Тем временем в начале 1664 года 22-тысячное польское войско под предводительством самого короля Яна Казимира, в составе которого были поляки, литовцы, татары и немцы, двинулось на Левобережье, фактически начав войну против России. Были разгромлены, сожжены и уничтожены десятки городов, жители которых не были согласны на возвращение польских порядков. На многострадальной земле вновь вспыхнуло восстание, на помощь восставшим шли запорожские казаки и московские полки. Основные события развернулись на Сиверщине, где полякам противостояли объединенные силы воеводой Ромадановским и украинскими полками левобережного гетмана И. Брюховецкого. Убедившись в бесполезности своих намерений, Ян Казимир был вынужден повернуть назад.
Тем временем, на Правобережье зрел новый заговор полковников против Тетери. Одним из его инициаторов был, как ни странно, все тот же Иван Выговский. Он вновь переменил свои взгляды, разочаровавшись в перспективах существования Украины в составе польского королевства. Возможно по его инициативе на Правобережье сформировалась группа, ставящая своей целью отстранение Тетери. В нее входили Ю. Хмельницкий и Киевский митрополит И. Нелюбович-Тукальский. Экс-гетман убедил влиятельного полковника Д. Сулиму подняться против поляков и поддаться московскому царю. Каково, черт возьми! Ведь Выговский был как никак сенатором Речи Посполитой!
С этого момента Тетеря вел сражения уже не за соборную Украину, а за сохранение гетманской булавы. В марте 1664 года Сулима напал на Тетерю, не дождавшись подхода запорожцев, сам Сирко шел ему на помощь. Но Тетере удалось разбить нападавших и взять Выговского. После десятичасового суда, бывший гетман Украины, польский сенатор был расстрелян. Так окончилась жизнь одного из самых выдающихся и загадочных деятелей Украины, в судьбе которого так отразилась ее судьба. Во всяком случае, Иван Брюховецкий известил о его смерти, сопровождая словами "погиб за веру христианскую".
Всю весну и лето продолжались бои польско-литовского войска, полков Тетери, татарских орд и соединений Ивана Сирко, россиянина Касогова и полков Ивана Брюховецкого. В конце 1664 года восстание на Правобережье стало затихать. Это было вызвано во многом отходом сил левобережного гетмана И. Брюховецкого. Итоги восстания были просто катастрофическими, за время боевых действий было уничтожено более 120 тысяч жителей, десятки тысяч были уведены в плен. Вообще, за 20 лет, начиная с восстания Хмельницкого, Правобережная Украина потеряла более половины населения! И, тем не менее, в начале 1665 года восстание вспыхнуло с новой силой. На помощь восставшим вновь вышел И. Брюховецкий и другие полковники. Польские войска терпели поражение за поражением. Но и сам Брюховецкий был вынужден отступить, прослышав о приближении крымской орды, идущей на помощь полякам. В это же время (июнь 1665 года) Павло Тетеря покинул Украину и сбежал в Польшу, прихватив с собой знаки гетманской власти (клейноды). В августе 1665 года правобережным малороссийским гетманом был избран Петро Дорошенко, внук гетмана Михайлы Дорошенко (и заметим, опережая наше повествование, прапрадед Натальи Гончаровой, жены Александра Сергеевича Пушкина).
Иван Брюховецкий, Запорожье и Москва.
Левобережный гетман Иван Брюховецкий после своего избрания проводил промосковскую политику. Был период, когда он вынашивал мысль о создании Русского княжества под началом царевича Федора (сына царя Алексея Михайловича). Поэтому ничего удивительного нет в том, что он в конце 1665 года отправился в Москву (первым из украинских гетманов) и принялся с еще большим жаром расширять влияние России. Пробыв в Москве около трех месяцев и проделав большую работу, он став инициатором введения воеводского правления в Украине. Думается, что он исходил из собственного горького опыта бесполезных попыток навести в Украине хоть мало-мальский порядок. Гетман Брюховецкий в Москве стал боярином и женился на княжне Долгорукой.
Но главным делом его пребывания было подписание новых восьми пунктов к Переясласкому договору, важнейшим из которых можно считать передачу украинских городов под управление московских воевод. Ранее по Переяславскому договору воевода назначался только в одном городе - Киеве, при Юрии Хмельницком в перечень городов, в которых сидели воеводы попали Чернигов, Нежин, Переяслав, Умань и Брацлав. Правда, воеводы выполняли исключительно военные функции, будучи военачальниками в московском войске. При Выговском функции воевод постепенно расширялись. Но реформы, предложенные Брюховецким, стали буквально "царским" подарком царю и его правительству. Теперь воеводы должны были назначаться в каждый город и с более широкими полномочиями, включая (это особенно важно) и в Запорожскую Сечь и далее до границ Левобережья. Среди этих полномочий были такие как сбор и распределение налогов и определение торговых пошлин. Стоит отметить, что Брюховецкий подписывал пункты новой версии договора вместе с другими полковниками, в том числе и с представителями Сечи. И уже совершенно непонятно, как Брюховецкий пошел на предложение назначать Киевского митрополита в Москве. Даже сам царь отвечал в том духе, что для этого необходимо заручиться согласием константинопольского патриарха.
Но длительное пребывание гетмана в Москве и его реформаторские "подвиги" вызвали, видимо неожиданный для него, массовый протест не только со стороны врагов и желающих отобрать гетманскую булаву, но и среди бывших друзей. Следуя пунктам Московского договора, царское правительство дало указание Брюховецкому передать власть в городах русским воеводам. Это вызвало ненависть не только к гетману, но и к русским ратным людям. Последние два года в Сечи находился царский представитель начальник московского войска Григорий Касогов, до того времени находивший общий язык и с Брюховецким и с запорожскими казаками. Но после царского указания Касогов был вынужден (с согласия царя) уйти из Запорожья. Но гетман Брюховецкий продолжал свою промосковскую политику, объясняя смуту происками и склонностью к измене запорожских казаков. Вслед за запорожцами против гетмана выступила Полтава и другие украинские города.