На помощь теперь уже Вурмзеру из Австрии выслана была новая армия под командованием Альвинци. После ряда стычек Наполеон встретил её 15 ноября при Арколе. Сражение продолжалось два дня. Одним из важнейших пунктов был Аркольский мост. Трижды французы бросались на мост и брали его и трижды с тяжкими потерями отступали. Четвертую атаку возглавил сам Бонапарт. Со знаменем в руках он бросился на мост и на этот раз овладел им. Альвинци был разбит и отступил на север. Полтора месяца он готовился к новому сражению, стягивая отовсюду резервы, и в январе 1797 г. предпринял новое наступление на Мантую. В сражении при Риволи 14-15 января Наполеон нанес ему окончательное поражение. Альвинци отступил, и через две недели Мантуя капитулировала.

В феврале Бонапарт пошел на Рим. Папские войска были разбиты в первой же стычке, после чего города стали сдаваться один за другим. В этой богатейшей итальянской области французы захватили огромную добычу. Папа Пий VI послал кардинала Маттеи умолять Бонапарта о мире. 19 февраля мир был подписан. Папа согласился на отторжение части своей территории и уплатил 30 миллионов франков золотом. Множество картин и других бесценных произведений искусства было вывезено во Францию. Весной французская армия вновь двинулась на север, угрожая на этот раз самой Австрии. Эрцгерцог Карл пытался остановить её, но был разбит в нескольких сражениях и отступил к Альпам. Встревоженный император Франц в апреле отправил Бонапарту официальное предложение о заключении мира. Предварительное перемирие было заключено в Штирии в Леобене, а сам мир подписан 17 октября в местечке Кам-по-Формио. По его условиям, Австрия отказывалась от всех потерянных в Италии земель, из которых создавалась марионеточная, зависимая от Франции Цизальпинская республика. В качестве компенсации Австрии отходила Венеция.

В Париже весть о мире встретили бурным ликованием. Имя Бонапарта было у всех на устах. Каждому было очевидно, что после того, как западная армия проиграла кампанию на Рейне, победа была достигнута только благодаря Бонапарту и его успехам в Италии. 7 декабря Наполеон вернулся в Париж, а 10-го был с триумфом встречен несметными толпами народа и всеми директорами у Люксембургского дворца. Директора хотели отослать его воевать против Англии, но Бонапарт вынес на рассмотрение другой план: он предложил завоевать Египет с тем, чтобы создать плацдарм на востоке и угрожать оттуда британскому владычеству в Индии. 5 марта 1798 г. Директория утвердила план Бонапарта и назначила его главнокомандующим экспедиционного корпуса.

Наполеон готовился к этому походу с чрезвычайной тщательностью. Он не просто отбирал для него отдельные части, но буквально подобрал каждого солдата. Благодаря своей исключительной памяти Наполеон знал по именам громадное количество солдат, помнил достоинства и недостатки очень многих из них. Это помогало ему в дальнейшем одинаково хорошо подбирать себе как маршалов, так и капралов. К 19 мая все было готово. 30 тысяч солдат погрузились на 350 кораблей и выплыли из Тулона на юг. Чтобы избежать встречи с английской эскадрой, Наполеон распространил слух, будто намерен плыть через Гибралтар к берегам Ирландии. Адмирал Нельсон направил свои корабли к Гибралтару, в то время как Наполеон двинул свой флот на восток к Мальте. 10 июня он высадился здесь, объявил остров владением Французской республики и 19-го уже продолжил путь. 30 июня французы причалили к берегу Египта, 2 июля в полном порядке выгрузились на сушу и вступили в Александрию.

Устроив в городе французское управление, Наполеон повел свои полки на юг, постепенно углубляясь в пустыню. Солдаты страдали от жажды, так как все колодцы оказались засыпаны и отравлены бежавшим населением. 20 июля в виду пирамид французов встретила мамелюкская конница. Сражение продолжалось несколько часов и кончилось полной победой французов. Бонапарт сейчас же направился в Каир и занял его безо всякого труда. Здесь оказались большие запасы продовольствия, и армия могла отдохнуть после тяжелого перехода. Несколько месяцев Наполеон пробыл в Каире, налаживая управление страной. Население было обложено достаточно тягостными поборами в пользу оккупационной армии. В октябре недовольные арабы подняли в Каире восстание, которое было подавлено с обычной беспощадностью. Кроме массы перебитых в сражении, уже после усмирения восстания казнили несколько сот человек. Бонапарт мог считать своё положение слишком крепким. Однако его личная жизнь в это время пошла на разлад. Жозефина и прежде была не слишком верна мужу. Теперь же, пользуясь его отсутствием, она завязала роман с Ипполитом Шарлем. Об этой связи знал весь Париж, а вскоре слух о ней дошел и до Египта. Наполеон был в бешенстве. «Женщины! Как они смеют обманывать меня! – негодовал он. – Да обрушатся на их головы все несчастья. Я сотру в порошок всю свору её щенков и прихлебателей. Что до неё самой – развод, и только развод!» Он пытался найти утешение в любовных утехах. Одну за другой Бонапарту доставили нескольких женщин, признанных красавиц мамелюкских гаремов, но все они показались ему слишком толстыми. В конце концов он вступил в связь с молодой француженкой «гражданкой» Фурес. (Пишут, что её мужа, лейтенанта Фуреса, Бонапарт несколько раз посылал на верную смерть, в надежде сделать свою любовницу вдовой, но лейтенант все-таки остался жив.)

В конце года пришло известие, что турецкая армия через Сирию идет в Египет. Наполеон выступил ей навстречу. Поход в Сирию был страшно тяжёлым, особенно вследствие недостатка воды. Город за городом, начиная от Эль-Ариша, сдавался Бонапарту. Перейдя через Суэцкий перешеек, он двинулся к Яффе и 4 марта 1799 г. осадил её. Город не сдавался. Бонапарт приказал объявить населению: если город будет взят приступом, то всех жителей ждет истребление; в плен брать не будут. Яффа не сдалась. 6 марта последовал штурм, и, ворвавшись в город, солдаты принялись убивать каждого, кто попадался под руку. Остатки уцелевшего гарнизона – 4 тысячи солдат – сдались после того, как генералы обещали им жизнь. Однако, поскольку не было ни припасов, для того, чтобы кормить такую уйму людей, ни свободных войск, чтобы конвоировать их в Египет, Наполеон дал приказ их расстрелять. 4 тысячи пленников были отведены на берег моря и все до одного расстреляны.