Что же делал в то время Никон и как переданы были ему два последние приглашения от лица Собора? Никон еще 29 ноября, после известного ответа его на первое приглашение, начал собираться в Москву, отслушал вечерню, прочитал правило келейное и к службе и дал приказ взять для него в Москву только три книги: Кормчую, следованную Псалтирь и книгу "Возражений" его на вопросы Стрешнева и ответы Паисия Лигарида, да еще крест для ношения пред ним как патриархом. На следующий день, после заутрени, призвал к себе своего духовника, исповедался пред ним и вместе со всею братиею совершил освящение елея, которым и помазал себя и всю братию; потом сам совершил литургию, которую велел петь всю по-гречески киевским напевом, и сказал поучение к братии. Когда день стал клониться к вечеру, Никон приказал запрячь для себя приготовленные сани и, простившись с братиею, отправился в путь. Впереди Никона ехал полковник Остафьев с стрельцами, а позади архиепископ Арсений с двумя архимандритами. Все они приближались уже к селу Черневу, как их встретил верст за шесть до того села владимиро-рождественский архимандрит Филарет в четвертом часу ночи и, остановив поезд, сказал Никону: ты своим отказом на первое приглашение прибыть в Москву "учинил непослушание великому государю и обесчестил святейших патриархов и весь Собор", теперь они прислали к тебе второе приглашение, чтобы ты ехал в Москву, и ехал смиренным образом, имея при себе не более десяти человек, и чтобы приехал в нее 2 декабря во втором или третьем часу ночи и остановился на Архангельском подворье в Кремле у Никольских ворот. Никон с своими спутниками двинулся далее и когда въехал уже в село Чернево в пятом часу ночи, то опять был остановлен на дороге новоспасским архимандритом Иосифом, который возвестил ему от имени царя и Собора третье приглашение прибыть в Москву и приказание приехать в нее 3 декабря смиренным образом в три или четыре часа ночи. Продолжали путь и достигли села Тушина. Отсюда полковник Остафьев, недоумевая, как поступить, отправил гонца в Москву спросить, дожидаться ли в Тушине третьего декабря или теперь же ехать в Москву. Пришел царский указ ехать немедленно, и в двенадцать часов ночи под 1 декабря Никон прибыл в Москву. При въезде его с спутниками в Кремль к Архангельскому подворью вдруг Никольские ворота пред ними затворились, и полковник, подошедши к знакомому нам подьяку Ивану Шушерину, который ехал впереди Никона с крестом на лошади верхом, сказал: "Сойди с коня и отдай крест, до тебя есть государево дело". И Шушерина, отдавшего крест Никону в руки, взяли два стрельца и повлекли прямо к государю. Государь лично допрашивал его - он-то, как узнали, и был главным агентом Никона во всех сношениях его с Москвою и передавал ему оттуда про государя всякие вести. Государь обещал Шушерину свободу, если скажет правду, но он на все вопросы отвечал только: "Ничего не знаю". Почему и отослан был в Приказ тайных дел и просидел под крепкою стражею в Москве более трех лет, а потом сослан в Новгород в ссылку, в которой и находился десять лет. Между тем Никон со всею его свитою пропущен был в Кремль и остановился на Архангельском подворье, где до того времени проживал Сербский митрополит Феодосий. А свиты с Никоном, монахов и мирян, было до тридцати человек и более. Тотчас вокруг всего подворья поставлена была стража, Никольские ворота в Кремль крепко заключены, и большой мост пред этими воротами совсем разобран.

На следующий же день после прибытия Никона в Москву, 1 декабря, в субботу, состоялось по его делу пятое заседание Собора, второе собственно судебное, довольно подробно описанное в современной записи. В третьем часу дня государь пошел в свою столовую избу, за ним следовали бояре, окольничие, думные дворяне и думные дьяки, а пред ним несли в раковинном, под серебряным атласом ящике оба экземпляра того свитка, что прислали ему в Москву четыре Восточные патриарха за своими подписями с черным дьяконом Мелетием греком, также переводы с этого свитка в красном бархатном переплете, да еще письма Никона патриарха под тафтою. Все это государь, вошедши в столовую избу, приказал поставить и положить на столе пред креслами патриархов. Вскоре за государем вошли в ту же столовую избу патриархи с митрополитами, архиепископами, епископами, греческими и русскими, и со всем освященным Собором, проговорили "Достойно есть" и после отпуста благословили всех на все четыре стороны. Затем царь сел на своем высоком государевом месте, которое украшено было золотом и серебром. Сели и патриархи слева от царя, на двух обитых бархатом и вишневым сукном креслах, пред которыми поставлен был стол, покрытый персидским ковром и золотою камкою. Митрополитам же и прочим духовным лицам государь указал сесть на скамьях по правой стороне, а боярам и всем светским лицам - на скамьях по левой стороне. Государь сказал патриархам: "Никон патриарх в Москву приехал и на меня суд Божий призывает за то, что велено было ему приехать в Москву не со многими людьми. А когда Никон в Москву въехал, то у него по моему указу взят был малый (подьяк Иван Шушерин) за то, что в девятилетнее время носил к нему, Никону, всякие вести и чинил многую ссору, и Никон за того малого меня поносит и бесчестит, и говорит: царь меня мучит, велел отнять малого из-под креста. И если Никон, будучи на Соборе, начнет о том говорить, то они, патриархи, о том бы ведали. Да и про то б ведали, что Никон пред поездом своим в Москву в Воскресенском монастыре исповедался и причащался и маслом освящался". Патриархи, услышав о таком поступке Никона, очень подивились. И государь продолжал: "Никон патриарх говорит, будто Псковский архиепископ из Воскресенского монастыря ложно писал, что он, Никон, отговаривался идти на Собор и бесчестил их, патриархов, - он будто того не говорил". Окончив эти предварительные сообщения патриархам, государь спросил: кого послать к Никону патриарху звать его на Собор? Патриархи отвечали: нужно послать архиерея да двух архимандритов к бывшему патриарху Никону, чтобы он шел на Собор для ответа. И послали епископа Мстиславского Мефодия с двумя архимандритами. Никон, как только услышал приглашение от этих лиц, отвечал, что он готов, и, встав с места, велел нести пред собою крест. Приглашавшие Никона сказали, что ему не следует так идти на Собор. Никон стоял на своем и объявил, что иначе не пойдет. Они послали скороходца спросить об этом царя и Собор, и пришло повеление - идти Никону без креста. Но Никон упорствовал, начал спорить и во время спора вышел мало-помалу в переднюю, потом на крыльцо в преднесении креста. Скороход снова отправлен был к царю и Собору с вестию об упорстве Никона, и Собор разрешил: пусть уже идет и со крестом... Никон сел в свои сани и поехал - пред ним несли крест, но с большим трудом мог двигаться вперед за множеством народа, наполнившего Кремль. Проезжая мимо Успенского собора, где совершалась литургия, Никон хотел войти в церковь чрез южные двери, но двери пред ним тотчас затворили. Хотел также зайти в Благовещенский собор, где шла служба, и там двери пред ним затворили. Между тем в заседании Собора, куда направился Никон, условились, чтобы при входе его никому не вставать с места и всем сидеть. Но Никон, когда отворили пред ним двери, велел впереди его нести крест. И царь, как только увидел крест, поднялся, а за ним поднялись все. Никон вошел с посохом в руках, проговорил вход и молитву за здоровье государя с его семейством, за патриархов и за всех православных христиан и, отдав посох своему анагносту, поклонился государю до земли трижды, патриархам до земли дважды, а всем другим сделал обычный поклон направо и налево, потом опять взял свой посох в руки. Патриархи сказали Никону, чтобы он сел на правой стороне близ государева места. Но Никон, увидев, что ему там не приготовлено особого седалища, а предлагают сесть на скамье с прочими архиереями, отвечал: "Я места себе, где сесть, с собою не принес - разве сесть мне тут, где стою, - и присовокупил: - А я пришел узнать, для чего вы, Вселенские патриархи, меня звали?"

Тогда царь сошел с своего возвышенного места, стал у конца стола пред патриархами и начал говорить, обливаясь слезами: "От начала Московского государства не бывало такого бесчестия соборной и апостольской Церкви, какое учинил бывший патриарх Никон. Он по своим прихотям, самовольно, без нашего царского повеленья и без соборного совета оставил ту соборную нашу Церковь и отрекся патриаршества, никем не гонимый. И от того его отшествия многие смуты и мятежи учинились, и соборная апостольская Церковь вдовствует без пастыря тому ныне девятый год. Допросите его, бывшего патриарха Никона, для чего он патриаршеский престол оставил и сошел в Воскресенский монастырь". И патриархи при виде царя плачущего, с трудом удерживавшиеся от слез, предложили Никону этот вопрос чрез толмача, архимандрита Дионисия святогорца. Но Никон вместо ответа сам спросил патриархов: "Да есть ли у вас совет и согласие с патриархами Константинопольским Вселенским и Иерусалимским, чтобы меня судить? Без их совета с вами я отвечать вам не буду, потому что я рукоположен на патриаршеский престол от Константинопольского патриарха. А если у вас совет и согласие патриархов Константинопольского и Иерусалимского есть, чтобы меня судить, я пред вами готов давать ответ". Патриархи Паисий и Макарий сказали, что у них. совет, и согласие, и подписи рук патриархов Константинопольского и Иерусалимского есть с ними, и указали на лежавший на столе в двух списках известный свиток четырех патриархов, подписанный всеми ими и другими архиереями. Никон понял, что ему остается покориться и подвергнуться суду, и только бил челом государю и патриархам, чтобы выслали из Собора недругов его, Питирима, митрополита Новгородского, да Павла, митрополита Сарского, потому что они будто бы хотели отравить его и удавить. Митрополиты Питирим и Павел сказали: "Бывший патриарх Никон на нас говорит ложь; у нас про то и в помышлении не бывало, да и у великого государя есть тому всему дело черного дьякона Феодосия". И государь сыскное дело про дьякона Феодосия поднес патриархам. Никон потерпел новую неудачу: не мог он отклонить от себя суда патриархов, не мог и устранить от участия в суде над ним своих недругов. После этого начался суд.