В девятое заседание Собора читан был пред всеми свиток суздальского попа Лазаря, наполненный самыми возмутительными хулами на патриарха Никона и всех русских архиереев, на новоисправленные книги и на всю православную Церковь с ее учением и таинствами. Лазарь стоял тут же и, сколько ни старались его вразумить, обличить, убедить в истине, остался непреклонен и "не только не пришел в покаяние и не просил прощения, но весь священный Собор укори и неправославными нарече". Надобно заметить, что это заседание Собора могло происходить лишь в конце сентября или даже в октябре, потому что хотя еще 14 мая государь подписал указ пустозерскому воеводе Дикову о немедленной высылке попа Лазаря в Москву и в июле повторил этот указ, но Лазаря тогда еще не было в Пустозерске, и только 2 августа Лазарь с Мезени был доставлен в Пустозерский острог, а 31 августа отправлен отсюда в Москву. Отцы Собора, вероятно, потому, что им пришлось судить попа Лазаря так поздно, незадолго пред прибытием в Москву Восточных патриархов, не произнесли окончательного приговора по делу Лазаря, а отложили это дело на решение Восточных патриархов, ожидая, что, может быть, до того времени и сам Лазарь одумается и сознает свое заблуждение.

В десятое заседание Собора являлись на суд один за другим несколько раскольников, и прежде всех явился первый виновник раскола, старец иеромонах Григорий Неронов, бывший протопоп Казанского собора в Москве, человек непостоянный в своих религиозных убеждениях. Он уже покаялся было еще во дни патриаршества Никона и, получив прощение, убеждал даже своих единомышленников последовать его примеру. Но по оставлении Никоном кафедры снова обратился в раскол и сделался его проповедником. Теперь, призванный на суд Собора, Неронов в другой раз "отрекся от своего учения и во свидетельство истинности своего обращения дал свое рукописание" - это было 1 июля - и был опять прощен. Но, верно, не замедлил и теперь изменить своему слову и данному рукописанию, потому что 31 августа по указу государя и по приговору всего освященного Собора послан был в Иосифов волоколамский монастырь "за церковный мятеж и к освященному Собору за непокорение", и ведено было отдать его под начало старцу доброму и искусному, и "началить, как новоначальных старцев началят, и во все дни приводить в церковь и ставить на месте, где ставят новоначальных старцев, и смотреть, чтобы в алтарь не входил, в ризы не облачался, людей не учил и не благословлял и ничего священнического не действовал, потому что он от священного Собора в запрещении".

Вслед за Нероновым предстал пред лицо Собора и называвшийся учеником Неронова старец Феоктист, бывший элатоустовский игумен. Он также подал свое покаянное писание, в котором со всею искренностию объяснял, почему доселе держался раскольнических мнений, просил прощения и уверял, что теперь уже приемлет, и лобызает, и содержит новоисправленные книги, как держит святая соборная Восточная Церковь. Отцы Собора не решились вдруг простить Феоктиста, а хотели еще испытать, и он по указу государя от 16 июля отправлен был под начало в Песношский монастырь. Но чрез несколько времени прислал оттуда к архиереям другое молебное писание, в котором умолял не сомневаться в искренности его обращения, изрекал анафему на прежнее свое мудрование и вновь просил себе прощения. Вследствие этого по указу государеву от 25 октября был вызван в Москву и, получив прощение от освященного Собора, отпущен был 5 ноября в Покровский монастырь, что на Убогих, где, "пожив нечто времене, с миром ко Господу отыде".

После Феоктиста на Соборе допрашивали (1 июля) старца Соловецкого монастыря Герасима Фирсова. И он сказал, что в Соловецком монастыре по новым Служебникам доселе не служат и наречного пения не поют, потому что не было о том повеления от архимандрита; что он, Герасим, о крестном знамении держит так, как напечатано в "Скрижали", а если прежде о том соблазнялся по неведению, то просит прощения; что Символ веры исповедует, как напечатано в новоисправленных книгах. И когда Герасима спросили: истинно ли и не из страха ли только он, написавши многие письма на новоисправленные книги, так скоро обещается теперь содержать все по этим книгам, он отвечал: ей, истинно и не из страха, а на те письма обещаюсь написать обличения. И так как Собор, выслушав Герасима, не положил теперь никакого решения, то 12 июля он опять явился в заседание Собора и со слезами просил себе прощения и тогда послан был "наставления ради" в Иосифов волоколамский монастырь. В августе, 18-го числа, велено было спросить Герасима, пишет ли он обличение на свои прежние письма, как обещался пред властями. И он отвечал, что доселе еще не писал, да и книг у себя не имеет, а как получит милость от государя и прощение от освященного Собора, то не отказывается исполнить свое обещание. Но скоро Герасим тяжко заболел, и архимандрит иосифовский Савватий с братиею, донося об этом государю, спрашивал, можно ли Герасима исповедать и приобщить Святых Тайн. По решению Собора приказано было предварительно допросить Герасима, истинное ли и неложное покаяние приносит он Церкви Божией и освященному Собору, и если скажет, что истинное и неложное, то исповедать его и причастить Христовых Тайн и погребсти в Иосифовом монастыре. Указ этот был дан 21 сентября, и старец Герасим "в мире уснув и почи о Господе".

Подобным образом принесли пред Собором покаяние еще два старца: Антоний, бывший архимандрит муромского Спасского монастыря, и Аврамий, бывший строитель лысковского Покровского монастыря в Нижегородском уезде. Первый в своим покаянном свитке от 30 мая признавал себя виноватым, что писал челобитную государю и другие тетради на новоисправленные книги "от неведения и от ненаучения", и просил себе прощения и разрешения, давал обещание содержать впредь и Символ веры, и все церковные службы, и келейное правило по новоисправленным печатным книгам и уверял; что признает Восточных патриархов и всех русских архиереев православными и во всем им повинуется. Отцы Собора послали Антония "ради совершенного исправления" в Кирилло-Белозерский монастырь. Старец Аврамий на допросе пред Собором 30 мая сказал, что служил доселе по старым Служебникам, а не по новым, потому что привык служить по старым, и Символ веры читал по-прежнему, а впредь обещается содержать Символ и всякую церковную службу исправлять по новоисправленным печатным книгам, патриархов же и всех русских архиереев признает православными и во всем им повинуется. Собор того же 30 мая послал Аврамия для исправления в Свято-Троицкую Сергиеву лавру.

В последнем, одиннадцатом, заседании отцы Собора держали между собою совет, чтобы для укрощения мятежа церковного, возбужденного раскольниками, написать "наставление благочиния церковного" и дать для руководства духовенству, а чрез него и всем мирянам. В этом наставлении отцы Собора выразили свое общее определение относительно раскола, обличением которого доселе занимались. Предварительно они кратко объяснили причину, вызвавшую их собраться на Собор, начертав следующую картину: "Многие невежды не только из простых, но и из священных лиц, одни по неведению Божественных писаний и порочной жизни, другие, по-видимому и добродетельные, но надменные самомнением и считая себя мудрыми, хотя исполнены всякого бессмыслия, третьи, увлекаясь ревностию не по разуму, возмутили души многих неутвержденных иные словом, иные же и письменно. Книги печатные, исправленные при патриархе Никоне с древних греческих и русских книг, называют еретическими, самого Никона всячески злословят и хулят и весь архиерейский чин уничижают, говорят, что церкви теперь не церкви, архиереи не архиереи, священники не священники и многие другие подобные хулы. Священники вознерадели о всяком церковном благочинии и попечении, за что и отдадут ответ пред Богом, начали гнушаться новопечатных книг и не совершают по ним Божественного славословия... А многие христиане совсем отлучились от церковной молитвы, перестали ходить в церковь, лишают себя исповеди и причастия Христовых Тайн. В Москве люди, имеющие средства, держат по домам своих вдовых священников без благословения и свидетельства архиерейского, часто пришлых из других епархий, запрещенных и даже лишенных сана, чтобы только не ходить в церкви, где совершаются церковные службы по новопечатным книгам. Между многими в народе распространено мнение, будто церкви, и чины, и таинства, и последование церковное осквернены многими ересями и антихристовою скверною". Вслед за тем самое определение свое, направленное против раскола, отцы Собора изложили в виде "заповеди" архимандритам, игуменам, протопопам, старостам поповским и вообще духовенству: а) чтобы священники учили своих детей покоряться во всем святой Восточной Церкви и совершали службы по новоисправленным Служебникам, Требникам и прочим книгам чинно и единогласно, "ибо, - говорили отцы Собора, - патриарх Никон не сам собою сотворил то, но по совету святейших патриархов греческих и по согласию русских архиереев и всего освященного Собора исправил книги с греческих и древних славянских книг, да и мы подробно испытывали ныне на Соборе наши древние рукописные славянские книги, а иные показывали и вам в патриаршей крестовой палате и не нашли в новопечатных наших книгах ничего превращенного или противного нашей православной вере"; б) чтобы просфорницы везде печатали просфоры печатию четвероконечного креста, прежние же печати у них были бы отобраны и в Москве отданы в тиунскую избу, а в прочих местах десятильникам; в) чтобы знамение креста творили на себе все тремя первыми перстами правой руки: "Тако бо имут вси народи христианстии издревле и доныне неизменно, подобно и отцы наши, и деды, и прадеды издревле, друг от друга приемлюще, тако знаменовахуся, якоже и ныне видим мужей-поселян неизменно, из древняго обычая, тако знаменующихся треми первыми персты"; г) чтобы молитву Иисусову произносили так: "Господи Иисусе Христе, Боже наш, помилуй нас", как издревле употребляется она во всей Церкви, хотя не осуждаем этой молитвы и в таком виде: "Господи Иисусе Христе, Сыне Божий, помилуй нас", как иногда произносят ее некоторые; д) чтобы священники и сами говорили, и людей учили говорить аллилуйю трижды, а затем "слава Тебе, Боже" по древнему обычаю святой Восточной Церкви; е) чтобы благословляли священники народ перстосложением именословным. Вместе с правилами, направленными против раскола, в наставлении, или определении. Собора изложено несколько правил относительно благоповедения духовенства и церковного благочиния, сказано, например, как хранить святое миро, как приготовлять и хранить Святые запасные Дары, как вести записные книги о рождающихся и сочетавающихся браком и подобное. Подлинник этого своего наставления отцы Собора подписали своими руками 2 июля 1666 г. и положили в соборной церкви Успения Пресвятой Богородицы в Москве, а старостам поповским дали приказ, чтобы все подведомые каждому из них священники списали для себя копию с этого наставления и держали в своих церквах. Достойно особенного замечания, что Московский Собор 1666 г., обличавший расколоучителей и некоторых из них строго осудивший за их нестерпимые хулы на Церковь и противление ей, не изрек в своем общем определении никакого проклятия и прямого осуждения на самые старопечатные книги, ни на двуперстие в крестном знамении, ни на сугубую аллилуйю, ни на другие обряды, излюбленные раскольниками.