Все это вместе взятое, указывается в адвентистской литературе по истории Церкви, и особенно стремительный ее рост за пределами США в различных странах и континентах, обусловило необходимость в реорганизации Церкви, ибо слишком непомерный объем работы и слишком большая ответственность легла на плечи центрального адвентистского руководства. Ему приходилось принимать решения по существу на мировом уровне притом, что нередко ему была неведомо реальное положение дел в наиболее отдаленных уголках земного шара. Большое внимание необходимости децентрализации работы церкви уделяла Эллен Уайт во время еще своего пребывания в Австралии. Особенно она критиковала именно деятельность Баттл-Крикского центра. Она призывала к децентрализации работы в городе, ибо, помимо того, что Баттл-Крик был резиденцией Генеральной Конференции, там же нашли себе пристанище и Адвентистское издательство, и Баттл-Крикский санаторий, и Баттл-Крикский колледж. По мнению Эллен Уайт, слишком большое количество адвентистов и адвентистских руководящих и иных структур и институтов оказалось в одном маленьком городке. И во благо сохранения и дальнейшего развития Церкви она не уставала призывать ее лидеров к децентрализации.

Помимо всего прочего, отмечают адвентистские историки, характеризуя этот этап развития своей Церкви, деятельность многих церковных учреждений, институтов и организаций была невзаимосвязанной, действия их носили разобщенный характер; несмотря на то, что руководство этими организациями и филиалами находилось в Баттл-Крике, тем не менее принимались часто несогласованные с прочими учреждениями решения. Очевидной стала необходимость в организации единой гармоничной и отлаженной системы управления. В качестве примера вышеуказанные историки приводят характерный для деятельности Церкви тех лет факт: и Генеральная, и Международное миссионерское общество и Ассоциация медицинских миссий и благотворительности – все они ведали посылкой миссионеров в различные уголки планеты.

Именно о таких организациях и независимых филиалах стала говорить и писать в те годы Эллен Уайт, характеризуя их как «маленькие царства», в которых царят и правят «маленькие царьки». Среди них своими претензиями на независимость выделялась Ассоциация медицинских миссий и благотворительности, в составе которой состояло больше членов, чем во всех других адвентистских организациях вместе взятых. Руководство этой Ассоциацией осуществлял известный адвентистский деятель, предприимчивый, энергичный и талантливый организатор, доктор Джон Х. Келлог, который, обуреваемый идеей полной независимости от церковного руководства, пытался высвободить из-под контроля последнего все медицинские учреждения Церкви. О планах Келлога знала и Эллен Уайт, о чем свидетельствует ее переписка с доктором. Она относилась к доктору очень мягко и осторожно, зная его еще с его молодых лет, когда он, будучи близким другом семейства Уайт, нашел в доме Уайтов свою вторую семью, нередко питаясь там и ночуя. Сам Кэллог испытывал большое уважение к миссис Уайт, любезно предоставил ей после ее возвращения из Австралии в Америку свой дом. По этой причине Эллен Уайт, хотя и упрекала Келлога, но делала это очень вежливо, призывая его к осторожности и неспешности в словах и делах. Келлог, по оценке Уайт, будучи специалистом в медицинской сфере и даже зная все принципы адвентистского здорового образа жизни, продолжал пренебрегать их практическим применением, что, в частности, нашло свое выражение и в его позиции в вопросе о размерах зданий медучреждений церкви. Эллен Уайт не уставала повторять, что адвентисты должны стремиться к созданию небольших медицинских учреждений в различных местах с целью достижения охвата их услугами максимально большого числа больных и нуждающихся в лечении. А Келлог же настаивал на крупных стационарах, стремясь, как подчеркивают историки адвентистской Церкви, к росту собственного престижа.

Помимо всего прочего, доктор Келлог вскоре стал высказывать еретические, с точки зрения адвентистских авторитетов, взгляды, начав исповедовать и пропагандировать, по мнению этих же авторитетов, пантеистические взгляды. Эллен Уайт относилась к числу этих авторитетов и, зная о взглядах Келлога, считая их вредным для дела адвентизма пантеизмом, пыталась убедить Келлога отказаться от них. Однако последний не последовал призыву Уайт и вскоре развил свои взгляды в своей книге «Живой храм». Из-за того, что ее содержание было пронизано пантеизмом, хотя и было посвящено медицинским проблемам, Церковь отказалась от ее издания и распространения. Тогда Келлог в частном порядке издал свое сочинение. У него даже нашлись сторонники из числа адвентистов, так что проблема Келлога даже обсуждалась на одном из заседаний осеннего созыва Генеральной Конференции 1903 года. После длительных дебатов, длившихся целый день, только благодаря усилиям Эллен Уайт позиция и взгляды Келлога были осуждены и также было запрещено распространять и продавать сочинения «Живой храм» членами Церкви. Осуждены были и действия Келлога по изъятию некоторых медицинских учреждений из собственности Церкви.

Большую роль в осуждении взглядов и учения Келлога сыграл тогда также и тогдашний президент Генеральной Конференции А. Дж. Даниельс, который поддержал Э. Уайт и против которого плел интриги, с целью занятия его кресла, сам Келлог. Разногласия Церкви с Келлогом длились годами, вплоть до 1905 г., т. е. почти два десятилетия, и значительно осложнили развитие Церкви, ее учреждений в это время.

Были услышаны в это время и постоянные призывы Эллен Уайт к административному реструктурированию церкви. Попытки реорганизовать церковь, ее управление предпринимались неоднократно в конце XIX – начале ХХ вв., пока в конце концов не сложилась та структура Церкви адвентистов седьмого дня, которая существует и по сей день. Вопросы организации и реорганизации Церкви заслушивались почти на каждой очередной сессии Генеральной Конференции.230

Еще в 1887 г. делегаты Генеральной Конференции, осознав резко возросший объем работы, обрушившийся на президента Конференции, ввели должность секретарей для работы с документами, курирующих такие важные направления деятельности Церкви, как образование, внутренние миссии и внешние миссии. В 1888 г. исполком Генеральной Конференции разделил США и Канаду на 6 округов, поставив во главе каждого одного из членов комитета для управления округом. Были созданы Восточный, Южный, Центральный, Юго-Западный округ Тихо-Океанского побережья Америки. В 1893 г. на сессии Генеральной Конференции ее очередной президент Олсен заявил, что в Церкви сложилось мнение, что сложность структуры адвентистской организации затрудняет ее эффективную работу и предложил ликвидировать некоторые ее административные подразделения. К тому времени в управленческий этаж адвентистской организационной структуры входили такие самостоятельные административные единицы, как: существовавшая с 1879 г. Ассоциация американского здоровья (правильного образа жизни) и воздержания (Temperance); Управление зарубежных миссий (с 1889 г.); Международное трактатное и миссионерское общество (с 1874 г.); Национальная ассоциация религиозной свободы (с 1889 г.); Общество образования адвентистов седьмого дня (с 1873 г.); юридический Отдел управления Колледжем в Баттл-Крике; Адвентистское издательство (с 1861 г.); журналистское предприятие «Ревью энд Херальд»; Ассоциация Генеральной Конференции (с 1887 г.) – юридическая корпорация, владеющая и управляющая собственностью Церкви. Однако усилия Олсена ни к чему не привели: на сессии Генеральной Конференции 1893 г. не была ликвидирована ни одна из перечисленных выше единиц; напротив, к ним добавилась новая – Ассоциация Медицинских миссий и благотворительности, во главе которой встал избранный большинством голосов уже упоминавшийся доктор Келлог.

Проводились по инициативе того же Олсена экперименты по совершенствованию регионально-территориального деления адвентистских организаций с целью придания им большей самостоятельности и активности в вопросах евангелизации, образования, медицины и пропаганды здорового образа жизни. Так, Олсен попытался оформить региональный дивизион как группу нескольких локальных конференций в одно целое, которое должно было, по мнению Олсена, служить промежуточным звеном между Генеральной Конференцией и конференциями штатов. Эти новые региональные (district) конференции должны были координировать работу различных адвентистских ассоциаций внутри региона, управлять собственностью Церкви на территории этого региона, проводить промежуточные, раз в два года, конференции в промежутках между сессиями Генеральной Конференции, которая также проходила раз в два года, и выбирать делегатов на последнюю. Примером для этого эксперимента послужил опыт управления церковью под руководством Елены Уайт в Новой Зеландии и Австралии, а также в Западной Европе. Завершились эти эксперименты в 1901 г. на очередной сессии Генеральной Конференции. Накануне открытия этой Конференции все адвентистские лидеры пришли к единому мнению, что именно вопросы организационной структуры и управления церковью должны стать главным предметом на этой Сессии. Было принято решение настоятельно просить Эллен Уайт присутствовать в виду ее постоянного призыва к реорганизации адвентистской структуры. За день до открытия Генеральной Конференции, недавно вернувшаяся из Австралии Эллен Уайт, собрала на совещание всех руководителей Церкви, на котором она охарактеризовала главные трудности, с которыми столкнулась церковь, высказал при этом свой взгляд на необходимость ее реорганизации. В частности, она подчеркнула недостаточность поддержки зарубежных миссий, их зависимость от решений, принимавшихся в далеком Баттл-Крике, руководство которого нередко плохо разбиралось в делах на местах.