Весной 1941 года снова проводил учения в Ленинградском военном округе, причем в ходе этих учений отрабатывались главным образом вопросы ведения оборонительной операции на широком фронте против превосходящих сил противника. Затем посетил Киевский, Западный и Прибалтийский особые военные округа, Одесский военный округ. Побывал в некоторых армиях, пограничных частях, поднимал войска по боевой тревоге, проводил военные игры с командным составом, а с войсковыми соединениями тактические учения.
Здесь кажется уместной его собственная оценка последних четырех предвоенных лет своей жизни: «По напряжению, которое я тогда испытывал, эти четыре года могут сравниться только с годами Великой Отечественной войны. В то же время непосредственное общение с советскими государственными и партийными деятелями дало мне очень многое. Меня учили мыслить не только как военнослужащего, хотя бы и высокого ранга. Наблюдая вплотную за тем, как решались нашими партийными и государственными органами важнейшие экономические и политические проблемы, как ставились и обсуждались связанные с ними вопросы, я учился масштабности мышления, учился рассматривать события прежде всего в крупном плане, с точки зрения общегосударственных интересов».
Вечером накануне 22 июня 1941 года нарком обороны Тимошенко вызвал к себе своего заместителя Мерецкова и сказал:
– Возможно, завтра начнется война! Вам надо быть в качестве представителя Главного Командования в Ленинградском военном округе. Его войска вы хорошо знаете и сможете при необходимости помочь руководству округа. Главное – не поддаваться на провокации.
Мерецков задал наркому один только вопрос:
– Каковы мои полномочия в случае вооруженного нападения?
– Выдержка прежде всего, – ответил Тимошенко. – Суметь отличить реальное нападение от местных инцидентов и не дать им перерасти в войну. Но будьте в боевой готовности. В случае нападения сами знаете, что делать.
Встретившие К. А. Мерецкова в штабе округа заместитель командующего войсками округа генерал-лейтенант К. П. Пядышев, начальник штаба округа генерал-майор Д. Н. Никишев, член Военного совета корпусной комиссар Н. Н. Климентьев, уже ознакомившиеся с приказом наркома о приведении войск в боевую готовность, жаждали услышать живое слово представителя Москвы. Сам командующий войсками генерал-лейтенант М. М. Попов накануне отправился в инспекционную поездку. Не было в Ленинграде и первого секретаря обкома партии А. А. Жданова. Он находился в Москве. Мерецков предложил провести заседание Военного совета.
Война в границах округа пока что дала себя знать налетом вражеской авиации. Два немецких самолета прорвались в небо над жилыми кварталами Ленинграда и начали бомбежку. Один из них удалось сбить. На границе с Финляндией было тихо. Зато война вовсю пылала у южных границ Прибалтийских республик, где удар немецко-фашистской группы армий «Север» принимали на себя войска Прибалтийского особого военного округа.
Присутствовавшие на заседании отчетливо представляли себе, что важнейшим стратегическим пунктом оборонительных действий войск округа будет Ленинград. Предложения Мерецкова, высказанные на заседании Военного совета, привлекали внимание прежде всего к созданию глубокоэшелонированной обороны на Карельском перешейке и приведению в боевую готовность укрепленного района на старой границе с Финляндией выделением туда соответствующего количества войск. Этот УР, упиравшийся правым флангом в Ладожское озеро, а левым в Финский залив, перекрывал с северо-запада все пути к Ленинграду. Немедленное повышение его устойчивости Кирилл Афанасьевич считал совершенно безотлагательным делом. И оно было сделано командованием военного округа. Впоследствии, как известно, наступление на Ленинград, начавшееся из Финляндии, было остановлено именно на рубеже укрепрайона.
Вторым ответственным направлением в обороне Ленинграда, основываясь на сведениях, которые поступили из Прибалтийского военного округа, Мерецков считал юго-западное. Он посоветовал не мешкая приступить к подготовке оборонительных позиций по рубежу реки Луга. Еще неизвестно, говорил он, как будут развертываться события в Прибалтике, но ленинградцы должны быть готовы ко всему. Поэтому надо укрепить псковско-островский рубеж. Строительство укреплений велось там в 1939 году. Теперь нужно привести их в готовность к бою, заблаговременно занять войсками.
Вот это второе предложение Мерецкова не всем присутствовавшим на Военном совете показалось актуальным. Традиционно опасным для Ленинграда направлением всегда считалось северо-западное. Зачем же распылять силы и немедленно приступать к строительству оборонительной линии в районе Луги? Однако возвратившийся из Москвы А. А. Жданов сразу же поддержал предложение о необходимости срочного строительства Лужской оборонительной линии и доложил о нем И. В. Сталину. Его согласие было получено. Десятки, затем сотни тысяч ленинградцев отправились на возведение оборонительной линии в 150 километрах от города, спешно сооружали доты, дзоты, траншеи, надолбы, противотанковые рвы.
К Лужскому оборонительному рубежу передовые танковые подразделения немецко-фашистской группы армий «Север» вышли 10 июля. Дальнейшее наступление врага на Ленинград здесь было задержано на целый месяц, чему прежде всего способствовал контрудар 11-й армии в районе Сольцы. Это драгоценное время было использовано для подготовки обороны непосредственно на ближних подступах к городу.
Через сутки после начала войны, 23 июня, генерал армии Мерецков был срочно отозван в Москву. Ему было поручено непосредственно заниматься изучением обстановки, складывающейся на северо-западном участке фронта, и разработкой мер, которые способствовали бы улучшению управления отходящими войсками.
В последних числах августа 1941 года соединения 16-й армии противника возобновили наступление южнее озера Ильмень. Прорвав оборону наших войск на реке Ловать, они устремились на восток, заняли Лычково и Деменск. Создалась угроза выхода врага к Октябрьской железной дороге, соединяющей Москву с Ленинградом. Генерал Мерецков отправился на Северо-Западный фронт, чтобы на месте разобраться в обстановке и решить, что и как нужно делать, чтобы остановить дальнейшее продвижение врага.