Но "дорога ложка к обеду". Царские призывы и попытки улестить запорожцев и приободрить Брюховецкого запоздали. Гетман, наконец, осознав катастрофичность своего положения, в целях сохранения гетманской булавы пошел на последний шаг. В феврале 1668 года он изменил царю, обвинив его в пренебрежении интересов Украины, имея в виду заключение Андрусовского мира с поляками. Он даже направил послание к донским казакам, пребывавшим в состоянии волнения, и приглашал их к совместным действиям. Теперь Брюховецкий обвинял Москву в желании разорить Украину, Запорожье и Дон.
В Москве были вновь предприняты попытки задобрить запорожцев и настроить их против Брюховецкого. (Должно быть, сторонники Андрусовского мира получили возможность еще раз убедиться в своей правоте относительно ненадежности украинских гетманов). Но бунт разгорался: во многих городах были побиты и изгнаны московские воеводы и ратные люди. И во главе этих событий стоял Брюховецкий. Тогда весной 1668 года царь приказал белгородскому воеводе Ромодановскому двигаться с войском на Украину. Правобережный гетман Дорошенко, годом раньше убеждавший Брюховецкого разорвать с царем и объединиться с ним, обещая даже передать ему свое гетманство, на этот раз прямо приказывал сдать булаву. В июне противники встретились, большая часть окружения Брюховецкого перешла на сторону Дорошенко, а самого гетмана часть его же бывших соратников схватила и привела к Дорошенко. После перечисления многих вин гетмана казаки набросились на Брюховецкого и буквально растерзали его. После этого Дорошенко был избран радой гетманом Украины по обеим сторонам Днепра, назначил наказным гетманом черниговского полковника Демьяна Многогрешного и отбыл в свой родной Чигирин.
Церковь в годы Руины.
В 1657 году за несколько месяцев до кончины Хмельницкого умер Киевский митрополит Сильвестр Косов. Выборы нового митрополита затянулись до октября. Но церковный собор, созванный с этой целью уже гетманом Выговским, не пришел к единому решению, став как бы первой ласточкой в последующем расколе украинского общества. Рассматривались три кандидатуры: луцкий епископ Дионисий Балабан, архимандрит Иосиф Тукальский с одной стороны и львовский епископ Арсений Желиборский - с другой. Только в декабре Ивану Выговскому удалось провести своего ставленника Дионисия Балабана, который занимал митрополичью кафедру до 1663 года.
Избрание нового митрополита не было согласовано с Москвой. Царский посол допытывался у Балабана, почему он не захотел быть посвященным от московского патриарха. Дионисий отвечал в том же духе, что и его предшественник митрополит Косов, мол, без разрешения Константинопольского патриарха он не может быть рукоположен московским патриархом. В 1658 году он принял сторону гетмана Выговского и даже покинул Киев, в котором располагались царские войска.
После политического поражения Выговского, как мы помним, был заключен новый Переяславский договор, в котором содержалось, в частности, условие перехода Киевского митрополита со всем духовенством под церковную юрисдикцию Московского патриарха с сохранением его (митрополита) "духовных прав". Развивая это направление российской политики в отношении Украины, местоблюстителем митрополичьей кафедры был назначен (при действующем митрополите) черниговский епископ Лазарь Баранович. И вновь мы наблюдаем раскол, на этот раз между казацкой старшиной и церковными иерархами. Если казацкие старшины стремились к изъятию из договора статьи про "благословенство" московского патриарха, то церковная элита во главе с Лазарем Барановичем просила разрешения избрать нового митрополита по указанию русского царя с рукоположением Константинопольского или Московского патриарха.
В переломном для Украины 1663 году, когда она фактически была разделена на две части, умер митрополит Дионисий Балабан и вопрос о рукоположении Киевского митрополита приобрел судьбоносное звучание. В ноябре 1663 года в Корсуни состоялся собор, на котором делегаты раскололись и были избраны сразу два митрополита: на Правобережье Антоний Винницкий, на Левобережье - Иосиф Нелюбович-Тукальский. В то же время на Левобережье духовную власть фактически осуществлял местоблюститель Киевской митрополии, ставленник Москвы Мефодий Филимонович. Такое положение в церкви продолжалось вплоть до смерти митрополита Нелюбовича-Тукальского в 1674 году. А после его кончины вплоть до 1686 года в Киевской митрополии вообще не было митрополита.
Важно отметить, что в большинстве своем православные церковные деятели склонялись к сотрудничеству с Россией. Появлялись работы, обосновывающие закономерность объединения России и Украины. Так, группа ученых Киевского коллегиума в 1674 году при содействии архимандрита Киевско-Печерской лавры Иннокентия Гизеля опубликовала труд под названием "Синопсис или Краткое собрание от различных летописцев о начале славянороссийского народа". В этом произведении утверждалась мысль о единых корнях "Великой", "Малой" и "Белой" Руси. В качестве аргументов приводилось генеалогическое родство русских царей с древними киевскими князьями, а также кровное родство трех братских народов. Чуть позже известный церковный деятель петровских времен украинец по происхождению Стефан Яворский писал: "...Читайте Синопсис..., обрящете тамо, яко в лето рождества Христова тысящное шестьсот пятдесят четвертое ... марта месяца... в первый день...в то щасливое время Малая Россия наша возвратилась в прадедную державу..."
Петро Дорошенко - турецкая альтернатива. Еще за год до своего избрания правобережным гетманом Петро Дорошенко поставил перед собой цель объединить обе части Украины. При этом он понимал, что существование Украины как независимого государства практически невозможно, особенно после заключения Андрусовского мира. Исторический опыт свидетельствовал, что вхождение в Польшу или Россию не удовлетворял большую часть украинской элиты. Поэтому его взоры обратились в сторону Турции. Ход его рассуждений был парадоксальным. В силу различия веры и языка Украина может остаться самобытной только под протекторатом Турции, ибо под влиянием христианских Польши или России самобытность Украины невозможна. Эти взгляды сформировались у него к середине 1667 года. Под Украиной Дорошенко подразумевал не только правобережную и левобережную части, но все территории, где проживали украинцы.