Тяжелую руку Грозного особенно почувствовало на себе новгородское духовенство. Вина его в глазах царя была наиболее тяжкой. Люди, самим своим саном призванные блюсти чистоту веры и хранить православное царство, вступили в сговор с «латинянами» и еретиками. Однако истребить поголовно священников и монахов Новгорода, как это было сделано с приказными людьми, царь не мог. Для них был придуман другой способ наказания. Отряды опричников еще до въезда царя в Новгород разъехались по всем городским монастырям. Церковная казна в каждом из них была запечатана, собранные монахи «яко до пятисот старцов и больши» приведены в Новгород. С каждого из них царь потребовал 20 рублей «новгородским числом». Так как старцы не могли или отказывались платить, их, как несостоятельных должников, поставили на правеж, «и повелеша бити их приставом из утра и до вечера... до искупа бесщадно». Приходские храмы Новгорода также были все запечатаны, а священники и дьяконы поставлены на правеж.
После окончания суда на Городище и казней на Волховском мосту царь с войском стал объезжать новгородские монастыри. Хранившаяся в них опечатанная казна перешла в руки царя, а прочее имущество уничтожалось так же, как некогда боярские дворы в селах Ивана Петровича Федорова. Царь «в житницах хлеб всякой стоячей в скирдах и на полях не молоченой хлеб повеле огнем сожигати и скот их всякой и лошеди и коровы повеле посекати». Та же судьба постигла и «усадьбища боярские» тех новгородских помещиков, которых обвинили в участии в заговоре. Для этого отряды опричников были разосланы по всей территории Новгородского края. Конфискация монастырских имуществ не избавила новгородское духовенство от обязанности уплачивать наложенные на него штрафы. Уезжая из Новгорода, царь приказал тех попов и дьяконов, «которые не искупил ися от правежу», «отсылати за приставы в Олександрову слободу». Еще спустя почти год, 30 декабря, в Новгород прибыл государев посланник «правити на новгородцах от попов, которые на Москве не откупились». За городских священников, которые так и не сумели найти необходимых денег, должен был платить новгородский посад. Что касается монастырей, то в двадцати семи из них после отъезда царя остались приставы, которые продолжали выбивать из старцев деньги. Надзирал за приставами, побуждая их к действию, опричник Константин Поливанов — тот самый человек, который в 1564 году привез в Москву из Слободы грамоты Ивана IV о его отказе от царства. Все это продолжалось в течение многих месяцев. Не выдержав стояния на правеже, погибли записанные в «Синодике опальных» игумен Антониева монастыря Геласий, старец Нередицкого монастыря Пимен и многие другие, имена которых не сохранились. 13 октября 1570 года в Москву повезли выбитые из монахов деньги — 13 тысяч рублей, но лишь 5 января 1571 года «старцев государь велел сняти с правежа».
Все это до поры до времени не затрагивало жизнь новгородских горожан. По свидетельству Штадена, царь «купцам... приказал торговать и от его людей — опричников брать (награбленное? — Б.Ф.) по доброй уплате». Но затем дело дошло и до них. Царь приказал «в лавках всякой товар грабити и торговые анбары и лавки повеле рассекати до основания». По свидетельству Таубе и Крузе, такие «грубые» товары, как воск, лен, сало, меха, сжигались; остальное, как свидетельствует уже Штаден, свозилось в один из монастырей под Новгородом. Часть этого имущества (в частности шелковые и бархатные ткани) была роздана опричникам, а золото и серебро поступило в государеву казну. Царь не ограничился конфискацией и уничтожением того имущества, которое находилось в Новгороде. Многие новгородские купцы пребывали в то время с товарами в Нарве, где вели торговлю с купцами из стран Западной Европы. Поэтому царь послал и в Нарву отряд опричников. То, что там происходило, подробно описано в сравнительно недавно найденной немецкой брошюре, составленной, по-видимому, со слов очевидцев событий — немецких купцов. Дома, в которых находились новгородские купцы, были ограблены. Запасы их товаров частично сожжены, частично утоплены в реке Нарове. На купцов был наложен огромный штраф в 8 тысяч рублей; они были поставлены на правеж, и некоторые погибли от побоев.
Уничтожение товаров и разрушение торговых помещений еще не было концом новгородского разгрома. Дома новгородцев царь также приказал «ломати, а окна и ворота... без милости высекати». Последние слова «Повести», звучащие несколько странно, подтверждаются свидетельством Штадена: «было иссечено все красивое: ворота, лестницы, окна». Вероятно, и в этом случае имела место какая-то символическая процедура, смысл которой пока ускользает от нас. Во время этих карательных действий погибли и многие посадские люди, которых опричники убивали «без пощадения и без останка». Лишь 13 февраля, почти через полтора месяца после появления опричных отрядов под Новгородом, царь вызвал к себе посадских людей — «из всякой улицы по человеку» и объявил о прекращении казней, а через несколько дней с опричным войском покинул город, направившись во Псков.
Но испытания для запуганных и разоренных новгородцев на этом не кончились. Как отмечено в псковском летописце, царь еще «повеле правити посоху под наряд (то есть снаряжать подводы для перевозки пушек. — Б.Ф.) и мосты мостити в Ливонскую землю». Обнищавшие новгородцы не смогли, как делали ранее, нанять на свои деньги возчиков «и в посоху поидоша сами... и тамо зле скончашася нужно от глада и мраза и от мостов и от наряду». Так и не оправившись от последствий разорения, «мнози людие поидоша в нищем образе, скитаяся по чюжим странам». Писцовые описания начала 80-х годов рисуют картину страшного запустения Новгорода — ранее одного из наиболее крупных и богатых русских городов.
Между исследователями идут споры о том, в какой мере опричный разгром следует считать причиной такого упадка города, какая часть населения Новгорода погибла в этом разгроме. Помимо перечней казненных с указанием имен, в «Синодике опальных» помещена краткая запись, страшная в своей лаконичности: «По Малютине скаске новгородцев отделал тысящу четыреста девяносто человек». Исследователи спорят, говорит ли эта запись об общем числе казненных в Новгороде или 1490 человек убил лишь один из отрядов опричников во главе с Малютой Скуратовым. Однако и цифра в 1490 человек представляется очень значительной для средневекового города, население которого не превышало 15—20 тысяч человек. Возможно, от «морового поветрия» — эпидемии чумы, захватившей Новгород в следующем, 1571 году, людей погибло больше, чем от рук опричников, но именно опричный погром способствовал тому, что запуганные, потерявшие свои запасы и живущие в поврежденных постройках люди стали легкими жертвами «поветрия».
Поведение и самого царя, и опричников в Новгороде показывает, что царь и его советники были убеждены в существовании масштабного заговора, в котором участвовали все слои населения Новгорода. Чтобы подавить этот особенно опасный заговор и предотвратить возникновение новых, царь прибег к мерам еще более жестоким и угрожающим, чем те, которые использовались при расследовании боярского заговора 1567 года. Вместе с тем во время Новгородского погрома ярко проявилось стремление захватить и «выбить» из населения города как можно больше денег и товаров. Все это было не случайно.
По мере того как страна все более втягивалась в долголетнюю, не имевшую конца войну, росли государственные налоги. По расчетам Г. В. Абрамовича, сделанным на основе изучения комплекса новгородских писцовых книг середины — второй половины XVI века, в 70-е годы XVI века реальная тяжесть податей в 3,2 раза превышала уровень 50-х годов. Параллельно с ростом налогов стали возрастать трудности по их сбору; не спасала и жестокость государевых посланцев, безжалостно ставивших неплательщиков на правеж. Будучи не в состоянии уплачивать все возраставшие налоги одни крестьяне бросали свои хозяйства, «бежали безвестно от голоду», другие резко сокращали размеры обрабатываемых земель (налог взимался в зависимости от размера обрабатываемой земли) и тайно пахали запустевшие земли. Трудности усугубили эпидемии чумы сначала 1566—1567, а затем 1570—1571 годов, значительно сократившие количество налогоплательщиков. В таких условиях царь использовал расправу над заговорщиками, чтобы пополнить свою опустевшую казну и наградить своих верных слуг — опричников.