Одновременно с тем, как происходило низложение Никона, делались распоряжения об изъятии из-под его власти всех трех монастырей, которыми он владел прежде. На другой же день после словесного над ним приговора, т. е. 6 декабря, уже послана была в Иверский монастырь царская грамота архимандриту Филофею и наместнику Паисию, чтобы они не слушались ни в чем поставленного Никоном строителя, старца Евфимия, и не давали ему никакой воли ни в монастырской казне, ни в монастырских вотчинах, равно как и никому другому, если еще кого пришлет Никон, а сами заведовали всем впредь до государева указа и чтобы теперь же оба прибыли в Москву, взяв с собою старца Филагрия с товарищи, которых прислал Никон в Иверский монастырь под начало. А 12 декабря, когда был прочитан и письменный приговор над Никоном, от патриархов и всего Собора с соизволения государя последовал приказ новоспасскому келарю Варлааму да подьячему Авдию Федорову, чтобы они ехали в Крестный монастырь и сделали там подробную перепись всего имущества, монастырского и церковного, всей братии и службников, всех монастырских вотчин и прочих владений и, переписав, приказали ведать всем этим местному архимандриту, келарю, казначею и соборным старцам впредь до указа государева, а отнюдь не слушаться тех, кого будет присылать Никон; чтобы выслали в Москву из Крестного монастыря старца Евстратия и других, битых Никоном и сосланных туда из Воскресенского монастыря, и чтобы допросили иноков, службников и крестьян, которые по приказу Никона были биты кнутьем, или какими пытками пытаны, или у кого руки и ноги ломаны, и взяли у тех людей сказки за руками их духовных отцов, и скоро прислали в Москву. Такое же распоряжение сделано было и относительно Воскресенского монастыря.

Патриархи, судившие вместе с Собором и осудившие Никона, сочли долгом уведомить об этом двух других патриархов, не присутствовавших на Соборе. В грамоте своей к Иерусалимскому патриарху Нектарию они писали: "Мы отошли от своих престолов (в землю Московскую), узрев твое письменное известие, что и твое блаженство имеешь намерение предпринять путь в те страны. А когда грамотоносец устно передал нам, что и Вселенский патриарх хочет послать своего экзарха, то еще более подвиглись идти туда, чтобы не произошло какого-либо изменения в тех главах, какие все мы, четыре патриарха, изложили (в известном свитке по делу Никона). Воспользовались мы и твоим кратким замечанием, которое приписал ты к тому свитку, находясь в Валахии, и не однажды, а дважды и трижды призывали Никона на суд, и он пришел, чтобы дать ответ против всех обвинений. Оказались кроме нам известных и иные, и большие, вины его, которые мы опасаемся передать в письмени во избежание огласки. Скажем только, что великая и превеликая скорбь была достойнейшему царю, который испускал из очей своих потоки слез и омочил ими даже пол палаты... А гордый Никон в такое пришел напыщение, что сам хиротонисал себя патриархом Нового Иерусалима, монастырь свой назвал Новым Иерусалимом и разные места в нем Св. Гробом, Голгофою, Вифлеемом, Назаретом, Иорданом. Мы освободили здесь своими многими молениями пред государем твоего грамотоносца Севастияна, находившегося в заключении... Подробно мы исследовали всю истину, и обрели Никона недостойным не только патриаршего престола, но и архиерейского сана, и по Божественным правилам и нашему патриаршему свитку лишили его всего священства, и послали в один из монастырей, да плачет о грехах своих. Надеемся по окончании этого дела и по хиротонисании нового патриарха, который будет избран соборне, возвратиться к нашим убогим престолам". В грамоте к Константинопольскому патриарху Парфению IV Александрийский и Антиохийский патриархи писали: "Да будет известно твоему о Господе братолюбию, что Богом венчанный царь Алексей Михайлович писал к нам, как и прочим Восточным патриархам, не однажды, а дважды и присылал своего человека (о первом посольстве Парфений мог не знать, как бывшем еще при его предместнике Дионисии), призывая нас к себе для рассуждения о некоем церковном деле и утверждая, что и от Вашего святейшества прислан будет муж вместо Вашего патриаршего лица. А о блаженнейшем патриархе Иерусалимском мы были предуведомлены, что он с давнего уже времени находился на половине пути (в Россию), чтобы самому лично присутствовать на свящ. Соборе Московском. И потому, да не явимся разногласными "толикому единству патриаршескому" и непослушными великому государю, мы предприняли и совершили далекий и многотрудный путь. К сожалению, мы не нашли в Москве твоего братолюбия, как надеялись, и одни должны были приступить к рассмотрению церковного дела, которое еще прежде было уже прилежно обследовано и обсуждено здешним Поместным Собором. Мы обрели патриарха Никона виновным во многом: он досадил своими писаниями великому государю, соблазнил пресветлый синклит, укоряя его и именуя еретичествующим и латинствующим; в течение девяти лет оставлял Церковь во вдовстве, лишенною всякого церковного благолепия и патриаршей красоты, и всячески томил ее своими коварствами и хитростями; по отречении от своего престола, всенародном в соборном храме, снова литургисал и хиротонисал свободно и как бы сам хиротонисал себя патриархом Нового Иерусалима... И суд, который произнес на него Поместный Собор Московский, был совершенно чистый и во всем праведный, составленный по св. правилам и утвержденный по нашему патриаршему свитку. После самого внимательного изыскания и рассуждения мы совершенно низложили Никона всенародно в церкви и определили послать его в один из древних монастырей, чтобы ему плакаться там о грехах своих. И ныне патриарший престол Московский пребывает во вдовстве, пока Всевышний не укажет достойного жениха Своей Церкви... Надеемся, что обычная милостыня, какая делалась отсюда Константинопольскому и прочим патриаршим престолам, возобновится и даже будет в большем размере. Прибавим еще к нашему общему утешению, что с пришествием нашим сюда средостение вражды к нам здесь разрушилось, и можно надеяться, что мы снова достигнем здесь нашей прежней свободы, чести и славы, которые мы имели издревле и которые некоторые из наших обесчестили своими буйными и неистовыми поступками и тем заслужили презрение у здешних вельмож. Уповаем, что Вашими святыми молитвами мы по совершении начатого нами дела возвратимся к Вам для взаимного братского свидания и собеседования, а потом к нашим убогим престолам и вверенным нам паствам". Достойно замечания: в обеих своих грамотах патриархи Паисий и Макарий упоминают, что они вместе с Собором судили и осудили Никона согласно с известным свитком, составленным всеми четырьмя патриархами, и тем свидетельствуют, что не они одни, а и два остальные патриарха, Цареградский и Иерусалимский, участвовали в этом суде и осуждении.

II

По низложении Никона естественно было подумать об избрании нового патриарха на Московский патриарший престол, который столько уже времени оставался незанятым. Но обстоятельства заставили несколько замедлить этим делом. Наступали великие церковные праздники, в которых должны были участвовать и патриархи и прочее духовенство. Первый из таких праздников, особенно уважавшийся в Москве, был 21 декабря, на память великого святителя Московского Петра. Оба патриарха служили всенощную и литургию в Успенском соборе вместе со многими русскими архиереями, и во время литургии Евангелие читано было на двух языках, греческом и славянском. Пред началом священнослужения патриархи приказали было, чтобы никто из русских епископов не носил на своей митре креста, но некоторые не послушались, и епископы Лазарь Баранович и Мефодий, прибывшие из Киевской митрополии, объявили, что они имеют эту привилегию от Константинопольского патриарха. На праздник Рождества Христова также служили в Успенском соборе оба патриарха, и Евангелие за литургией читалось на трех языках, греческом, арабском и славянском. В день Обрезания Господня, 1 генваря 1667 г., патриархи служили с двумя митрополитами в дворцовой церкви Нерукотворенного Образа, и Евангелие читалось по-гречески и по-славянски. На Крещение Господне патриархи дважды совершали водосвятие: под праздник после вечерни в Успенском соборе и на самый праздник пред литургией на реке Москве - и потом совершили в соборе и самую литургию. Все эти патриаршие служения чрезвычайно занимали жителей Москвы и увеличивали для них радость праздников.