Флора Атласа и северного побережья Ливии и ОАР принадлежит Средиземноморской подобласти Голарктики и имеет много общего с флорой Юж. Европы (земляничное дерево, ладанник) и Передней Азии (атласский кедр, евфратский тополь). Древняя флора островов Мадейра, Канарских и Зелёного Мыса (преимущественно лесная) образует Макаронезийскую подобласть Голарктики с наибольшим количеством эндемиков на Канарских островах (драконовое дерево и др.). Флора Сахары (злаково-кустарниковая), крайне бедная видами (около 1200), относится к Северо-Африканско-Индийской подобласти Голарктики.
Палеотропическая область включает в экваториальном климате Гвинейскую подобласть лесной гигротермальной флоры. Её окружает широкая подобласть судано-замбезийской флоры саванн, редколесий и кустарников. В ней особо выделяется афроальпийская флора горных вершин Восточной А. и Камеруна, сходная по составу, несмотря на территориальную разобщённость. Суккулентная флора пустынь и полупустынь Южной А. относится к Южно-Африканской флористической подобласти. Для неё очень характерна уникальная древняя вельвичия. Флора Мадагаскара и соседних островов выделяется в Мадагаскарскую подобласть, богатую эндемиками (сейшельская пальма, дерево путешественников). Вечнозелёная флора Капской область высоко эндемична и представлена главным образом кустарниками. Для неё характерно отсутствие злаков.
Границы и типы растительности А. определились в конце плиоцена, с установлением современного соотношения тепла и влаги, но в результате действующей в течение столетий примитивной подсечно-огневой системы земледелия, сведения лесов и выпаса скота естественный растительный покров сильно нарушен. Многие растительные формации являются вторичными. Большая часть саванн А. возникла на месте сведённых лесов, редколесий и кустарников, представлявших естественный переход от влажных вечнозелёных лесов к пустыням. Теперь саванны занимают около 37% площади А., леса — около 16% и пустыни — св. 39% .
Влажные вечнозелёные экваториальные леса занимают наибольшую площадь вдоль побережья Гвинейского залива (от 7° с. ш. до 12° ю. ш.) и во впадине Конго (от 4° с. ш. до 5° ю. ш.) — в жарком и постоянно влажном климате. На северной и южной окраине они переходят в смешанные (листопадно-вечнозелёные) и листопадные леса, теряющие листву на сухой сезон (3—4 мес). Тропические влажные леса (главным образом пальмовые) растут на восточном побережье А. и на В. Мадагаскара; смешанные лиственно-хвойные леса — на юго-восточной муссонной окраине А.; вечнозелёные жестколистные леса (главным образом из пробкового дуба) — на наветренных склонах Атласа. Склоны гор до 3000 м покрывают горные леса, в поясах с наибольшим количеством осадков они низкорослы, с обилием мхов и лишайников.
Саванны обрамляют лесные массивы Экваториальной А. и простираются через Судан, Восточную и Южную А. за южный тропик. В зависимости от длительности сезона дождей и годовых сумм осадков в них различают высокотравные, типичные (сухие) и опустыненные саванны. Высокотравные саванны занимают пространство, где годовая сумма осадков составляет 800—1200 мм, а сухой сезон длится 3—4 мес, они имеют густой покров высоких злаков (слоновая трава до 5 м), рощи и массивы смешанных или листопадных лесов на водоразделах, галерейные вечнозелёные леса грунтового увлажнения в долинах. В типичных саваннах (осадков 500—800 мм, сухой сезон 6 мес) сплошной злаковый покров не выше 1 м (виды бородача, темеды и др.), из древесных пород характерны пальмы (веерная, гифена), баобабы, акации; в Восточной и Южной А. — молочаи. Большая часть влажных и типичных саванн вторичного происхождения. Опустыненные саванны (осадков 300—500 мм, сухой сезон 8—10 мес) имеют разреженный злаковый покров, в них широко распространены заросли колючих кустарников (главным образом акаций).
Пустыни занимают наибольшую площадь в северной части А., где находится величайшая в мире пустыня Сахара. Растительность её склерофильная (с жёсткими листьями, хорошо развитой механической тканью, отличается засухоустойчивостью), крайне разреженная; в северной Сахаре злаково-кустарниковая, в южной — кустарниковая; сосредоточена главным образом вдоль русел уэдов и на песках. Важнейшее растение оазисов — финиковая пальма. В Южной А. пустыни Намиб и Карру главным образом суккулентные (характерны роды мезембриантемум, алоэ, молочаи). В Карру много акаций. На субтропических окраинах пустыни А. переходят в злаково-кустарниковые полупустыни; на С. для них типичен ковыль альфа, на Ю. — многочисленные луковичные и клубненосные.
Очень велики и разнообразны растительные ресурсы. В вечнозелёных лесах Центральной А. растут до 40 пород деревьев, обладающих ценной древесиной (чёрное, красное и др.); из плодов масличной пальмы получают высококачественное пищевое масло, из семян дерева кола — кофеин и другие алкалоиды. А. — родина кофейного дерева, растущего в лесах Эфиопского нагорья, Центральной А., Мадагаскара. Родиной многих хлебных злаков (в т. ч. засухоустойчивой пшеницы) является Эфиопское нагорье. Африканское сорго, просо, ароуз, клещевина, кунжут вошли в культуру многих стран. В оазисах Сахары получают около 1/2 мирового сбора плодов финиковой пальмы. В Атласе важнейшие растительные ресурсы — атласский кедр, пробковый дуб, оливковое дерево (плантации на В. Туниса), волокнистый злак альфа. В А. акклиматизировались и выращиваются хлопчатник, сизаль, арахис, маниок, дерево какао, каучуконос гевея.
Животный мир А. разнообразен и богат; изучен ещё не полностью. Северная А. (включая Сахару) входит в Средиземноморскую подобласть Голарктической области. Остальная часть А. принадлежит Эфиопской области, в которой в зависимости от условий местообитания выделяются Западно-Африканская подобласть, Восточно-Африканская подобласть и Южно-Африканская подобласть. В Мадагаскарскую подобласть объединяются о. Мадагаскар и другие острова Индийского океана.
Наиболее древняя фауна А. (гондванская) сохранилась в Южно-Африканской подобласти (некоторые беспозвоночные, двоякодышащие рыбы). С мела и до эоцена фауна А. имела много общего с фауной Австралии и особенно Юж. Америки (дикобразоподобные грызуны, трубкозубы, ящеры, страусы). С олигоцена начался обмен фауной между А., Индией и Юж. Европой (слоны, человекообразные обезьяны). В плиоцене в А. из Азии проникла фауна копытных и хищных животных саванн, но в ледниковое и послеледниковое время она была оттеснена из Северной А. мигрантами из Европы и Передней Азии.
В Средиземноморской подобласти в А. обитают гиена, виверра, бесхвостые обезьяны, заяц, дрофа (в Атласе), антилопа мендаса и буоала, газель, лисица фенек, страус (в Сахаре). В Эфиопской области для лесной Западно-Африканской подобласти характерны узконосые обезьяны (в т. ч. горилла), слоны, кистеухие свиньи, окапи, карликовые бегемоты, преимущественно лазящие птицы (серые попугаи и др.). В саваннах Восточно- и Южно-Африканской подобласти обитают наиболее характерные для А. крупные травоядные животные: антилопы, зебры, жирафы, носороги, бегемоты, буйволы, слоны. В Восточной А. биомасса диких копытных наибольшая на земном шаре (до 30 т на 1 км2). Из хищных в саваннах обитают львы, леопарды, гепарды, рыси, гиены. Очень много термитов, широко распространена муха цеце.
В 19 в. и особенно в начале 20 в. численность многих крупных животных резко сократилась, а некоторые исчезли совершенно в результате истребления европейцами. Лишь в 50-е гг. начала расширяться сеть заповедников (национальных парков, резерваций), в которых животные охраняются, а численность их регулируется. Крупнейшие заповедники: Национальный парк Крюгера (ЮАР), Киву (Демократическая Республика Конго, Руанда).