В соответствии с рекомендациями Эллен Уайт на открывшейся сессии Генеральной Конференции 1901 г. было принято решение об организации Униона – объединения местных конференций. Руководство ими было возложено на местные административные органы, которые тем самым получали реальную возможность влиять на жизнь Церкви на местах, в том числе получили право самостоятельно принимать безотлагательные решения по всему спектру местных вопросов и проблем, не дожидаясь санкции центральных органов в Баттл-Крике. Это в значительной степени повышало их действенность сравнительно со старой системой управления. За Генеральной Конференцией оставалась прерогатива принятия решений по важнейшим проблемам мирового масштаба, планирования тактики и стратегии деятельности Церкви в планетарном размере, теологического характера и т.д.231

Нововведением этой Генеральной Конференции был отказ от избрания президента Конференции и передача властных полномочий не в руки одного лица, а исполнительного комитета, состоящего из 25 человек, избираемого всеми делегатами Конференции. Эта мера, по мнению адвентистских историков, оказалась в будущем неэффективной и даже принесла целый ряд осложнений. В 1901 же году, когда был впервые избран этот комитет, все его 25 членов единогласно провозгласили своим председателем Артура Дж. Дэниеллса, которому в то время был сорок один год и который находился в расцвете сил. Это был прирожденный администратор, талантливый и независимый мыслитель – так его характеризуют в адвентистской литературе по истории Церкви. Приступив к практической деятельности, Дэниеллс вскоре столкнулся с чисто юридическими проблемами, не имея президентского статуса, и вынужден был даже по сути нарушить волю последней Конференции, не избравшей на этот раз своего президента, подписываясь на официальных документах Церкви как президент. Позднее, через 2 года, в 1903 г. на очередной сессии Генеральной Конференции его действия были одобрены и ратифицированы, а делегаты Конференции проголосовали за восстановление института президента Конференции, которым и стал все тот же Даниэллс. Однако не все с этим согласились. Некоторые ведущие члены Церкви вроде Келлога, Ваггонера, Джонса и других не согласились с такого рода решениями Конференции. Лидером данной оппозиции решением Генеральной Конференции 1903 г. стал Алонзо Т. Джонс, администратор вначале одной из региональных, а затем – Генеральной Конференции. Впервые он выступил 4 марта 1906 г.. на празднике Скинии в Баттл-Крике с оппозиционной речью, направленной против, как он считал, узурпации Даниэллсом президентских полномочий и решений о президентстве предыдущих Конференций. Позднее эта речь была опубликована в виде брошюры под названием «Немного истории, немного опыта и несколько фактов».

Группа сторонников Джонса вскоре соединилась с группой Келлога, которая также вела борьбу с Даниеллсом, но во имя других целей – поставить на пост президента вместо лса доктора Келлога. Практических положительных результатов данная борьба для оппозиции не имела. В 1907 г. Исполнительный Комитет Генеральной Конференции проголосовал за то, чтобы лишить Джонса его священнического сана. В конце концов, Джонс порвал со структурами Церкви, хотя и оставался верен догматам адвентизма232.

Возвращаясь к решениям Генеральной Конференции 1901 г., следует упомянуть, что одним из вопросов повестки дня была ситуация со школой в Балтт-Крике, которая располагалась в самом городе, что не соответствовало адвентистским принципам образования, требовавшим соединения образовательного процесса с трудовым воспитанием, что было недостижимо в городских условиях. На Генеральной Конференции были предприняты попытки перенести школу в пригород, и после непродолжительной дискуссии судьба школы была решена. Вскоре был найден участок в Берриен-Спрингс, штат Мичиган. Это учебное заведение получило известность под названием Эммануильского колледжа, который явился тем самым предшественником нынешнего адвентистского Университета им. Эндрюса. Описанные события во многом произошли опять-таки благодаря вмешательству Эллен Уайт, ибо против идеи переноса школы из Баттл-Крика выступало достаточно большое количество делегатов Конференции и убедить их снять свои возражения смогла именно она.

Вообще сам факт пребывания Эллен Уайт в США, как считают адвентистские историки, оказывал гораздо более действенное влияние на жизнь Церкви, нежели ее прошлые письма – наставления из далекой Австралии. В то время в жизни Церкви произошло несколько трагических событий. Они пришлись на 1902 год. Первая катастрофа случилась 18 февраля 1902 г., когда страшный пожар уничтожил главный корпус Баттл-Крикского адвентистского санатория, а через несколько месяцев (30 декабря того же года) произошла вторая: от пожара полностью сгорело здание центрального адвентистского издательства. На сессии Генеральной Конференции в марте 1903 г. было принято решение не восстанавливать сгоревшее здание издательства, а перенести его в другое место. Там же было решено перенести и штаб-квартиру Генеральной Конференции. Позднее подыскали и новое место для главной адвентистской резиденции, где она располагается и поныне. Издательство и саму Генеральную Конференцию перенесли в Вашингтон, округ Колумбия. Там в местечке Такома Парк (на границе между штатами Мэрилэнд и округ Колумбия) Церковь прикупила 50 акров земли. К осени планы несколько изменились. На купленной земле решили строить санаторий и колледж и приобрести еще два акра земли в округе Колумбия для строительства помещений для издательства и для офисных служб Генеральной Конференции. Быстро были собраны необходимые средства. В результате организованных действий осенняя сессия Генеральной Конференции 1903 г. прошла уже на новом месте.

Во время работы этой сессии из Баттл-Крика приехала группа лиц во главе с доктором Келлогом, которая стала настоятельно просить делегатов Конференции разрешить продажу и распространение сочинения Келлога «Живой храм» членами Церкви. Их просьба, а также содержание указанной книги обсуждалось почти целый день, однако к единому мнению участники обсуждения не пришли. Вернувшись после дискуссии домой, президент Конференции А. Дж. Даниэллс обнаружил дома два послания от Э. Уайт. В них она подвергла критике главные положения Келлога и раскрыла ту опасность, которую его сочинение означает для Церкви. Эллен Уайт доказывала, что пантеистическая теория Келлога противоречит самим основаниям христианства. Утром на заседании комитета Даниэллс зачитал текст обоих посланий. Члены комитета согласились с точкой зрения Уайт, сочтя ее письма весьма своевременным предупреждением. Даже Келлог был вынужден согласиться с Э. Уайт и пообещать изъять книгу из продажи с тем, чтобы уничтожить все имеющиеся в ней расхождения с Библией, все те места, которые могут быть идентифицированы как пантеистические. Однако своего обещания в последующем он не выполнил, продолжая и далее вести раскольническую деятельность и мечтая об отчуждении Ассоциации медицинских миссий и благотворительности, всех относящихся к этой Ассоциации санаториев, больниц от адвентистской Церкви.

Впрочем, как утверждают адвентистские историки, описывающие события, происходившие в жизни Церкви адвентистов седьмого дня в те годы, тайные планы Келлога были шиты белыми нитками. Эллен Уайт, по словам этих историков, была информирована об этих планах доктора точно так же, как и о том, что он подтасовал документы, относящиеся к юридическому статусу санатория и активно вел работу по изъятию его из собственности Церкви. В том числе и по этой причине Эллен Уайт приступила к активным поискам подходящих мест для строительства новых медицинских учреждений. Вскоре было найдено несколько таких мест. Благодаря усилиям Эллен Уайт, которую поддержали многие члены Церкви, было построено несколько новых медицинских заведений Церкви. Первым был проект возле Сан-Диего, где было куплено массивное пятидесятикомнатное здание, находящееся прямо в парке с прилегающим большим земельным участком. Приспособив здание под нужды санаторного учреждения, Э. Уайт открыла там адвентистский санаторий, который действует уже более ста лет и ныне известен как санаторий Райской Долины.