Как уже было сказано, взамен подводных лодок командование флотом использовало морскую авиацию, удары которой в Балтийском море оказались очень эффективными. Количество потопленных вражеских транспортов продолжало расти и превысило более шестидесяти. Потенциальная угроза прорыва наших подводных лодок вынуждала противника держать на созданных рубежах много кораблей противолодочной обороны и вспомогательного флота, расходовать большие материально-технические средства, отвлекать от фронта значительное количество людей.
Шел 1944 год - год решающих наших побед в Великой Отечественной войне. Каждый новый день, каждое новое усилие Советской Армии приближали нас к победе, а гитлеровскую Германию - к бесславному концу.
17 сентября войска Ленинградского фронта при содействии Краснознаменного Балтийского флота развили новое наступление на Таллинском направлении, через несколько дней овладели портами Таллин, Палдиски, Пярну, Хепсалу, а 27 сентября вышли на побережье Рижского залива.
Фашисты минировали фарватеры и подходы к пирсам Таллин и Палдиски, развернули свои подводные лодки в устье Финского залива, чтобы воспрепятствовать действиям наших подводных сил на Балтике. Но с капитуляцией Финляндии - 19 сентября - оборонительные рубежи в Финском заливе, созданные за три года войны, стали бесполезными. Краснознаменный Балтийский флот получил возможность выхода в море по шхерным фарватерам северного побережья Финского залива.
Все наши подводные лодки были давно готовы к боевым действиям и ждали только приказа.
5 октября 1944 года в Балтийское море вышла первая группа наших подводных лодок. Среди них была и Л-3. Ее новый командир капитан III ранга В. Коновалов получил приказание минными постановками и торпедными атаками нарушать коммуникации противника к западу от острова Борнхольм.
В районе маяка Аркона Коновалов выставил несколько минных банок и занялся поиском кораблей противника, чтобы атаковать их торпедами. Почти десять суток продолжалось опасное маневрирование в самом логове врага.
Вскоре на Л-3 поступило приказание занять позицию в районе Мемеля. Здесь акустик доложил, что слышит шум винтов транспорта и трех сторожевых кораблей. Коновалов предпринял дерзкую, неожиданную для противника атаку. Л-3 прошла под сторожевиками, на глубине. Почти в упор двумя торпедами Коновалов потопил один из них. Началось жестокое преследование, но командир Л-3 смелой контратакой потопил транспорт.
Не менее успешно вел боевые действия молодой командир подводной лодки Щ-307 капитан 3 ранга М. Калинин.
9 октября лодка получила приказ выйти на позицию к порту Вентспилс, где уже находились Щ-309, Щ-310. Этот порт, как и Лиепая, являлся основной базой снабжения и эвакуации Курляндской группировки противника, отрезанной нашими наступающими войсками на побережье Балтийского моря.
16 октября на подходе к Вентспилсу Калинин обнаружил в перископ четыре транспорта, стоявших на якоре. Смело войдя на рейд, Щ-307 залпом из четырех торпед потопила сразу два судна. В течение двух суток лодку преследовали катера. Калинин решил повторить тот же маневр на рейде Лиепаи. Однако тут оказалось сильное сторожевое охранение. Подводная лодка снова вернулась к Вентспилсу.
3 ноября, ночью, на выходе из Вентспилса Калинин дважды успешно атаковал вражеский конвой. Еще два фашистских транспорта пошли ко дну.
Вернулась лодка на базу с большой победой: четыре транспорта противника были потоплены только за один поход. Всего на счету Щ-307 13 потопленных судов и кораблей. За боевые подвиги в борьбе с немецкими оккупантами подводная лодка была награждена орденом Красного Знамени, весь ее личный состав - орденами и медалями. Михаил Степанович Калинин удостоился высокого звания Героя Советского Союза.
Большое удовлетворение испытывали подводники, узнав об успешных действиях на морских подступах к Лиепае и Вентспилсу подводной лодки Щ-310 под командованием молодого энергичного командира, капитана III ранга С. Богорада. За три похода лодка потопила восемь транспортов противника с войсками и вооружением. Кроме того, Богорад собрал и представил в штаб ценные разведывательные данные - выявил систему и тактические приемы действий кораблей дозора и противолодочной обороны врага. В то время такие сведения были очень нужны командирам подводных лодок.
Своими активными боевыми действиями личный состав Щ-310 нанес немалый урон фашистскому флоту и группировке гитлеровской армии, прижатой нашими войсками к побережью Балтийского моря. За мужество, отвагу и высокое мастерство, проявленные в боевых походах, командиру Щ-310 С. Богораду было присвоено звание Героя Советского Союза.
4 января 1945 года, после возвращения на базу подводной лодки Щ-303, закончилась боевая деятельность эшелона подводных лодок, развернутого в Балтийском море в октябре - декабре 1944 года.
Начался последний период войны - период завершающих побед Советского Союза над фашистской Германией.
Гитлеровские армии на южном побережье Балтийского моря от Клайпеды до Свинемюнде (Свиноустье) были рассечены нашими войсками на несколько частей. Образовались многочисленные большие и малые "котлы". Противник пытался эвакуировать свои войска, ценное промышленное оборудование морским путем в еще удерживаемые им западные порты. Это вызывало необходимость переразвертывания наших подводных лодок в юго-западную часть Балтийского моря.
В район Данцигской бухты была направлена С-13 под командованием капитана 3 ранга А. Маринеско. 30 января вечером лодка находилась в надводном положении близ маяка Хеле. Командир С-13 обнаружил ходовые огни, которые, как вскоре удалось установить, принадлежали крупному транспорту и кораблям охранения. Маринеско, определив элементы движения транспорта, начал атаку. Лодка пересекла курс конвоя и легла на параллельный курс со стороны берега. Через час С-13 вышла в голову транспорта, заняв выгодную позицию для торпедного залпа. Все три торпеды, выстреленные из носовых аппаратов, попали в транспорт, который сразу же накренился на левый борт и затонул. Это был лайнер "Вильгельм Густлоф" водоизмещением в 25 000 тонн.