Избранный царем способ действий не вызывает удивления. По его сведениям, заговор был весьма масштабным, в нем участвовали все духовные и светские власти Новгорода, а значит, узнав о карательном походе опричного войска, они могли попытаться организовать сопротивление. Поэтому царь принимал все возможные меры, чтобы застать заговорщиков врасплох. Действия царя были хорошо продуманы, но предпосылка, лежавшая в их основе, была абсурдна.

Двигаясь к Новгороду, опричное войско искореняло измену в городах и селах, лежавших на его пути. В селе Медне под Тверью и в Торжке было перебито несколько сотен семей недавно переселенных туда псковичей. Их считали изменниками, как и всех жителей Пскова. В Твери и Торжке были казнены находившиеся в тюрьмах литовские пленные — царь, вероятно, считал и их участниками заговора.

О том, что происходило в Новгороде, когда к нему подошли опричные войска, мы осведомлены, пожалуй, лучше, чем о многих других событиях царствования Грозного. Подробное описание оставил не только Шлихтинг, но и участвовавшие в походе немцы-опричники Таубе и Крузе, а также Штаден. Сохранились и современные немецкие брошюры, составленные со слов иноземных купцов, ставших свидетелями некоторых из происшедших в это время событий. Эти рассказы можно сопоставить и со свидетельствами русских источников. В списках XVII века сохранилась в нескольких редакциях повесть «О приходе царя и великого князя Иоанна Васильевича в Великий Новъград, еж оприщина и розгром именуется»; записи так называемой Новгородской Второй летописи позволяют судить о положении, сложившемся в городе сразу после отъезда царя; наконец, важные дополнительные сведения содержит уже неоднократно упоминавшийся «Синодик опальных».

Передовые отряды опричного войска подошли к Новгороду 2 января 1570 года и сразу окружили его, «кабы ни един человек из града не убежал». 6 января прибыл сам царь и стал укрепленным лагерем на Городище, там, где жили князья во времена независимости Новгорода. 8 января, в воскресенье, царь направился к обедне в храм Святой Софии. На «Волховском мосту великом» его встречал архиепископ Пимен со всем новгородским духовенством. По обычаю, архиепископ хотел благословить царя, но царь не принял благословения и «повелел» архиепископу идти в храм и служить литургию. После обедни архиепископ пригласил царя в свои палаты «хлеба ясти». Однако, как только начался обед, царь «возопи гласом великим яростию к своим князем и боярам... и тотчас повеле архиепископлю казну и весь двор его и келий пограбити, и бояр его и слуг переимати и за приставы отдати до своего государева указа, а самого владыку, ограбив, повеле за сторожа единаго отдати и крепко стрещи» (стеречь). В записках Шлихтинга сохранился рассказ об издевательствах над арестованным архиепископом, одним из главных иерархов русской церкви. Из Новгорода его повезли в Москву на кобыле, посаженным задом наперед, с волынкой в руках, атрибутом скоморохов. Такой способ публичного поругания был избран неслучайно: так поступали византийские императоры с патриархами, замешанными в заговорах против них. Члены «освященного собора» во главе с митрополитом Кириллом поспешили сообщить царю, «что приговорили они на соборе новгородцкому архиепископу Пимину против государевы грамоты за его безчинья священная не действовати». На созванном в Москве церковном соборе Пимен был лишен сана. Он был заточен в Никольский монастырь в Веневе, где и умер в сентябре 1571 года.

Из Новгорода была вывезена владычная казна, из собора Святой Софии взяты иконы и церковная утварь, которые должны были украсить храмы в опричной резиденции царя — Александровой слободе. Вместе с опричным дворецким Львом Андреевичем Салтыковым изъятием руководил духовник царя, благовещенский протопоп Евстафий, некогда говоривший «речи неподобныя» о митрополите Филиппе. До сих пор Успенский собор в городе Александрове — преемнике Александровой слободы — украшают медные врата — выдающийся памятник древнерусского прикладного искусства. Они были изготовлены в 1336 году для Софийского собора по заказу новгородского архиепископа Василия Калики.

8 этой связи Таубе и Крузе впоследствии с некоторым удивлением писали: царь велел в Слободе «во искупление своих грехов построить две большие каменные церкви и наполнить их знаменитыми иконами, колоколами и другим, так что у всех составилось мнение, и он сам так думал, что ему прощены все грехи Господом Богом». Дворяне — протестанты — не понимали логики действий и размышлений царя. Для них новгородский заговор был актом политической измены, попыткой перехода под власть иного государя. Иначе выглядело дело с точки зрения царя: это был прежде всего акт отступничества от веры, попытка перехода под власть правителя «латинян» и еретиков, у которых от христианства осталось только имя. Изъять святыни из рук людей, осквернивших себя замыслами отделения от «святой земли» и общением с еретиками, и взять их под собственную защиту было с точки зрения царя в высшей степени богоугодным поступком. Царь нашел и иной способ наказания «Дома Святой Софии»: издавна входившие в состав новгородской епархии обширные земли на русском Севере были отписаны от новгородской кафедры и переданы вологодско-пермской епископии. По приказу царя в Вологде строился огромный каменный Софийский собор, который Иван IV явно противопоставлял новгородскому кафедральному храму.

9 января на Городище начался суд над арестованными и другими людьми, заподозренными в измене. «Царь и великий князь сед на судище и повеле приводити из Великаго Новагорода владычних бояр, и служилых детей боярских, и гостей, и всяких городцких и приказных людей, и жены, и дети, и повеле перед собою люте мучити». После пыток царь приказывал «телеса их некою составною мудростию огненною поджигати, иже именуется пожар». Затем осужденных привязывали за руки и за ноги к саням, волокли от Городища на «великий Волховский мост» и бросали в реку. Дело происходило зимой, когда Волхов был покрыт льдом, и его, очевидно, пришлось специально разбивать. Такой выбор способа казни вызывает удивление. Правда, в вечевом Новгороде именно так казнили преступников, но вряд ли Иван IV ставил своей целью возродить новгородские обычаи. Недавно А. Л. Юрганов указал на отразившееся во многих русских фольклорных текстах устойчивое представление о связи ада, преисподней с пропастью, дном рек. Отсюда делается вывод о том, что казни новгородцев имели символический характер: вероотступников прямо посылали в ад. Вместе с изменниками подвергались казни их жены и дети («а младенцев к матерям своим вязаху и повеле метати в реку»). Зловещие слова повести подтверждаются сообщениями «Синодика опальных» о казни новгородцев вместе с женами и детьми.

Гнев царя обрушился на окружение архиепископа Пимена. Были казнены многие из детей боярских, служивших новгородскому владыке, но наиболее видных среди них отправили в Москву, очевидно, для продолжения следствия о заговоре. В Новгородской земле — крае средних и мелких помещиков — главная роль в управлении принадлежала дьякам и подчиненному им приказному аппарату. Во время суда на Городище эта группа новгородского населения подверглась едва ли не поголовному истреблению: вместе с новгородскими дьяками были казнены несколько десятков новгородских подьячих (семейные с семьями) и даже самые низшие лица приказного аппарата — «розсыльщики». Так, впервые за годы опричнины объектом массовых репрессий стало чиновничество — та социальная группа, которая в силу особенностей своего положения была заинтересована в существовании сильной центральной власти и являлась одной из ее традиционных опор. Жестокость репрессий говорит о том, что именно в приказных людях царь видел главных организаторов заговора.

Сохранился рассказ о смерти богатого новгородского гостя (в 50-х годах он был новгородским дьяком и надзирал за составлением Четьих миней для молодого царя) Федора Сыркова. Этот рассказ, который иностранцы слышали в Новгороде еще в XVII веке, появился сразу по следам событий (его записал Шлихтинг, покинувший Россию в сентябре 1570 года). Чтобы узнать, где богатый купец прячет свои сокровища, царь приказал привязать его к веревке и окунать в холодную воду Волхова. Когда спустя некоторое время купца подняли и царь спросил, что он видел в воде, Сырков ответил, что он был в аду среди злых духов и видел место, приготовленное там для царя. Так Иван в глазах новгородцев сам стал носителем зла и представителем темных сил.