Расширенный пленум ВСАСД был созван лишь в апреле 1955 г. Руководители адвентистской Церкви в СССР встали перед нелегкой дилеммой: или вновь утвердить П. Мацанова в должности председателя ВСАСД на дальнейший срок, не признав безосновательные обвинения в его адрес, и тем самым показать властям, чтоЦцерковь не признает никакого вмешательства в свою внутреннюю жизнь, или же во имя сохранения самой Церкви пойти на компромисс с властями и избрать другого председателя, с кандидатурой которого власти были бы согласны.
Целых два дня длилась на Пленуме дискуссия вокруг этой дилеммы. Завершились горячие споры принятием второго варианта. На Пленуме был избран новым председателем уполномоченного ВСАСД по Винницкой области С. П. Кулыжский. Членов Пленума очень легко понять. Церковь только-только стала вставать на ноги после довоенного разгрома. Принятие иного варианта означало бы новый виток в конфронтации с большевистским государством, который закончился бы весьма трагически для Церкви: она была бы вновь объявлена вне закона, снята с регистрации, после чего последовали бы массовые репрессии против ее членов – аресты, ссылки и т.д. Но слишком свежи были в сознании присутствовавших на Пленуме людей воспоминания о ГУЛАГе, чтобы решиться их обновить. Сегодня, конечно, по прошествии более чем 50 лет со дня тех событий легко делать выводы, давать оценки поведения тех, кто жил в те нелегкие годы. Но вряд ли это позволит нам понять мотивы, которыми руководствовались участники Пленума ВСАСД 1955 года. Конечно, им стоило бы вспомнить в момент голосования уроки V Всесоюзного съезда адвентистов 1928 года, показавшего, что компромисс во имя спасения вовсе не означает, что это спасение станет реальностью. Так и случилось. Новый компромисс вовсе не избавил Церковь от новых испытаний. А они не замедлили обрушиться на Церковь в ближайшие за этим Пленумом годы.
После пленума ВСАСД 1955 г. для Церкви наступили тяжелые времена: в Церкви произошел по существу новый раскол. Часть адвентистов не признала решения вышеупомянутого Пленума законными, не признала избрание нового председателя ВСАСД С. П. Кулыжского законным и продолжала считать настоящим председателем ВСАСД его прежнего лидера П. А. Мацанова, который к тому времени переехал из Москвы в Ростов-на Дону, где кроме миссионерско-организаторской деятельности организовал нелегальную подготовку миссионерских работников. К нему в Ростов-на-Дону стали постоянно приезжать те служители с Кавказа, Украины, Центральной части России и других мест за консультацией, поддержкой и т.п., которые, не признав нового председателя ВСАСД и решений пленума ВСАСД 1955 г., по-прежнему считали лидером церкви П. А. Мацанова. Так в Церкви сложилось две линии, которые условно можно назвать как консервативная и либеральная. Представители первой при формировании своей позиции в отношении к требованиям властей проявляли непримиримость, не отступая даже в мелочах, не имеющих по сути дела никакого отношения к принципам Церкви. Представители же второй считали, что в несущественных по отношению к вероучению Церкви вопросах вроде занятий в субботних школах, участия детей в богослужении, отмены практики вопросов во время проведения уроков субботней школы, да и самого названия этой части адвентистского богослужения можно и поступиться принципиальностью, ибо это не нанесет большого ущерба для общины, но зато даст возможность собираться и вести богослужение вместе.
«Консерваторы» группировались вокруг фигуры видного адвентистского лидера, — бывшего председателя ВСАСД П. А. Мацанова, переехавшего в Ростов-на-Дону. В этом же городе был избран, как альтернатива не признаваемому частью адвентистов официальному ВСАСД, появившемуся на свет после пленума ВСАСД 1955 года, и его руководителю С. П. Кулыжскому, подпольный адвентистский центр, в который помимо его руководителя П. А. Мацанова, также вошли К. Е. Титоренко, П. С. Кулаков, Я. П. Дмитриенко и др. Осенью 1957 г. под видом праздника жатвы в Ростове-на-Дону было проведено совещание, на которое съехались некоторые лидеры и служители адвентистского движения, относившиеся к консервативной линии и не признававшие московского руководства. Они обвиняли «либералов» в отступничестве от принципов адвентизма, в нарушении традиций пионеров адвентистского движения, стоявших на позициях невмешательства государства во внутреннюю жизнь Церкви.
Компетентные органы были напуганы растущей популярностью Мацанова и процессом становления по сути второго, подпольного центра адвентистского движения. В связи с этим они вынудили П. А. Мацанова покинуть Ростов-на-Дону, который через некоторое время отправился в Сибирь для организации там миссионерской работы, где он с конца 1959 г. вместе с семьей провел около 5 лет, в результате чего там было организовано 46 адвентистских общин. К нему, все так же признанному многими верующими истинным и единственным лидером Церкви, по-прежнему приезжали служители со всех краев страны.
Политика властей, как и следовало ожидать, не привела к уничтожению адвентизма в СССР. Просто все большее количество общин ушло в подполье, примкнув к подпольному духовному центру, лидером которого по-прежнему оставался П. А. Мацанов, находившийся в то время в Сибири. В связи с тем, что расстояния в России большие, и весьма затруднительно было общаться с П. Мацановым, на подпольном Всесоюзном Совете Церкви АСД было решено, чтобы он переехал в центр России, что дало бы возможность для более частых встреч и эффективного руководства. В 1964 г. штаб-квартирой конспиративного духовного центра адвентистов в СССР стал город Белгород, где поселился П. Мацанов с семьей.
Подпольный адвентистский центр вел активную работу: руководил поддерживающими его общинами, назначал ответственных за регионы из числа своих людей, открывал нелегальные миссионерские школы, осуществлял издательство церковной литературы и ее распространение, возводил в высший сан Церкви тех, кого считал достойными получения посвящения проповедника-пастора, организовывал республиканские съезды адвентистов, рассылал инструктивные письма и т.д.
Маховик конфронтации все более и более раскручивался, Церковь все больше погружалась в пучину разделения на два лагеря – тех, кто поддерживал официальный адвентистский центр в Москве и тех, кто его не признавал и группировался вокруг подпольного центра во главе с экс-президентом ВСАСД Мацановым. Поскольку большая часть членов адвентистской Церкви проживала, в силу обстоятельств исторического возникновения и дальнейшего развития этого движения в России на Украине, то вихрь раскола вызвал особенно серьезные «разрушения» в здании Церкви именно в этой республике.
С целью духовного умиротворения и содействия стабилизации Церкви ВСАСД посылает в Киев в качестве старшего проповедника для работы А. Парасея. Как представитель официального руководства он, естественно, в своей деятельности придерживался курса именно центральной, признанной властями организации, тогда как большая часть украинских адвентистов и даже служителей поддерживала деятельность прежнего, к тому времени уже неофициального руководства, находящегося в оппозиции к лидерам Церкви, признанным таковыми властями. Таким образом, вместо стабилизации ситуация обострилась и маховик конфронтации стал набирать обороты еще скорее. Апогея своего конфронтация достигла 20 января 1965 г. на так называемом съезде в Киеве. Очевидец и участник этих событий А. Ф. Парасей это противостояние, длившееся более 20 лет вплоть до 1976 года, когда противоборствующие стороны приступили к поискам путей примирения, называл «страшным, черным периодом» в истории адвентизма в России.
Официальное руководство Церкви не переставало искать формы снятия конфликта, разделившего верующих на два лагеря. Обсуждались эти вопросы на встрече осенью 1957 г. в пос. Бабушкино под Москвой Ф. И. Андрейчука, приехавшего из Украины, с проповедниками С. П. Кулыжским, Ф. В. Мельником, А. Ф. Парасеем. В то время уже использовались все средства для погашения конфликта; руководители Церкви, как с одной, так и с другой стороны, искали пути сохранения единства, предотвращения кризиса в церкви. В связи с этим проходили интенсивные встречи и консультации с влиятельными работниками из регионов. Однако каждая из противоборствующих сторон, хотя и выражала на словах заботу о единстве церкви, на практике не допускала, что совершает ошибку и, обвиняя другую сторону во всех возможных нарушениях организационных принципов, воздвигала настоящие «баррикады», готовясь к обороне своих позиций. Нередко подобные встречи и консультации использовались с целью выявления и ободрения своих сторонников, предохранения их от влияния противоположной стороны. Лидеры различных группировок, которых в последующем стало как минимум шесть, проявляли явное нежелание идти на компромисс во время таких встреч. Нередко в момент таких встреч в другом месте собирались противники даже простого общения между представителями различных сторон. Так, когда одни в 1957 г. встречались в Москве, другие собрались на Украине, в Киеве. На этом киевском совещании выступал О. Н. Чункивский, который докладывал находящимся в оппозиции официальному центру в Москве, какие общины могут поддерживать подпольный центр, возглавлявшийся тогда экс-председателем ВСАСД П. А. Мацановым.