Свою учебу в семинарии Кароль Войтыла завершил в 1946 году. Теперь основной задачей будущего священника стала подготовка к принятию духовного сана. Прежде чем получить сан священника, кандидату предстояло быть посвященному в нижние духовные должности. Два низших духовных чина Войтыла получил еще в 1944 году, а в 1945 получает также два других младших чина. 20 октября 1946 года кандидат Кароль Войтыла был возведен в сан дьякона самим Адамом Сапегой, к этому времени уже ставшим кардиналом. Следующей ступенью иерархии было священство.
Согласно церковной традиции, перед рукоположением в священники кандидат должен провести в уединении и молитве 6 дней. День рукоположения Войтылы был выбран 1 ноября, когда Церковь празднует торжество Всех святых.
Войтыла был единственным кандидатом на посвящение в сан в это день. Рукоположение совершал архиепископ кардинал Сапега в своей личной часовне.
Посвящение в сан в Католической Церкви происходит на торжественной литургии, когда кандидат, облаченный еще только в альбу (белую длинную одежду с поясом), ораль и епитрахиль, опускается на колени перед епископом, который совершает обряд. На левой руке кандидата переброшена риза, а в правой горит свеча. Затем руководители семинарии должны подтвердить, что данный кандидат достоин посвящения в сан, а епископ (архиепископ, кардинал, человек в любой церковной должности, имеющий сан епископа) говорит, что посвящаемый теперь обязуется быть совершенным в вере и своих действиях. Кандидат перед епископом и алтарем падает ниц, распростерши руки ввиде креста, а в это время произносятся молитвы в храме, которыми Церковь просит святых и Бога, чтобы кандидат был посвящен в сан Божьей силой. Затем, на голову стоящего на коленях кандидата епископ возлагает руки, призывая силу Святого Духа снизойти на посвящаемого. После совершения перечисленных обрядов епископ (лицо в любой церковной должности, обладающее епископским саном) облачает кандидата в священническую ризу. Звучит гимн Святому Духу. Связав руки кандидата лентой из белой ткани, епископ вкладывает в них чашу и дискос для причащения и говорит о том, что кандидат отныне получает право служить литургию. Кандидат, после того как ему освободят руки, передает зажженную свечу епископу и продолжает участие в литургии в качестве священника.
После причащения епископ снова возлагает руки на кандидата и говорит: «Получи Святой Дух; те грехи, что ты простишь, простятся; и те грехи, что ты оставишь, останутся». Затем епископ поднимает и подворачивает заднюю полу ризы кандидата, вновь опуская ее, говорит: «Бог одевает тебя в одежды невинности»; берет обещание с посвящаемого повиноваться своему епископу и его преемникам, уважать их и себя. Епископ, облаченный в митру и держащий в руках посох, трижды благословляет посвященного и обращается к нему со словами напутствия, предписанными церковной традицией. После завершения литургии, на которой кандидат был рукоположен, он становиться священником, и может самостоятельно совершать литургию другие таинства Церкви. Только миропомазание и таинство посвящения в сан священников непременно должен проводить епископ.
После рукоположения в сан священника Кароль Войтыла отправился на обучение в Рим. Вместе с одним из своих товарищей, Кароль кроме учебы, в свободное время – на каникулах – посетил Францию, Голландию, Бельгию, узнал чем живет Церковь в этих странах. Эта поездка многое дала молодым людям; Кароля как священника сильно интересовали все проблемы прихожан в этих станах, радовали хорошие народные традиции. Войтыле пришлось много поработать в Бельгии, где около месяца Кароль находился в качестве священника и окармлял (проводил литургию и совершал таинства) шахтеров-поляков. После каникул Войтыла и его товарищ Старовейский вернулись в Рим и продолжили учебу.
В 1948 году Войтыла сдал экзамены на степень доктора и получил высшие оценки. Диссертация будущего Понтифика была удостоена одной из самых высших оценок в 18 баллов из возможных 20-ти. Работа была посвящена анализу трудов Иоанна Креста и написана была на латыни. Название научного труда Кароля Войтылы было таким: «Доктрина веры согласно святому Иоанну Креста». В тексте диссертации Кароль особо подчеркивал, что общение человека с Богом носит очень личный характер. Это взаимодействие доступно не только мистикам, но должно являться центральным вопросом жизни каждого христианина.
Летом 1948 года Войтыла был уже в Польше. С июля 1948 года Кароль Войтыла ожидал назначения в приход. Уже в первые годы своего священства будущий Понтифик начинает проводить свободное время с молодежью. Кароль получает «подпольное» имя для маскировки во время поездок и походов с молодежью – «дядя». Это было связано с тем, что принятое обращение к священникам «отец» употреблять в конце 40-х годов в Польше было довольно опасно: духовные лица находились под особым наблюдением спецслужб. В этом случае походы священника с молодежью за город могли рассматриваться как встречи группы заговорщиков.
В это время Примасом Польши стал Стефан Вышинский – выдающийся социальным и политическим реформатором. Он желал возродить былое благочестие мирян; также всегда был готов выступить против угнетения людей за веру, критиковал антирелигиозную политику правительства, в связи с чем пользовался большим авторитетом среди верующих. На долгие годы Примас Вышинский станет одной из самых авторитетных персон в Польше.
Первым назначением Войтылы в 1948 году стало место викария в приходе деревни Неговичи. В скором времени новый викарий легко освоился на месте службы, подружился с большинством прихожан и с удовольствием ходил с народом в Рождественскую ночь по домам, распевая колядки и гимны.
В области духовной жизни верующих в Польше основной проблемой стало нежелание ходить на исповедь. Люди за годы войны перестали придавать серьезное значение своим поступкам и мыслям, испытывать свою совесть. После окончания войны и усиления внимания спецслужб к общественной жизни народа люди стали бояться говорить о чем-либо вслух, зная, что исповедальни, если последует таковое распоряжение, легко могут прослушивать соответствующие органы. Как священник, Кароль Войтыла старался объяснять саму необходимость покаяния для верующих и призывал прихожан не избегать возможности исповедоваться, несмотря на все возможные преграды и опасения.
Целью исповеди, по мнению отца Кароля, является не только психологическое освобождение от чувства вины, но прежде вего исповедь дает человеку возможность не делить больше жизнь и свое поведение между Церковью и светскими делами. Во время исповеди человек начинает понимать, что жизнь не стоит делить на «религию» и «все остальное», так как вера сама освящает в душе человека все остальные его дела, равно как и греховное чувство или проступок влечет за собой нервное напряжение, уныние и боль.
Вторым местом назначения Войтылы – священника стал краковский приход святого Флориана. Также в Кракове Войтыла служил в храме святой Анны, который посещали студенты Ягеллонского университета. Новый священник легко устанавливал контакты со студентами, начал активно участвовать в общественной жизни университета и получил разрешение проводить еженедельные конференции и семинары по вопросам теологии. Две основные темы этих конференций были такими: «Существование Бога» и «Духовный характер человеческой личности». Но на этих занятиях разбирали не научные проблемы теологии, а рассматривали жизненные ситуации, возникающие в молодежной среде; лекции отца Кароля Войтылы, в которых он противопоставлял марксизму христианский гуманизм, перепечатывались и распространялись самими студентами. Как преподавателя, друга и наставника, отца Кароля молодежь оценила очень высоко.
С первых лет священства отец Кароль начал уделять особое внимание институту семьи в Церкви. Так сложились обстоятельства, что Войтыла стал в первую очередь работать в молодежной среде, а проблемы молодежи стали и его личными. Коммунистическое правительство стремилось привить молодежи дух коллективизма, самоотверженного служения государству, отодвинув на второй план личные и внутрисемейные проблемы. В 1950 году в приходе святого Флориана отец Кароль начал воплощать в жизнь первую в истории Краковского архиепископства программу подготовки молодых пар к вступлению в брак. Согласно этой программе, молодые люди должны были быть серьезно подготовлены к началу семейной жизни в соответствии с доктриной Католической Церкви, научиться ответственно относиться ко всем трудностям будущей совместной жизни в браке, получить основные знания, в том числе и медицинские, связанные с рождением ребенка, его воспитанием и развитием. Последнее стало возможно лучшим образом после того, как Врйтыла получил возможность привлечь к участию в преподавании необходимых основ медицины работников городского здравоохранения. К работе по реализации этой программы подключились и другие священники данного прихода. За 28 месяцев работы в приходе святого Флориана отец Войтыла благословил на брак около 160 новобрачных.