Религиозная политика Омуртага была антихристианской, и временами он даже прибегал к гонениям на христиан. Несомненно, он был обеспокоен растущим успехом византийского христианства в его государстве. Миссионерскую роль в Болгарии сыграли многие тысячи пленников, которых Крум захватил в византийских городах во Фракии и переселил в Болгарию. Попытки заставить их отречься от своей веры не удались, и многие из них приняли мученическую кончину. Самым известным из этих мучеников был Мануил, митрополит Адрианопольский.
Но вскоре в христианство обратился член семьи самого хана: сын и наследник Омуртага Маламир (831-836) был вынужден казнить своего родного брата Энравотаса, который принял крещение под влиянием греческого пленника из Адрианополя.
Неизбежно и неотвратимо язычество в Болгарии постепенно приходило в упадок. Очевидно также, что славянское население Болгарии было более готово к принятию христианства, чем правящая военная аристократия, все еще помнящая о своих тюркских корнях, и жестокость болгарских правителей к христианам была лишь негодной попыткой сохранить умирающую религию, которая виделась инструментом противостояния византийскому империализму.
Страх и недоверие, которые болгары испытывали к Византии, отчасти объясняют отношения, установившиеся между Болгарией и граничившей с ней восточной частью Каролингской империи. Эти отношения, начавшиеся во время правления Омуртага, привели к подписанию мирного договора между франками и болгарами в 845 г. В 852 г., когда на болгарский трон взошел князь Борис, внешняя политика его государства была по преимуществу профранкской и западнической. В этом также были тесно переплетены как политические, так и религиозные факторы: Каролингская и Византийская империи в то время состязались за политическую и религиозную принадлежность балканских народов. За франкской империей стояла Римская Церковь, хотя и не слишком доверявшая франкам из-за тенденции их правителей считать церкви частной собственностью мирян-основателей, но вместе с тем стремившаяся воспользоваться миссионерским рвением германцев для расширения границ западного христианства. Переменчивые отношения Бориса с Византией, Римом и франками в течение ближайших двух десятилетий будут определять религиозное и культурное будущее его страны.
В последовавших событиях интересен параллелизм между решениями о принятии христианства моравскими и болгарскими правителями: моравцы, опасавшиеся наступления германских народов, запросили о помощи византийцев, а болгары, постоянно воевавшие с Константинополем, направили посольство с аналогичной просьбой ко франкам.
В начале 60-х гг. Борис вновь подтвердил союз своей страны с Людвигом Немцем и, похоже, обещал ему принять христианство из рук франкского духовенства. Вот этого Византия потерпеть уже не могла: сама мысль о распространении каролингского влияния до границ Фракии, откуда рукой подать до Константинополя, была абсолютно неприемлемой. В 864 г. император Михаил направил в Болгарию внушительную армию и флот. Борис, чья армия была ослаблена неурожаем и голодом в стране, понял, что сопротивление бессмысленно, и направил делегацию в Константинополь с обещанием принять христианство в Византии и отказаться от союза с франками. Вскоре после этого, вероятно в сентябре 865 г., Борис был крещен направленным в Болгарию византийским епископом. Значительное число болгарской аристократии было крещено вместе с ним.
Византийцы восприняли факт крещения Бориса как знак того, что он признал верховенство их императора; интересно, что такое же толкование этого события, хотя и с явным неодобрением, было дано папой Николаем I в его письме Хинчмару, архиепископу Реймскому. Согласно политической философии, которой придерживались византийцы, всякий народ, принимающий христианскую веру, признавал власть императора – единственного законного самодержца христианского мира. Знаком этого признания делалось духовное родство, которое отныне связывало лидера обратившегося народа с личностью императора; степень родства, варьировавшаяся в зависимости от страны, должна была определять положение, занимаемое страной в своеобразной "табели о рангах" международного сообщества христианских стран, верховным главой которого являлся император. Положение Болгарии в Византийском содружестве было символически выражено тем фактом, что Борис крещен под именем Михаила и его восприемником стал сам император Михаил III.
Мы не знаем, насколько эти византийские претензии на господство были восприняты самим Борисом: та политика, которой он придерживался в дальнейшем, показывает, что он не признавал себя подчиненным Византии. Тем не менее, по всей видимости, он все же ценил свое духовное родство с императором, повышавшее его авторитет у себя дома и престиж его государства за границей. Более того, ни он, ни его преемники никогда не пытались оспаривать византийскую доктрину о единой вселенской Империи, чьим правителем был константинопольский василевс. Но очевидная для всех в теории, на практике эта доктрина породила множество серьезных конфликтов в болгарском обществе, которые и проявились во время правления Бориса.
Сразу же после его крещения в Болгарии разразилось мощное восстание, возглавленное вождями древних болгарских кланов. Их целью было убрать Бориса и восстановить язычество. Повстанцы были очень близки к успеху, но Борису удалось мобилизовать своих сторонников и в жестокой битве разбить мятежников. Последовавшее наказание было беспощадным: пятьдесят два зачинщика вместе с их детьми были казнены. Позже Борис раскаялся в своей жестокости, но очевидно было, что таким образом он избавился от возможных главарей языческой оппозиции. Будущее для византийской миссии в стране было обеспечено.
Тем временем византийские власти предпринимали усилия по укреплению своего контроля над Болгарией. Вскоре после крещения Бориса и, возможно, даже еще до восстания бояр патриарх Фотий направил письмо болгарскому правителю. Патриарх был не только величайшим ученым своего времени – он был еще и знаменитым стилистом и ритором. Его письмо доказывает это с избытком. Очень красивым и ученым языком он излагает учение о Церкви, как оно было изложено в правилах Вселенских Соборов, доказывает преимущество христианства над язычеством и, сочетая классическую премудрость с православными богословием и этикой, рисует идеальный портрет христианского правителя-философа, властелина собственных страстей и попечителя о благосостоянии своих подданных.
Если своим литературным опусом Фотий хотел раздавить неотесанного варварского князька мудростью и великолепием восточной христианской традиции, то, наверное, он своего добился. Но все же, скорее всего, большая часть учености и диалектического мастерства великого патриарха были потрачены впустую: Борис довольно плохо знал греческий, а переводчик вряд ли мог перевести все это великолепие на пока еще неписьменный язык; да и интересовался болгарский князь прежде всего практическими вопросами о приложении новой религии в нравственной, социальной и политической областях. Но обо всем этом в Фотиевском послании ровно ничего не говорилось.
Письмо совершенно не удовлетворило Бориса. В его стране были весьма сильны антивизантийские настроения, а греческое священство, теперь повсюду действовавшее в Болгарии, сочетало свою миссионерскую работу с политической лояльностью императору. Собственная дружина упрекала Бориса, что он сдался врагам.
Поначалу Борис пришел к выводу, что для сохранения независимости своей страны и продолжения ее христианизации ему необходимо получить одобрение Византии на создание отдельной, предпочтительно автономной церковной организации в Болгарии. Борис знал о теории пентархии, которая в то время была повсеместно признана в Византии. Но у него постепенно начала вызревать идея создания шестого, болгарского патриархата. Однако византийцам даже в голову не могло прийти что-либо подобное, а Фотий в своем письме весьма многозначительно обходил молчанием все вопросы, связанные со статусом и организацией новой Болгарской Церкви. Получались своего рода ножницы: Борис через крещение добивался упрочения государственности, независимости своей страны, а Византия, наоборот, видела в крещении инструмент для включения Болгарии в сферу своего влияния.