Шестое заседание Собора, судебное третье, происходило в той же столовой избе государевой 3 декабря, в понедельник. Присутствовали как патриархи с архиереями и прочим духовенством, так и сам царь с своим синклитом, но Никон не был приглашен, вероятно, потому, что теперь не предлагалось никаких новых обвинений против него, а только подтверждались, пояснялись и обсуждались прежние, по которым он уже был допрошен в предшествовавшем заседании, и только доканчивалось то, чего тогда не успели кончить: суд теперь был заочный. Лишь только заседание открылось, государь сошел с своего царского места и говорил к патриархам: "Приношу жалобу вместе с митрополитами, архиепископами и епископами и всем освящ. Собором, с боярами, окольничими и со всем синклитом на Никона, бывшего патриарха, что он, бранясь с митрополитом Газским, в письме своем к Цареградскому патриарху назвал меня, и весь освященный Собор, и всего моего царства людей еретиками, будто мы отложились от св. Восточной апостольской Церкви и приложились к Римскому Костелу. А св. мать наша соборная наша Церковь имеет в себе многоцелебную ризу Спасителя нашего и Бога, и мощи святителей и чудотворцев Московских, и мы веруем истинно, по преданию св. апостолов и св. отцов, и должны умирать за свою православную веру и за св. Божии Церкви. Рассудите нашу жалобу и очистите меня, и освящ. Собор, и всех православных христиан нашего царства от того Никонова названия". И, окончив речь, государь поклонился патриархам, а за ним и весь Собор, и весь синклит поклонились патриархам до земли. Патриархи в ответ на эту жалобу, которая была приносима и в предшествовавшем заседании, сказали: "То дело великое, и за то дело надобно стоять крепко. Если Никон назвал тебя, государь, и весь Собор, и всех в вашем царстве еретиками, то назвал также еретиками и нас, будто мы к еретикам пришли творить суд. Но мы в Московском государстве видим православных христиан, имеющих истинную веру греческого закона. По правилам св. апостолов и св. отцов, кто на кого клевещет или кого обвиняет в каком-либо злом деле и не докажет обвинения, тот сам подвергается наказанию, какого заслуживал бы обвиняемый им, если бы оказался виновным, а кто взведет на кого еретичество и не докажет, такой клеветник достоин, если священник, извержения, а если мирянин, проклятия. Никон назвал тебя, государя, и всех у вас православных христиан еретиками, и мы будем судить его по правилам св. апостолов и св. отцов". Тут государь рассказал патриархам, что вчера, 2 декабря, он посылал к Никону яства и питье, но Никон не принял и сказал, что у него и своего есть много и будто он о том государю не приказывал. Патриархи заметили: "Никон делает все, исступя ума своего".

Последовали и другие дополнения и пояснения к тому, что говорилось в предшествовавшем заседании.

Тогда говорили и свидетельствовали, что Никон отрекся от своего патриаршего престола, а Никон утверждал, что не отрекался, теперь государь представил патриархам три письма к нему Никона, в которых последний сам называл себя бывшим патриархом, и письма эти были прочитаны в собрании. Представил также государь и письмо к нему Никона, присланное с стольником Матвеем Пушкиным, где Никон излагал свое согласие, чтобы в Москву избран был новый патриарх при известных условиях. И это письмо было прочитано.

Государь сказал в прошлом заседании, что он не писал про Никона никаких укорительных слов в своих грамотах к Восточным патриархам, тогда как Никон в своих грамотах к ним написал про него многие бесчестия и укоризны; теперь государь велел прочитать вслух всех для примера грамоту, посланную им к Александрийскому патриарху Паисию, об отшествии Никона с престола и, когда грамота была прочитана, вновь жаловался на клеветы и укоризны, какие написал про него Никон. Патриархи Паисий и Макарий сказали: "Никон писал такие укоризны, думая, что и все таковы, каков он сам. В царственных книгах написано: кто обличится во лжи однажды и трижды, тому впредь верить ни в чем не должно. А бывший патриарх Никон обличился во многих лжах, и ему не подобает ни в чем верить".

Никон назвал в прошлом заседании митрополита Питирима и Павла своими недругами, будто они хотели его отравить; теперь оба митрополита подали патриархам свое письмо, очищая себя от клеветы, и патриархи велели своему переводчику, архимандриту Дионисию, принять эту бумагу. А государь приказал прочитать письмо к нему патриарха Никона, в котором последний так несправедливо и так резко порицал Питирима и самого царя за совершенное Питиримом действо в неделю ваий. И письмо было прочитано.

В прошлом заседании государь сказал, что Газский митрополит Паисий оправдался против клевет Никона; теперь Павел, митрополит Сарский, поднес патриархам самое "сыскное дело" о Газском митрополите, производившееся еще прежде соборне вследствие взведенных на него Никоном обвинений и обнаружившее, что Паисий православен. И патриархи то дело велели принять. Сказал еще в прошлом заседании государь про Коломенского епископа Павла, как изверг и заточил его Никон; теперь государь вновь повел речь о Павле и просил патриархов, чтобы они "извержение его рассмотрели".

Вспомнили также государь и патриархи про жалобу Никона, что его домового человека ударил государев окольничий Хитрово и что будто бы это бесчестие восходит и на него, Никона. И государь рассказал: однажды, когда Никон был еще на патриаршестве, его домовый человек Григорий Верещагин разломал предо мною мост. Я послал виновного к Никону и велел сказать ему, что человек его разломал предо мною мост, но Никон отвечал: "Для чего государь сам не управился с Верещагиным за такое бесчестие; вина за то бесчестие не восходит на меня". А патриарх Антиохийский Макарий сказал: "В то время, как у царского величества был стол для грузинского царя Теймураза, Никон патриарх прислал туда своего человека, чтобы учинить смуту. Но в градских законах написано, кто меж царей учинит смуту, тот достоин смерти, и потому, кто ударил человека Никонова, того Бог да простит". И, поднявшись, осенил в знамение этого прощения своими благословляющими руками окольничего Богдана Матвеевича, который и ударил ему на благословение челом. Затем патриарх Антиохийский рассказал про два случая, бывшие в то время, как он в первый раз находился в Москве (1655 1656). Сербский архиепископ (патриарх) Гавриил ходил помолиться в Троицкий Сергиев монастырь и на возвратном пути оттуда остановился в селе Пушкине на поле. Мужики этого села, патриаршие крестьяне, напали на архиепископа и били его ослопьями. Прибыв в Москву, он принес жалобу патриарху Никону, и Никон управы не дал, а сказал только: "Мужики спьяна то сделали". Другой случай: в соборной церкви, в алтаре при совершении литургии Никон снял шапку с одного архиерея и всячески бранил его за то только, что он во время каждения держал кадило за кольцо, а не за цепи.

Тот же патриарх Макарий говорил: "Подобает в навечерии Богоявления святить воду в церкви, а в самый праздник Богоявления исходить на иордан днем, чтоб всем было видимо; патриарх же Никон ходил на иордан в навечерии праздника, а не в самый праздник..." А оба патриарха говорили государю: "Никон писался патриархом Нового Иерусалима - кто его поставил в Новый Иерусалим патриархом? Другого Иерусалима на земле нет". И еще: "Мы слышим про Никона, что он позабрал себе многие монастыри и вотчины; дозволь, государь, всем, кого чем-либо обидел Никон, приносить нам на него жалобы и их наберется много".

Наконец, государь сказал, чтобы патриархи "ехали к себе, и нынешнего дня ввечеру или, как они изволят, велели быти к себе властям, и с ними советовати, и дел слушати у себя, где они стоят". Значит, кроме открытых заседаний Собора по делу Никона были еще домашние заседания и совещания у патриархов в их кельях.

На седьмое заседание Собора, четвертое судебное, 5 декабря, в среду, собрались в столовой избе государя те же самые лица, духовные и светские, которые присутствовали на прежних заседаниях. И патриархи сказали, что нужно позвать на Собор бывшего патриарха Никона, и послали за ним двух епископов, Вятского Александра и Мстиславского Мефодия, с двумя архимандритами. Никон пришел, как и прежде, в преднесении ему креста и, вступив в царскую столовую, проговорил вход и молитву и поклонился государю до земли дважды, а потом кланялся патриархам, властям, боярам и пр. В настоящем заседании объявлялись Никону главные на него обвинения, против которых он возражал, пытаясь отрицать компетентность самих судей своих; читались правила Церкви для суда над ним, против которых он также возражал, и состоялся самый приговор над ним. Все это происходило не в порядке, а смешанно, с перерывами и отступлениями, по крайней мере в таком виде изложено в современной записи.