И все же как ни старалось епископальное руководство церкви усыпить бдительность императорской власти своими верноподданническими заявлениями, сам факт возникновения широко разветвленной и дисциплинированной церковной организации, претендовавшей на руководящую роль в обществе, не мог в конечном итоге не вызвать против нее репрессивных мер. Во второй половине III в. императорская власть пытается, используя террор, сломить чуждую ей церковную организацию, завладеть ее богатствами. Но христианство пустило уже слишком глубокие корни, чтобы его можно было выкорчевать с помощью одной грубой силы. Преследования только способствуют сплочению христиан, сглаживанию внутренних противоречий, затуханию догматических споров, очищению рядов верующих от неустойчивых, малодушных элементов, отрекающихся от своей веры под угрозой репрессий.
Убедившись, что террором не сломить сильную к тому времени церковь, императорская власть меняет тактику и приходит к соглашению с церковной верхушкой. Соглашение стало возможным потому, что само христианство проделало к этому времени (конец III — начало IV в.) большую эволюцию, превратилось из религии рабов и угнетенных в религию, оправдывающую рабство и угнетение. Императорская власть нашла для себя выгодным прийти к соглашению с церковью и опираться на ее поддержку. В 311 г. император Галерий издает эдикт о веротерпимости. Два года спустя, в 313 г., император Константин Миланским эдиктом уравнял христианскую церковь в правах с другими распространенными в империи культами.
Эдикт Константина положил начало союзу христианской церкви с государством. В связи с новым положением в церкви возникли новые противоречия, появились новые ереси. Духовенство апеллировало к императору, который, оставаясь язычником, стал выступать в роли, как он говорил, «епископа внешних дел церкви» — верховного арбитра при решении внутрицерковных споров.
Один из таких споров при Константине касался отношения к отступникам, главным образом из состоятельных христиан, которые во время гонений (при императоре Деции в 249–250 гг.) по трусости или из желания сохранить состояние отрекались от христианской веры, выдавали «священные» книги властям для сожжения или откупались от репрессий, в то время как другие предпочитали мученическую смерть отступничеству. Эти люди — их называли «падшими» или «предателями» — хотели теперь вернуться в лоно церкви. Большинство римского духовенства, связанного с богатыми христианами, выступило за прием отступников, меньшинство — ригористы во главе с римским епископом Новатианом — высказались против возвращения в церковь «падших». Новатиан, отстраненный от своего поста и осужденный за свои взгляды поместными соборами, нашел поддержку в христианских общинах Северной Африки. Значительная часть клира этой римской провинции под руководством епископа Доната требовала для «падших», желавших вернуться в лоно церкви, повторного крещения. Движение донатистов поддерживалось демократическими кругами верующих.
Радикальное крыло донатистов — циркумцеллионы (странствующие, бродячие), они же агонистики — громили крупные поместья, освобождали рабов, нападали на ростовщиков, господ и епископов. Официальная церковь, опираясь на императорскую власть, в течение столетия безуспешно пыталась подавить донатистское движение. Призыв донатистов возвратиться к традициям раннего христианства находил более широкий отклик среди христиан Северной Африки, чем призывы римской иерархии подчиниться императорской власти.
Новые ереси возникли в процессе и в связи с выработкой основ христианского вероучения. В начале IV в. — это прежде всего арианская ересь. Арианство зародилось в Египте, его основоположником был александрийский священник Арий, живший во второй половине III — начале IV в. Арий находился под влиянием античной философии. Он считал, что Иисус Христос — существо не предвечное, а сотворенное богом, он подобен, но не равен богу.
Несмотря на осуждение арианства Никейским (325) и Константинопольским (381) соборами и жестокие преследования, арианство еще долго оказывало свое влияние на христологические споры.
В V в. возникла несторианская ересь, основателем которой был Несторий, патриарх Константинопольский. Он считал, что в Христе — два отдельных лица, божественное и человеческое, что сын божий соединился с человеком Иисусом. Следовательно, Иисус Христос был обыкновенным человеком, а мать его не богородицей, а человекородицей, так как родила человека, а не сына божия. Учение Нестория было признано еретическим и осуждено на III вселенском соборе в Эфессе в 431 г. Против несториан начались гонения, вынудившие многих из них бежать за пределы империи.
На том же Эфесском соборе была осуждена пелагианская ересь, зачинателем которой был британский монах Пелагий (около 360 — около 418), отрицавший церковную доктрину о первородном грехе. Он утверждал, что верующие могут спастись по своей воле помимо церкви. После осуждения Пелагия возникла «полупелагианская» ересь — попытка примирить учение Пелагия с церковью, но и она была осуждена, а ее сторонники подверглись преследованиям.
В IV в., кроме арианства, много хлопот доставило церкви манихейское дуалистическое учение, возникшее столетием раньше в Иране и быстро распространившееся в Азии и Европе.
Основателем манихейства считается перс Мани (около 215–276), обвиненный в ереси и казненный иранским шахом. Манихеи проповедовали, что в мире происходит постоянная борьба света и тьмы, бога и дьявола, что окружающий мир — воплощение зла и задача человека — содействовать торжеству света. Эту цель можно достигнуть, по учению манихейства, соблюдением аскетизма, безбрачия, отрицанием богатств и даже частной собственности. Такой праведный образ жизни был обязателен только для «избранных» — манихейских монахов, в число которых рядовые верующие вступали на старости лет.
Манихейство пустило глубокие корни, особенно в Византийской империи, где одна из его разновидностей — павликианство, вопреки преследованиям, сохраняло свои позиции еще в IX в.