Но, несмотря на казни, количество верующих в Христа постоянно возрастало. К началу IV в., когда христианство стало официально разрешенной религией Империи, в ряде провинций количество христиан достигало половины общего числа населения (в Малой Азии, Армении, некоторых других), в иных оно составляло очень значительную часть - в Александрии (культурный центр Римской империи), Египте, Риме, южной Испании и др. Причем, начиная с правления императора Коммода (180-192 г.), в церковь приходят люди высокого звания.
Утверждение христианства происходило в очень нелегких условиях. Христиане отказывались поклоняться царствующему императору, а этого требовало государство как способа выражения лояльности. Следовательно, христиане как бы ставили себя вне государства. Это вызвало серию жестоких гонений, начиная с 64 г. В это время произошел страшный пожар в Риме, и император Нерон обвинил христиан в его поджоге. Их обмазывали смолой и поджигали, травили дикими зверями в цирках, топили в Тибре. И дальше история христианства - это история мученичества: большинство святых этого периода окончили жизнь трагически. Но самые чудовищные гонения происходят в середине III в. - начале IV в. Это так называемое "Декиево гонение" (по имени императора) и гонение при императоре Диоклетиане, которое шло под лозунгом "Да погибнет имя христианское!". Конечно, не все христиане смогли выдержать пытки, были и те, кто отрекался от Христа. Это вызвало даже длительные споры о том, как относиться к таким людям, - можно ли их принимать обратно в общину, достаточно ли их покаяния, или необходимо их крестить как вновь приходящих. Различие в понимании этих проблем привело даже к временному разрыву между восточными и западными церквами. Но потом вопрос разрешился в духе относительной терпимости.
Первоначально не было жестких форм организации христианских общин. Непонятны были функции должностных лиц, характер отношений между общинами, степень обязательности в выполнении определенных обрядов и т.п. Апостолы сами общин не возглавляли. Уже в их время появляются должностные лица - епископы, пресвитеры, учители. Постепенно на первый план выходят епископы (греч, надзирающий). Выделились также диаконы, (греч. diakonos - слуга) - те, кто занимался хозяйственной работой в церкви. В конечном итоге установилась следующая иерархия: низшие церковнослужители (дьяконы, их помощники), священники те, кто мог вести службу и осуществлять таинства (о таинствах чуть ниже) и епископы, как высшие должностные лица в церкви. Правда, довольно скоро из среды епископов выделились те, кто возглавлял наиболее крупные общины, такие как Иерусалимская (после уничтожения города в результате Иудейской войны она потеряла свое значение, за епископом этой общины осталось лишь почетное место), Римская, Александрийская, Антиохийская и, несколько позже, Константинопольская. Епископы этих общин назывались или папами, или архиепископами, или патриархами и фактически отвечали за дела очень крупных областей, включающих по нескольку провинций Империи.
К концу I в. римская община заняла первое место в христианском мире. Здесь сыграли свою роль и ее место в столице Империи, и легенда о почетном основании ее первым среди 12 апостолов - Петром, и включение в ее состав многих богатых родственников императорского дома, что позволяло ей помогать другим общинам. Именно в Риме наиболее четко была проведена идея непрерывного преемства. Имеется в виду, что апостолы посвятили в епископы руководителей основанных ими общин, те посвятили своих преемников, и т.д. вплоть до настоящего времени. Один из величайших деятелей христианской церкви первых трех веков Ириней Лионский полагал, что римская община является примером для всех других как в догматико-каноническом, так и в организационном смысле. Не случайно еретики стремились в Рим, чтобы признанием главы римской церкви обеспечить оправдание своего учения в глазах всех христиан.
Александрийский епископат был основан евангелистом Марком. В течение первых веков Александрия стала центром, церковная власть главы которого распространялась на весь Египет, Ливию и др. К середине III в. Александрийский епископ был признан первым на Востоке и вторым во Вселенской церкви. Огромную роль в становлении христианского вероучения сыграла школа подготовки христиан, созданная в этом городе. Работавшие там Климент Александрийский и, особенно, Ориген создали целостное богословско-догматическое учение. Ориген считается отцом церковной науки. Хотя его взгляды на некоторые вопросы были осуждены впоследствии церковью, ни один крупный богослов не может обойтись без обращения к Оригену. Он провел огромную сравнительную работу по установлению точного текста Библии и написал обширные толкования на этот текст (с ним постоянно работали семь стенографов и несколько секретарей). Он защищал христианство от еретиков, написал массу писем, ряд догматических сочинений и пр. С конца IV в. Александрийская кафедра уступает место столичной Константинопольской. Влиятельная кафедра была в Антиохии, митрополит которой считался епископом Сирии.
Нужно отметить, что несмотря на авторитет римского епископа, он не являлся формальным главой церкви. Высшим органом ее всегда оставался собор, съезд представителей всех церквей. И здесь хотя голос Рима звучал громко, он не заглушал других голосов. А на соборах решались все основные вопросы церковной жизни.
Наряду с установлением системы правильного управления церковью шел процесс формирования обрядности. Обряд включал богослужения, проведение праздничных дней (необходимо было установить их число и порядок), были установлены так называемые таинства - обряды, при которых, по представлениям христиан, происходит приобщение к благодати Божией. Этих таинств семь. Два из них установил еще Иисус Христос - таинства крещения (когда он принял крещение водой от Иоанна Крестителя) и евхаристии - пресуществления (когда незадолго до ареста Христос преломил хлеб и сказал ученикам: "Примите, ешьте, это есть тело мое", затем, взяв чашу, подал им, говоря: "Пейте из нее все, ибо это есть кровь моя нового завета"). Кроме того, были установлены таинства брака, покаяния, миропомазания, елеосвящения (соборования) и, наконец, таинство священства. Мы не будем здесь рассматривать догматический смысл таинств (можно обратиться к соответствующей литературе), а отметим только, что они сыграли важную организационную роль. Во-первых, через приобщение к таинствам христиане становятся членами Церкви как целостности, как организма, опосредующего отношения человека и Бога. Во-вторых, поскольку таинства может проводить только священник, появляется формально необходимый принцип церковной организации - если первоначально все держалось на авторитете руководителей, то теперь рождается формальный повод руководства жизнью паствы: можно не любить и не уважать священника, но только он может приобщить вас к таинствам.