В связи с ухудшением обстановки на Юго-Западном фронте и отходом его войск генерал армии Тюленев 7 июля с разрешения Ставки Главного Командования приказал войскам правого крыла фронта отойти на рубеж Могилев-Подольский-Бельцы-р. Прут и организовать на нем оборону. Отход советских войск был вскрыт противником. 7 июля генерал Гальдер отмечал, что советское командование всеми средствами поспешно выводит свои войска из мешка, постепенно образовывавшегося в результате наступления 11-й и 17-й немецких армий.[154] Однако, несмотря на то что немецко-фашистское командование установило отход наших войск, ускорить ход событий, чтобы окружить соединения 26, 12 и 18-й армий, оно было не в состоянии. Из этого, конечно, не следует, что оно не стремилось к этому. 11-я армия 7 июля форсировала р. Днестр в районе Могилев-Подольский. На усиление 130-й стрелковой дивизии, оборонявшей этот район, командующий фронтом направил мотострелковый полк 47-й танковой дивизии 18-го механизированного корпуса.[155] Советские войска перешли в контратаку и ликвидировали вражеские плацдармы, разгромив полк «Бранденбург». В районе Кишинев в этот день вражеское командование организовало наступление против войск 2-го механизированного корпуса силами 22-й пехотной дивизии, которая, по признанию Гальдера, в первый же день боя понесла большие потери.
7 июля командующий фронтом решил создать ударную группу войск 9-й армии в составе 48-го стрелкового, 2-го механизированного и 2-го кавалерийского корпусов, которой поставил задачу совместно с 18-й армией и фронтовыми резервами уничтожить бельцевскую группировку противника.[156] Одновременно он создал Приморскую группу в составе 25, 51 и 150-й стрелковых дивизий и отдельных частей, расположенных на побережье Черного моря. Этой группе была поставлена задача прочно прикрывать восточный берег р. Прут, северный берег р. Дунай и побережье Черного моря, не допуская высадки морских и воздушных десантов противника.
Во исполнение приказа командующего фронтом войска 48-го стрелкового, 2-го механизированного и 2-го кавалерийского корпусов наносили контрудары по врагу в течение нескольких дней. 10 июля советские соединения нанесли удар во фланг 198-й пехотной дивизии. Удар советских войск оказался для врага неожиданным. Части этой дивизии, как доносил командующий армией генерал-полковник фон Шоберт, продвинулись вперед без артиллерии и не закрепились, вследствие чего, будучи атакованы советскими войсками, понесли большие потери. Разгром 22-й и 198-й пехотных дивизий войсками 48-го стрелкового и 2-го механизированного корпусов вызвал большое беспокойство у главнокомандования сухопутных войск фашистской Германии. Генерал Гальдер направил в 11-ю армию генерала Отта, который на месте должен был установить причины их разгрома. 16 июля Отт доложил Гальдеру, что обе дивизии не успели подтянуть свою артиллерию к тому моменту, когда они были атакованы русскими, вследствие чего и понесли большие потери. Контрудары советских войск в стык 11-й немецкой Я 4-й румынской армий, по признанию вражеского командования, вызвали значительное ослабление соединений противника. В результате этого румынские войска не в состоянии были проводить намеченную для них кишиневскую операцию. Генерал-полковник фон Шоберт решил 11 июля для проведения этой операции усилить румынские войска соединениями 54-го армейского корпуса.
Учитывая тяжелое положение войск Юго-Западного фронта, Ставка Главного Командования в первых числах июля передала в его состав 7-й стрелковый корпус, ранее предназначавшийся для Южного фронта, а несколько позже из состава Южного фронта в Юго-Западный были переданы 16-й механизированный корпус и три стрелковые дивизии (116, 196 и 227-я). Вследствие этого в Южном фронте к 11 июля осталось всего 20 дивизий, в то время как силы противника, наступавшего в его полосе, значительно возросли в связи с вводом в сражение венгерского корпуса. Это позволило противнику достичь на направлениях главного удара еще большего превосходства в силах и средствах.
9 июля ударная группировка 11-й немецкой армии, наступая на бельцевском направлении, стремилась охватить войска 2-го механизированного и 48-го стрелкового корпусов, чтобы отрезать им путь отхода на Рыбницу. Вскрыв намерения противника, командир 48-го стрелкового корпуса решил отвести войска на рубеж р. Реут. Это решение было утверждено командующим армией, который приказал отойти на этот же рубеж и соединениям 2-го механизированного и 2-го кавалерийского корпусов. Отход советских войск сочетался с упорными, активными боями арьергардных частей, вследствие чего противнику наносились большие потери в живой силе.
Впоследствии, в связи с неблагоприятно сложившейся обстановкой на других направлениях, войска 9-й армии согласно приказу командующего фронтом были вынуждены отходить за Днестр.
Как и все советские воины, мужественно действовали в первые дни войны матросы Дунайской флотилии, которые приняли на себя удар одновременно с сухопутными подразделениями, оборонявшими границу. Утром 22 июня вражеская артиллерия произвела массированный огневой налет на порт Измаил. Береговая артиллерия и корабли, находившиеся в этом порту, открыли ответный огонь. Несколько позже противник пытался открывать огонь и по другим портам, но каждый раз приводился советскими кораблями к молчанию. Чтобы не допустить вторжения врага через Дунай, корабли флотилии поставили минные заграждения между Галацем и Рени, а затем и в районе Тульчинский Рукав.[157] Несмотря на активное противодействие береговых батарей и мониторов противника, корабли флотилии успешно выполнили эту задачу. Одновременно с тем береговая и корабельная артиллерия вела борьбу с береговой артиллерией противника, уничтожала вражеские десанты и наносила удары по районам сосредоточения войск и базирования кораблей. Части флотилии отразили все попытки врага форсировать Дунай в первые дни войны. Каждый раз с большими потерями враг вынужден был откатываться назад. Мужественные действия моряков Дунайской флотилии, которой командовал контр-адмирал Абрамов Н. О., имели большое значение в общей системе обороны южного крыла советско-германского фронта.
В середине июля войска Южного фронта, ведя упорные арьергардные бои, согласно приказу Ставки отходили за Днестр. На левом берегу этой реки были оборудованы укрепленные районы, в которых имелось достаточное количество вооружения и боеприпасов. Эти укрепленные районы сыграли большую роль в отражении вражеского наступления и внесли серьезные поправки в планы противника. Как ни стремилось немецкое верховное главнокомандование ускорить наступление 11-й армии с целью окружения ею во взаимодействии с 17-й армией и 1-й танковой группой 6, 26 и 12-й армий, действовавших западнее линии Киев Белая Церковь — Гайсин — Балта — Кишинев, оно было вынуждено согласиться с тем, чтобы дать возможность 11-й армии несколько дней вести подготовку к прорыву обороны советских войск на рубеже р. Днестр. 10 июля Гальдер записал в дневнике, что для достижения р. Днестр войскам 11-й армии необходимо три дня, а на подготовку наступления потребуется еще два дня. Поэтому переход 11-й армии в наступление, по его заключению, был возможен не ранее 16 июля.
На рубеже р. Днестр советские войска оказали упорное сопротивление врагу. Так, например, Могилев-Подольский укрепленный район, несмотря на недостаточно организованное взаимодействие частей 130-й стрелковой дивизии с его гарнизоном, сдерживал натиск противника в период с 8 по 19 июля, потеряв при этом всего 900 человек. В то же время пулеметно-артиллерийские подразделения укрепленного района уничтожили до 5000 человек и большое количество вражеской техники.
Так же стойко советские войска сдерживали натиск противника и на других участках фронта. Днестровский оборонительный рубеж был оставлен нашими частями только по приказу командующего фронтом в связи с общим отходом войск Юго-Западного и Южного фронтов.