден Ленина и орден Красной Звезды (1946 год).
Весной 1951 года встал вопрос о переводе Бочкова на другую работу. Заместитель министра внутренних дел СССР Обручников внес предложение о назначении его заместителем начальника Главного управления исправительно-трудовых лагерей и колоний. Предложение было принято. Бочков в ранге заместителя начальника ГУЛАГа возглавил управление военизированной охраны. В связи с реорганизацией МВД СССР, по постановлению Совета Министров СССР от 28 марта 1953 года Главное управление исправительно-трудовых лагерей было передано в ведение Министерства юстиции СССР. Начальником его стал генерал-лейтенант Долгих. 24 июня 1953 года В. М. Бочков приказом министра юстиции СССР был назначен заместителем начальника Главного управления лагерей — начальником управления охраны, а 10 октября материалы об утверждении его в этой должности были направлены секретарю ЦК КПСС Н. С. Хрущеву. Однако в декабре того же года заместитель министра юстиции СССР Кудрявцев обратился в ЦК КПСС с просьбой «снять с рассмотрения учетные материалы» на Бочкова. Несмотря на эти «происки», Виктор Михайлович остался работать в конвойных войсках, а в январе 1954 года ГУЛАГ вновь был возвращен в Министерство внутренних дел СССР. В отставку В. М. Бочков ушел в мае 1959 года.
После увольнения в запас В. М. Бочков в течение долгого времени еще работал на производстве. В ноябре 1961 года он возглавил сектор Всесоюзного проектно-технологического института строительства дорожного машиностроения Мосгорсовнархоза, а с сентября 1963 года занимал должность заместителя начальника отдела Проектно-конструкторского технологического института машиностроения. С августа 1981 года был пенсионером министерства внутренних дел СССР.
В 1977 году умерла жена Бочкова, Мария Павловна. В ноябре 1980 года Виктору Михайловичу Бочкову исполнилось 80 лет. В связи с этим и. о. Генерального прокурора СССР А. М. Рекунков направил юбиляру теплое приветственное письмо.
В. М. Бочков скончался 2 августа 1981 года. Похоронен на Новодевичьем кладбище в Москве.