К 16 в., несмотря на упорное сопротивление, сначала Валашское, а затем Молдавское княжества попали в зависимость от Османской империи. После Мохачской битвы 1526 и распада Венгерского королевства образовалось (1541) относительно самостоятельное княжество Трансильвания, также признавшее сюзеренитет турецкого султана. С середины 16 в. усиливается зависимость Молдавского и Валашского княжеств от Османской империи. Пользуясь правом утверждения господарей, турецкий султан превратил господарский престол в предмет купли-продажи, а господарей в своих ставленников. В конце 16 — начале 17 вв. валашскому господарю Михаю Храброму удалось добиться успехов в борьбе с Османской империей и на короткое время объединить под своей властью Валашское и Молдавское княжества и Трансильванию. С конца 16 в. на основе общих интересов в борьбе против османской агрессии окрепли молдавско-валашско-русские политические связи. В 17 — начале 18 вв. господари В. Лупу, М. Басараб, Г. Стефан, К. Брынковяну имели тесные политические отношения с Украиной и Россией. Во время Прутского похода 1711 Петра I молдаване сражались против турецких войск на стороне русских (молдавский господарь Дмитрий Кантемир заключил с Петром I союзный договор).
С начала 18 в. турецкий султан стал назначать господарей в Молдавском и Валашском княжествах из числа греков-фанариотов. Турецко-фанариотский гнёт приводил к усилению феодальной эксплуатации молдавских и валашских крестьян. Аграрные реформы в Валахии (1746) и в Молдавском княжестве (1749), устранив личную крепостную зависимость крестьян от феодала, сохранили однако их прикрепление к земле как единице налогообложения. Рост национального и социального гнёта вызывал широкое освободительное и антифеодальное движение народных масс.
Турецкое господство тормозило процесс зарождения капиталистических отношений в княжествах. Возникшие во 2-й половине 18 в. суконные, бумажные, стекольные и другие предприятия мануфактурного типа были основаны главным образом на труде зависимых крестьян. В Трансильвании, подчинённой с конца 17 в. Габсбургами, сохранялась барщинно-домениальная система, усилилось крепостничество, дополнявшееся национальным угнетением. Ярким выражением нараставшего классового протеста явилось принявшее большой размах Трансильванское крестьянское восстание 1784—85 под руководством Н. Хории, Г. Кришана и Й. Клошки.
Русско-турецкие войны 18—19 вв., подтачивая военное могущество Османской империи, благоприятствовали освободительной борьбе народов Молдовы и Валахии. Добровольческие отряды молдаван и валахов участвовали в военных действиях против Турции на стороне русских войск. Кючук-Кайнарджийский мир 1774 предоставил России право «говорить в пользу сих двух княжеств». Ясский мирный договор 1791 подтвердил условия Кючук-Кайнарджийского мира. В соответствии с Бухарестским мирным договором 1812, завершившим русско-турецкую войну 1806—12, Бессарабия была освобождена от турецкого ига и вошла в состав России.
Народные массы княжеств вели упорную борьбу против османского владычества и господства местных феодалов. Наивысшей точкой подъёма национально-освободительной и социальной борьбы в княжествах в 1-й четверти 19 в. было Валашское восстание 1821 под руководством Т. Владимиреску. Несмотря на поражение, непосредственным его результатом была ликвидация фанариотской власти в княжествах, избрание господарей из местных бояр, что было подтверждено русско-турецкой Аккерманской конвенцией 1826. Дальнейшим шагом в ослаблении зависимости княжеств от Турции был русско-турецкий Адрианопольский мирный договор 1829, обеспечивший автономию Молдовы и Валахии. Отмена после 1829 турецкой торговой монополии способствовала экономическому подъёму княжеств. Развивалось ремесленное мануфактурное производство, расширилась торговля, зарождалась торговая буржуазия. Вырос экспорт зерна, стимулировавший развитие товарного земледелия. Как следствие росли посевные площади в имениях молдавских и валашских бояр за счёт сокращения крестьянского землепользования. Введённый в княжествах Органический регламент 1831—32 (разработан при участии графа П. Д. Киселёва) закрепил политические права и привилегии крупных бояр и высшего духовенства. Крестьяне формально сохраняли право перехода, но наделы их были уменьшены, а повинности в пользу феодалов увеличены. В то же время Органический регламент предусматривал ряд социально-экономических, политических и административных преобразований, способствовавших экономическому и культурному сближению княжеств.
В 30—40-е гг. 19 в. росло антифеодальное крестьянское движение. В среде мелкого боярства, зарождавшейся буржуазии и интеллигенции возникали тайные революционные организации, выдвигавшие различные программы национального освобождения, некоторых экономических и политических реформ.
Удар по феодально-крепостническому строю нанесли революционное движение в Молдове в 1848—49, буржуазно-демократические революции 1848—49 в Валахии и Трансильвании.
Период буржуазных революций 1848—1849, буржуазных преобразований, борьбы за объединение Дунайских княжеств и за независимость страны (1848—70-е гг. 19 в.). В Молдове в марте 1848 началось движение за проведение буржуазных реформ, возглавленное оппозиционно настроенными к правительству помещиками и буржуазией. Оно было быстро подавлено войсками. Потерпели поражение и антифеодальные выступления крестьян в марте — мае 1848. На помощь местной реакции пришёл царизм. В июне 1848 началась революция в Валахии. Революционно-демократическое крыло движения возглавлял Н. Бэлческу. 9 (21) июня в селении Ислаз члены революционного комитета, сформированного в Бухаресте, провозгласили программу буржуазно-демократических преобразований. 11 (23) июня произошло восстание в Бухаресте. Созданное в ходе восстания временное революционное правительство отменило привилегии крупных землевладельцев-бояр, цензуру, смертную казнь, провозгласило равенство всех жителей перед законом, создало национальную гвардию. Однако временное революционное правительство оказалось неспособным быстро и радикально решить крестьянский вопрос, освободить крестьянство от феодальных повинностей и наделить землёй. Слабость национальной буржуазии обусловила то, что значительную роль в руководстве революцией в Валахии играли мелкие и средние помещики, недовольные господством крупных феодалов, но не желавшие в борьбе с ними опираться на крестьянское движение. 13 (25) сентября турецкая армия заняла Бухарест; революция потерпела поражение.
Весной 1848 в Трансильвании, входившей в состав Австрийской империи Габсбургов, началось антифеодальное революционное движение и борьба за национальное равноправие румын, составлявших большинство населения, но не имевших политических прав. В первое время румынское население Трансильвании поддерживало революцию 1848—49 в Венгрии. Однако половинчатость аграрного законодательства правительства революционной Венгрии, его нежелание признать равноправие национальностей привели к разобщению румынского национального движения и венгерских революционных сил (чем воспользовалась габсбургская реакция). В августе 1849 венгерская революционная армия капитулировала у Вилагоша (Ширии).
После Крымской войны 1853—56 в соответствии с Парижским мирным договором 1856 протекторат России над княжествами был заменен «ручательством» 7 держав, подписавших этот договор. Парижский договор подтвердил зафиксированные в русско-турецких договорах автономные права княжеств «под верховной властью Порты», а также предусматривал выяснение пожеланий населения о будущем государственном устройстве. По этому же договору Россия была вынуждена уступить южную часть Бессарабии.