Встал остро вопрос о продлении сроков службы деревянных шпал. Ученые В. В. Попов, М. Д. Троицкий и другие совместно с производственниками разработали и внедрили в производство диффузионный метод пропитки древесины. Этот метод был прост и не требовал сушки шпал. Антисептические пасты наносились на поверхность сырых шпал. Благодаря диффузии — проникновению антисептика в древесину — срок службы шпал увеличивался более чем в 2 раза. Кроме того, паста предохраняла их от возгорания.
Во второй половине 1941 года Всесоюзный научно-исследовательский институт железнодорожного транспорта разработал Инструкцию по проектированию и строительству железных дорог и сооружений в условиях военного времени, которая вплоть до 1948 года являлась основным документом проектных и строительных организаций.
В начале войны при Центральном управлении пути НКПС организовали бригаду ученых-мостовиков, которые принимали непосредственное участие в составлении проектов восстановительных работ, разрабатывали новые конструкции мостов, позволявшие упростить и сократить время их сооружения. Профессор П. Н. Поликарпов работал над восстановлением мостов на Западном фронте. Доцент А. М. Померанцев находился в головном восстановительном отряде № 8 Западного фронта, где им были предложены оригинальные конструкции металлических пролетных строений мостов, на изготовление которых почти не требовалось остродефицитной в то время листовой стали. Профессор Г. К. Евграфов руководил разработкой многих проектов восстановления мостов и других сооружений, участвовал в подготовке технических условий на восстановление временных мостов.
Известный мостовик, выпускник Московского института инженеров железнодорожного транспорта И. И. Цюрупа отличился при строительстве и восстановлении внеклассных и больших мостов через Волгу у Астрахани, через Днепр у Днепропетровска и других. В 1943 году ему было присвоено звание Героя Социалистического Труда.
Член-корреспондент Академии наук СССР профессор Б. Н. Веденисов, профессора Н. Т. Митюшин и Г. М. Шахунянц разработали типы верхнего строения пути для различных эксплуатационных условий, метод планомерного усиления пути.
Ученые Ленинградского института инженеров железнодорожного транспорта во главе с профессором Д. Д. Бизюкиным приняли активное участие в разработке оборонных вопросов. За неполных четыре месяца 1941 года Ленинградскому фронту и Октябрьской дороге было передано 39 рекомендаций, в том числе по защите паровозов от вражеской авиации, устройству танковых переправ через реки и противотанковых заграждений. Они участвовали в проектировании легендарной Дороги жизни через Ладожское озеро.
К. Г. Протасов — начальник отдела ГУВВРа НКПС (1942–1945), ректор Ленинградского института инженеров железнодорожного транспорта (1951–1966), профессор, доктор технических наук, заслуженный деятель науки и техники РСФСР
Д. Д. Бизюкин — проректор Ленинградского института инженеров железнодорожного транспорта (1939–1954), профессор, доктор технических наук, заслуженный деятель науки и техники РСФСР
Под руководством профессоров А. А. Сурина и Л. П. Шишко сотрудники кафедры и бюро водоснабжения оборудовали три поезда-летучки для восстановительных работ на действующих магистралях.
В 1943 году ученые института подготовили «Руководство по восстановлению железных дорог».
Профессор К. Г. Протасов возглавил технический отдел Главного управления военно-восстановительных работ НКПС (ГУВВР). Значительны его заслуги в восстановлении крупных мостов через реки Дон, Днепр, Воронеж, Ока. Впоследствии он был ректором Ленинградского института инженеров железнодорожного транспорта.
Актуальным для военного времени явился разработанный проект моста с бесфундаментными опорами, получившими название «Опоры ЛИИЖТа». Эти конструкции применялись при восстановлении ряда мостов на прифронтовых дорогах.
Большой вклад в восстановление мостов внес доцент А. И. Алыпов, которому посмертно присвоено звание Героя Социалистического Труда.
В. И. Платов — создатель путеукладчиков, заслуженный изобретатель РСФСР
В. X. Балашенко — создатель путевых машин, заслуженный изобретатель РСФСР
В 1942–1943 годах ученые этого института А. В. Ливеровский и Д. Д. Бизюкин подготовили учебник «Постройка железных дорог», а П. В. Бартенев — «Станции и узлы».
Под руководством известных ученых Я. М. Гаккеля и А. Г. Алексеева для снабжения электрической энергией предприятий и населенных пунктов была сооружена мощная передвижная электростанция-энергопоезд, сыгравший важную роль в строительстве свайно-ледовой эстакады через Невскую губу Ладожского озера.
В годы войны при острой нехватке рельсов, скреплений и шпал большое значение имело изыскание и использование внутренних ресурсов. Профессор П. С. Дурново обобщил опыт изготовления крестовин и стрелочных переводов в мастерских Горьковской дороги, сверл из старых рессорных пружин для сверления дыр в шейке рельсов на Туркестано-Сибирской дороге, рельсорезных пил на Омской дороге, костылей из обрезков металла в Рязанских дорожных путейских мастерских.
Научные сотрудники отделения пути Всесоюзного научно-исследовательского института железнодорожного транспорта под руководством И. А. Иванова (впоследствии директор этого института) и А. Ф. Золотарского начали комплексные исследования типов верхнего строения пути на послевоенный период. Они были направлены на создание элементов верхнего строения пути — рельсов, скреплений, стрелочных переводов, шпал и балластного слоя, на повышение качества материалов элементов пути. Новые типы верхнего строения железнодорожного пути были одобрены НКПС и ряд его элементов утвержден в качестве стандартных.